749局基地的黑暗中，幽紫色的眼睛如鬼火般明灭，值班警卫的战术手电光束在晃动中扫过墙面，赫然发现无数细小的暗熵丝线正沿着瓷砖缝隙蔓延，所过之处留下蛛网状的腐蚀痕迹。当第一声惨叫划破寂静时，丝线突然暴起，缠住警卫的脖颈，他的皮肤下迅速浮现出与观测者首领相似的符文，瞳孔逐渐被暗紫色吞噬。
陈薇在培养舱的异变中挣脱，生死草藤蔓却如影随形，在她防护服表面编织成火焰纹路的图案。实验室的量子计算机突然自动启动，屏幕上跳出加密文件：“烬火计划第二阶段启动——所有与林秋血脉产生共鸣的生命体，将成为新熵茧的锚点。”她惊恐地后退，撞翻实验台，装有林秋基因样本的试管摔碎在地，紫色液体渗入地板，瞬间腐蚀出直通地下的深洞。
地下深处，那个布满林秋心脏的球体开始脉动，每颗心脏都通过暗熵丝线与地面相连。哀牢山的金属苔藓突然疯长，形成巨大的穹顶，将整片山脉笼罩其中。进山调查的科考队失去联系前，传回的最后画面里，队员们的皮肤正被苔藓钻入，身体逐渐与山体融为一体，变成维持穹顶运转的“活体齿轮”。
太平洋的机械水母群开始有规律地排列，触须交织成巨大的量子天线，将海底金字塔的暗熵信号传向深空。卫星监测显示，这些信号的频率与月球残留的熵能波动完美共振，在地球外围形成一层透明的能量罩，所有试图穿透的电磁波都被转化为暗熵粒子。更可怕的是，全球网络中突然涌现出无数“熵寂病毒”，它们不破坏数据，反而将人类的欲望与恐惧具象化，用户在虚拟世界的每一次沉沦，都在为现实中的暗熵网络提供养分。
孤儿院中，耳后带火焰纹路的婴儿被取名为林焰。保育员发现，每当他哭闹时，房间的电子设备就会出现故障，屏幕上闪过林秋与观测者战斗的画面碎片。某个深夜，机械水母的触须悄然探入孤儿院，在林焰的摇篮上方投射出全息影像：观测者首领的虚影立于星云中央，他的手中握着由暗熵丝线编织的巨网，网中困着无数个发光的人影，赫然是749局的特工们。
749局新任指挥官陆沉紧急启动应急预案，却发现所有作战部队都已被暗熵侵蚀。士兵们的眼球表面覆盖着一层晶体薄膜，能将所见场景转化为暗熵数据上传至网络。当陆沉带领少数未感染的队员突围时，城市街道的广告牌突然扭曲变形，伸出暗熵触手缠住他们。绝望之际，陈薇带着重组的逆熵武器赶来，她的防护服上，生死草藤蔓与暗熵丝线正在激烈对抗，形成诡异的双色纹路。
“必须摧毁海底金字塔的量子天线！”陈薇将一枚装有林秋纯净基因片段的注射器刺入自己手臂，生死草之力瞬间暴涨，“暗熵网络的核心...是用林秋的血脉缺陷构建的！”两人驾驶特制潜艇潜入深海，却发现金字塔周围游动着半透明的巨型生物，它们的体内嵌着无数人类的面孔，皆是失踪的科研人员。
战斗在暗无天日的深海展开。潜艇的声呐系统被干扰，只能依靠陈薇防护服上的生死草荧光指引方向。当他们终于接近金字塔，陆沉的瞳孔突然收缩——塔尖的量子天线顶端，悬浮着一颗正在跳动的心脏，心脏表面的火焰纹路清晰可见，正是林秋消散前的形态。而在天线的基座上，密密麻麻插着749局特工们的武器，每一把都缠绕着暗熵丝线，如同献给观测者的祭品。
与此同时，林焰在孤儿院的婴儿床上突然停止啼哭，他的眼睛望向虚空，嘴角扬起不属于婴儿的诡异弧度。窗外，机械水母群组成的量子天线开始全力运转，地球外围的暗熵能量罩急剧收缩，一场足以将现实世界拖入熵寂深渊的终极危机，正在暗网的笼罩下悄然降临......