最近，米花镇郊区的一个废弃村落传出了闹鬼的传闻。据说，每到夜晚，就能看到一个穿着人皮的草人在村子里游荡，还会发出凄惨的叫声。这个传闻吸引了很多好奇的人前往，也引起了柯南和灰原哀的注意。
柯南、灰原哀和少年侦探团在毛利小五郎的带领下，来到了这个废弃村落。刚进入村子，就能感觉到一股阴森的气息。破旧的房屋、杂草丛生的街道，加上昏暗的天色，让人不寒而栗。
他们在村子里四处查看，发现了一些奇怪的脚印和一些被扯碎的稻草人。步美害怕地躲在灰原哀身后，小声说：“哀酱，我好害怕啊，这里真的好像有鬼魂。”灰原哀安慰道：“别怕，步美，这世界上是没有鬼魂的，一定是有人在搞鬼。”
柯南在一间破旧的屋子里发现了一些血迹和一些奇怪的符号，看起来像是某种仪式留下的。他还在角落里找到了一些毛发和布料，似乎是人皮草人身上的。
就在这时，外面传来了一声尖叫。他们赶紧跑出去，发现一个村民倒在地上，脸色苍白，眼神惊恐。他指着前方，颤抖地说：“人皮草人，我看到人皮草人了。”
柯南和灰原哀顺着他指的方向看去，果然看到一个穿着人皮的草人在不远处的树林里一闪而过。他们追了过去，但是人皮草人跑得很快，很快就消失在了树林里。
在树林里，他们发现了一个破旧的木屋。木屋的门半掩着，里面传来了奇怪的声音。柯南和灰原哀小心翼翼地走进去，发现屋里摆满了各种奇怪的道具和一些人的照片。照片上的人都是这个村子里的村民，而且他们的脸上都被画了一些奇怪的符号。
在屋子的角落里，他们发现了一个穿着人皮的草人。草人做得非常逼真，人皮上还能看到一些血迹和伤痕。灰原哀仔细观察着草人，发现人皮并不是真正的人皮，而是用一种特殊的材料制作的。
柯南在屋子里找到了一本日记，日记的主人是一个名叫山本的村民。山本在日记中记录了他对这个村子的仇恨，原来，这个村子曾经发生过一起重大的事故，很多村民都因此丧生，而山本的家人也在事故中去世。山本认为这是村子里的人得罪了神灵，所以才会遭到报应。为了报复，他制作了人皮草人，想要吓唬村子里的人。
就在柯南和灰原哀准备离开木屋的时候，山本突然出现了。他拿着一把刀，疯狂地说：“你们都别想走，我要让你们都为我死去的家人陪葬。”
柯南和灰原哀与山本展开了激烈的搏斗。柯南利用他的足球和腰带，巧妙地躲避着山本的攻击，灰原哀则在一旁寻找机会，用她的智慧和勇气为柯南提供帮助。
经过一番激烈的战斗，他们终于将山本制服。警方也赶到了现场，将山本带走了。
离开废弃村落的时候，天已经亮了。柯南和灰原哀看着渐渐远去的村子，心中感慨万千。他们知道，有时候，人心中的仇恨比鬼魂更加可怕。而他们要做的，就是用真相和爱，去化解这些仇恨，让世界变得更加美好。