混沌网络核心的崩塌并未终结危机，反而如同捅破马蜂窝般，让潜藏在宇宙暗处的暗紫色丝线疯狂增殖。在以「声波构筑现实」的「音澜宇宙」，维系文明存续的「共振音轨」被暗紫色杂音侵蚀，原本和谐的声波频率扭曲成刺耳的尖啸。城市建筑在音波的撕扯下分崩离析，居民的耳膜被震裂，鲜血顺着耳道流淌，而他们眼中倒映着的，是暗紫色雾气中浮现的混沌图腾。
与此同时，「时空锚定宇宙」的时空稳定性彻底失衡。暗紫色裂隙如同狰狞的伤口，在各个星域不断撕裂与愈合，将整片星系反复折叠、拉伸。正在执行星际任务的飞船突然消失在正常时空，却在瞬间出现在百万光年外的黑洞边缘；历史遗迹与未来都市在时空错位中重叠，恐龙与机甲战士在同一片天空下厮杀，物理法则在混乱中荡然无存。
文明联盟的量子监测站接连瘫痪，最后一批监测数据显示：那些逃逸的暗紫色丝线已渗透进宇宙的「本源脉络」，如同寄生藤蔓般缠绕着各个宇宙的规则基石。不完美之种残留的意识在彻底消散前，用最后的能量投射出警告画面——暗紫色丝线汇聚成一张覆盖多元宇宙的巨网，而网的中心，隐隐浮现出混沌具象体的轮廓。
觉醒者们紧急启用「方舟计划」，将文明的核心数据与火种封存进特制的「永恒方舟」，同时派出三支敢死队。天才机械师阿尔文带领科技小队前往音澜宇宙，他们携带的「声波净化器」能将混沌杂音转化为纯净频率，但在接近共振音轨核心时，遭遇了由暗紫色声波凝聚而成的「音骸守卫」。这些守卫发出的次声波能直接震碎内脏，而队员们的反击被其以更高频率反弹，战况陷入胶着。
时空行者薇拉率领团队深入时空锚定宇宙，试图用「维度校准仪」修复紊乱的时空。然而，每当他们稳定一处裂隙，周围便会出现更多暗紫色裂缝，仿佛混沌力量在刻意制造时空迷宫。更可怕的是，队员们发现自己的时间流速开始失控，有人瞬间苍老百年，有人则退化回幼年形态，在时空乱流中挣扎求生。
雷恩带领精英部队追踪暗紫色巨网的源头，在宇宙边陲的「虚痕星域」，他们发现了一座不断生长的「混沌织网塔」。塔身由暗紫色晶体与扭曲的时空构成，无数丝线从塔顶延伸至各个宇宙。当他们试图摧毁塔楼时，混沌原始意志的残识再次凝聚，这次她的形态更加稳固，周身缠绕着暗紫色的能量锁链：「雷恩，你们的抵抗，不过是在加速秩序的消亡！」
战斗中，雷恩发现混沌织网塔的运转依赖于宇宙中弥漫的绝望情绪。他立即通过全宇宙广播，号召所有文明点燃希望之火。灵韵宇宙的艺术家们创作出震撼心灵的光明史诗，圣歌宇宙的信徒们集体咏唱传承千年的守护圣歌，这些积极情绪化作金色的光流，射向混沌织网塔。
阿尔文的科技小队在音澜宇宙发现，共振音轨核心的混沌杂音存在频率盲区。他们冒险将声波净化器的功率提升至极限，制造出覆盖整个宇宙的「纯净音爆」，音骸守卫在音波的冲击下纷纷崩解。薇拉的团队则利用时空锚定宇宙的特性，在紊乱的时空中找到混沌裂隙的「时间奇点」，通过引爆奇点产生的时空涟漪，暂时压制住裂缝的扩张。
雷恩抓住机会，引导全宇宙文明的信念之力注入断剑，斩出「秩序燎原斩」。金色的剑光如同一把巨镰，将暗紫色丝线纷纷斩断，混沌织网塔开始剧烈摇晃。混沌原始意志发出怒吼，启动塔楼的自毁程序，试图引发连锁反应摧毁多元宇宙。千钧一发之际，雷恩将平衡印记残片与永恒方舟的能量系统连接，形成一道「混元守护屏障」，将爆炸的余波挡在宇宙之外。
战后，虽然混沌巨网被摧毁，但觉醒者们在清理战场时发现，仍有极细的暗紫色丝线渗入了文明的精神网络。这些丝线如同潜意识中的低语，不断蛊惑着人们质疑秩序的意义。雷恩望着伤痕累累的宇宙，深知真正的战争，或许才刚刚从物质层面转向精神层面，而混沌与秩序的终极对决，远未画上句号。