凶手将死者通通封入水泥里，凶手每杀一个人都会取走死者体内有用器官，警方已经发现水泥有好几人，尸体胸腔被人用刀划开，都丢失的都是重要器官，为了混淆警方破案凶手会将死者手臂砍下单独丢进水泥中，有的尸体少了左手或者右脚甚至把脑袋砍下让警察无法识别死者是谁。
雨夜凶手作案这次是一个十八岁未成年少女凶手尾随利用锤子将女孩打晕并把尸体带到私人医院，黑心医生拿起手术刀熟练的划开死者胸膛取下死者的心肝肾等。男子把尸体带到工地再次将其丢入水泥柱中重新刷上水泥。
警视厅再次收到了群众举报工地水泥柱子有血，工藤新一与宫野志保再次出警来到案发现场。志保对水泥进行现场勘察发现里面有一具尸体，随后两人动手把尸体挖出年宫野志保:龄判断为十八岁是一名中学生。随后警方对现场进行勘察。
经过新一、志保和警方的不懈追查，水泥藏尸案的真凶终于渐渐浮出水面。
警方通过对可疑人员山本的深入调查，发现他与一个地下器官贩卖组织有关联。原来，这起水泥藏尸案的受害者是一名器官捐赠者，他原本计划将自己的器官在死后捐赠给有需要的人。
而山本所在的地下组织，为了获取受害者的器官谋取暴利，在受害者意外受伤生命垂危时，提前将他杀害，并偷走了他的器官。为了掩盖罪行，他们将受害者的尸体用水泥浇筑起来，企图让尸体永远不被发现。
新一和目暮警官等人根据线索，终于找到了山本和他背后组织的藏身之处。在一场紧张的追捕行动中，警方成功将山本和组织的其他几名核心成员抓获。
“你们为什么要这么做？就为了钱，你们就可以草菅人命？”新一气愤地问道。
山本低着头，不敢正视新一的目光：“我……我也是没办法，他们给了我很多钱，我欠了赌债，只能答应他们……”
志保在一旁冷冷地说：“为了一己私利，做出这种丧心病狂的事，你们会受到法律的制裁的。”
随着山本等人的落网，水泥藏尸案终于告破。但新一和志保知道，这背后可能还隐藏着更多的黑暗和秘密。
在案件结束后的一天，新一、小兰、志保等人来到了受害者的墓前，为他献上了鲜花。
“希望他能安息，也希望这样的悲剧不再发生。”小兰双手合十，轻声说道。
新一看着墓碑，眼神坚定：“我们会继续努力，让米花町不再有罪恶，让大家都能生活在一个安全、和平的环境里。”
志保微微点头：“嗯，有你这个名侦探在，我相信会的。”
阳光洒在他们身上，仿佛给这个充满罪恶的世界带来了一丝希望和温暖。而他们的故事，也还在继续……
工藤新一在办公室写下结案报告，人心险恶人心往往是凶杀案的导火索，以往破解案子中都是为了利益，人体器官能赚钱因此不法分子会买通医生获取人体器官把它贩卖给一些黑心商人。此案结束