虚无回响的冲击余波未散，多元宇宙的时空结构开始出现不可逆的扭曲。在以「因果循环」维系文明的「轮回宇宙」中，生与死的界限彻底模糊。亡者的灵魂不再进入轮回，而是游荡在现世化为暗紫色的「虚无残魂」，所到之处，花草瞬间枯萎，金属急速锈蚀。新生的生命尚未诞生便被虚无侵蚀，成为畸形的混沌造物，整个宇宙的因果链条断裂，陷入无序的混乱循环。
「维度折叠宇宙」则遭遇了更为恐怖的灾难。暗紫色的虚无能量如同贪婪的巨口，不断吞噬着各个维度空间。曾经繁华的星际都市在维度折叠中被压缩成薄片，星球被撕裂成量子态的尘埃。维度行者们的导航仪彻底失效，他们在扭曲的空间中迷失方向，甚至有些行者的身体开始与不同维度发生重叠，痛苦地承受着空间撕裂的折磨。
文明联盟最后的监测中枢在超负荷运转中迸发出刺目电光，星图上暗紫色的螺旋纹路以惊人的速度扩散，将整个多元宇宙包裹其中。不完美之种遗留的核心程序在焚毁前，投射出绝望的画面：宇宙正沿着一条名为「终末」的轨迹螺旋下坠，尽头是绝对的虚无。雷恩凝视着逐渐破碎的监测屏幕，意识到这或许是文明最后的生死之战。
他迅速集结全宇宙仅剩的力量，启动「曙光逆转计划」。因果律学者莫妮卡带领团队奔赴轮回宇宙，他们携带的「因果修复罗盘」能短暂梳理断裂的因果链条，但在接近轮回核心「命轮圣殿」时，遭遇了由虚无残魂凝聚而成的「因果吞噬者」。这些怪物能随意改写因果关系，让攻击在发动前就已失效，防御在接触时就已瓦解。莫妮卡发现，唯有利用宇宙中尚存的「命运共鸣点」，才能打破这种因果悖论。
维度工程师维克多率领小队进入维度折叠宇宙，驾驶装备「空间锚定器」的「维度方舟号」战舰。他们试图重新稳定折叠的空间，却发现暗紫色能量会将任何稳定装置转化为折叠加速器。维克多在绝境中提出「逆向折叠」理论，利用空间的扭曲特性，将虚无能量引导至特定维度陷阱。
雷恩亲自带领精锐部队，直捣暗紫色螺旋的核心——一个被称为「虚无漩涡」的混沌区域。这里时间与空间失去意义，所有物质都在被分解成最原始的粒子。混沌原始意志的残识在此完全具象化，她化作一个由暗紫色能量构成的巨型漩涡，声音中充满宇宙终焉的苍凉：「雷恩，接受虚无的命运吧，这是所有文明无法逃避的终点！」
轮回宇宙中，莫妮卡的团队在废墟中寻找命运共鸣点，他们发现那些承载着文明记忆与情感的古老遗迹，依然散发着微弱的因果之光。通过激活这些共鸣点，团队发动「因果回溯洪流」，金色的因果之力与暗紫色的吞噬者激烈碰撞。但在接近命轮圣殿时，虚无残魂突然汇聚成「终末命轮」，试图将整个宇宙的因果彻底归零。
维度折叠宇宙里，维克多的小队冒险实施逆向折叠计划。他们将空间锚定器改装成陷阱触发器，引诱虚无能量进入预设的折叠维度。战斗中，一名队员为保护核心装置，主动将自己与失控的锚定器绑定，一同坠入折叠深渊，为计划争取到了关键时间。
雷恩在虚无漩涡中与混沌原始意志展开终极对决，他将全宇宙文明对生存的渴望注入存在之剑，斩出「永恒存续斩」。金色的剑光与暗紫色的漩涡激烈交锋，整个宇宙在能量的碰撞中剧烈震颤。千钧一发之际，雷恩回想起初代神农的预言：「平衡非静止，而是螺旋上升的永恒。」他引导全宇宙文明的信念之力，构建出「混元平衡螺旋」，与暗紫色的终末螺旋相互缠绕。
两股螺旋力量的碰撞引发了宇宙级的震荡，混沌原始意志发出不甘的怒吼，她的形态在光芒中逐渐崩解。但在消散前，她将最后的力量注入终末螺旋，试图加速宇宙的坍缩。雷恩拼尽最后的力量，以平衡印记为核心，发动「终焉逆转」。金色的光芒如同一道曙光，穿透暗紫色的迷雾，将终末螺旋逐渐逆转成新生的希望之环。
战后，虽然危机暂时解除，但多元宇宙已变得千疮百孔。雷恩望着满目疮痍的星空，深知这场胜利只是暂时的。那些残留的暗紫色能量，如同蛰伏的巨兽，等待着下一次爆发的时机。他召集所有文明，共同建立了更严密的防御体系，并将「平衡与希望」的火种传递给每一个角落——因为只有永远保持警惕与抗争，文明才能在混沌与虚无的夹缝中，寻得一线生机。