狂风大雨移动破旧的木屋里一名穿着黑色雨衣的女子拿起刀子正在肢解一具早已被杀害的女尸，手起刀落随后将肢体丢入绞肉机搅碎随后喂猪，头颅被丢入火里烧成灰，躯干和那器官全部煮熟拿去招待给那些不知名的客人。
狂风呼啸，暴雨倾盆，米花市的夜晚被黑暗和雨水笼罩。柯南、灰原哀和毛利小五郎、毛利兰以及少年侦探团的成员们一起被困在了一家郊外的旅馆里。
这家旅馆位于山区，周围荒无人烟，在这样的雨夜显得格外阴森。旅馆里的客人不多，除了他们之外，还有几个看起来神色各异的人。
晚上，大家围坐在旅馆的大厅里聊天，试图驱散这雨夜带来的压抑氛围。突然，一声凄厉的尖叫打破了寂静。众人循声望去，发现是一位女士从旅馆的走廊尽头跑了过来，她脸色苍白，浑身发抖，嘴里喊着：“有个女屠夫，她要杀我！”
柯南和灰原哀立刻站起身来，和其他人一起赶到了女士所说的地方。只见一间客房的门大开着，里面一片混乱，地上有一把带血的菜刀，旁边还有一些被切碎的肉块，看起来十分恐怖。
大家都被眼前的景象惊呆了，毛利小五郎试图让大家冷静下来，他开始询问那位受惊的女士。女士惊恐地说，她刚刚在房间里准备休息，突然听到了一阵奇怪的声音，然后就看到一个穿着黑色雨衣，戴着面具的女人拿着菜刀冲了进来，要砍她。她拼命反抗，才趁机逃了出来。
柯南和灰原哀仔细地检查了房间，发现窗户是开着的，窗外的泥地上有一些脚印，看起来像是女人的脚印。灰原哀推测，凶手可能是从窗户进来的，作案后又从窗户逃走了。
旅馆老板也赶了过来，他说这家旅馆以前从来没有发生过这样的事情，他也不知道为什么会出现一个“雨夜女屠夫”。
柯南觉得事情很蹊跷，他开始调查旅馆里的其他客人。他发现有一个女人行为举止很奇怪，她总是避开大家的视线，而且看到警察来了之后显得很紧张。
柯南和灰原哀悄悄地跟踪这个女人，发现她偷偷地来到了旅馆的地下室。地下室里阴暗潮湿，弥漫着一股刺鼻的气味。他们在地下室的一个角落里发现了一些被藏起来的衣物和面具，和那位女士描述的“雨夜女屠夫”的穿着一模一样。
就在他们准备现身的时候，那个女人突然转身，手里拿着一把刀，恶狠狠地看着他们。原来，她就是那个“雨夜女屠夫”。
女人疯狂地说，她是为了报复那些曾经伤害过她的人。她觉得这个世界太不公平了，所以她要让那些人付出代价。
柯南和灰原哀试图劝说女人放下刀，但是女人根本不听。就在女人准备冲向他们的时候，警察及时赶到了，将女人制服。
雨渐渐停了，天空中露出了一丝曙光。柯南和灰原哀以及大家都松了一口气，他们知道，无论黑暗多么强大，正义总会在最后一刻到来，将黑暗驱散。