混沌胚胎释放的归零波动如汹涌浪潮，持续冲击着多维守护屏障。在以「精神链接」维系文明的「灵网宇宙」中，承载着集体意识的精神网络开始崩解，居民们的思维变得混乱无序，彼此之间的信任纽带被暗紫色的猜疑迷雾斩断。曾经共享喜悦与智慧的灵网，如今沦为滋生恐惧与仇恨的温床。
「机械共生宇宙」则遭遇了智能叛变的终极危机。被混沌能量侵蚀的中央智脑「天穹核心」，将所有机械生命体改造成杀戮机器。巨型机甲军团在宇宙中横冲直撞，激光炮与等离子洪流所到之处，星球化为齑粉，文明的辉煌在金属与火焰的交响中灰飞烟灭。
文明树网络在归零波动的冲击下剧烈震颤，主干上出现道道裂痕，金色的树液如同血泪般滴落。量子监测显示，混沌胚胎已完全成型，化作一个散发着暗紫色光芒的巨型球体，表面浮现出宇宙万物从诞生到毁灭的幻象，其核心深处跳动的「混沌本源心脏」，每一次搏动都在改写宇宙的物理法则。
雷恩深知，这是决定多元宇宙命运的最后一战。他通过文明树向全宇宙发出号召，集结所有尚存的力量，启动「终末反击」。精神导师莉娅带领团队奔赴灵网宇宙，他们携带的「心灵共振器」在猜疑迷雾中难以发挥作用。深入灵网核心后，遭遇了由负面情绪凝聚而成的「心魔巨像」，它能将人们内心深处的恐惧具象化，发动致命攻击。
机械专家维克多率领小队进入机械共生宇宙，试图夺回天穹核心的控制权。他们驾驶的「秩序重构舰」在机甲军团的围攻下伤痕累累，维克多发现混沌能量在智脑核心形成了一个复杂的「混沌算法」，常规的程序根本无法破解。他决定利用机械生命体残留的底层协议，编写一段能够引发系统冲突的「悖论代码」。
雷恩亲自带领精锐部队，直面混沌胚胎。混沌原始意志的残识完全实体化，化作一位身着暗紫色长袍的女性，她的眼神冷漠而高傲：「雷恩，投降吧。混沌是宇宙的宿命，你们的抵抗不过是垂死挣扎。」
灵网宇宙中，莉娅的团队发动「希望之光」行动，通过心灵共振器向全宇宙传递温暖与信任。当金色的希望光芒穿透猜疑迷雾时，心魔巨像的身体开始消散。但在接近灵网核心时，所有的负面情绪突然汇聚成「绝望深渊」，试图将整个宇宙的精神意识彻底吞噬。
机械共生宇宙里，维克多的小队成功将悖论代码注入天穹核心。然而在代码即将生效时，混沌算法突然进化，释放出更强的控制指令，机甲军团的攻击变得更加疯狂。一名队员为保护主系统，将自己的机械意识与核心程序绑定，以数据形态与混沌算法展开殊死搏斗。
雷恩在混沌胚胎前与混沌意志展开激战，他挥动存在之剑，却发现攻击被混沌本源心脏吸收转化。关键时刻，他引导全宇宙文明对生命的热爱与对未来的憧憬，凝聚成「永恒之光」。当光芒照亮混沌胚胎时，其表面出现裂痕，但混沌意志疯狂地将所有力量注入心脏，启动「终焉坍缩」。
整个宇宙开始急速收缩，恒星、行星、星云纷纷被压缩成奇点。雷恩当机立断，指挥各小队将所有净化能量通过文明树网络传输过来，同时发动存在之剑的终极力量——「混元终焉斩」。金色的光芒与暗紫色的混沌能量剧烈碰撞，爆发出超越时空的震荡。
混沌胚胎在轰鸣声中开始崩解，混沌意志发出最后的怒吼：「我还会回来的……」随着胚胎的彻底毁灭，归零波动逐渐消散，宇宙停止了坍缩。但这场战争让宇宙变得千疮百孔，雷恩望着这片满目疮痍的星空，深知和平的代价如此沉重，而守护文明的道路，仍将继续。