混沌余烬形成的暗紫色漩涡如毒疮般在多元宇宙蔓延，首个爆发危机的是以「维度折叠」为文明核心的「叠界宇宙」。维系宇宙稳定的「维度锚点」接连崩解，不同维度的空间毫无征兆地重叠交错。古老的遗迹从异度空间中浮现，瞬间将现代都市碾成齑粉；深海生物与星际战舰在同一空域厮杀，物理法则在维度碰撞中彻底失效。不完美之种最后的监测器在扭曲中发出尖锐警报：混沌力量正在撕裂维度屏障，试图打通通往「原初混沌海」的通道。
与此同时，以「灵魂共鸣」为根基的「心渊宇宙」里，所有生灵的灵魂突然产生剧烈震颤。暗紫色的纹路爬上人们的灵台，将善意扭曲为恶意，信任异化为猜忌。曾经携手对抗混沌的族群，因灵魂共鸣网络的污染而相互残杀，空气中弥漫着绝望与疯狂的气息。宇宙深处，混沌余烬汇聚成的「熵寂心脏」正在缓缓跳动，每一次搏动都向各个维度传递着毁灭的波动。
秦逸的平衡印记泛起撕裂般的剧痛，意识被强行拽入叠界宇宙的维度乱流中。这里是一片由破碎空间拼凑的混沌领域，暗紫色的闪电不断劈裂虚空，将物质分解成量子尘埃。混沌原始意志化作由无数维度碎片组成的巨像，声音裹挟着空间撕裂的轰鸣：「秦逸，当维度屏障崩塌，原初混沌海的力量将让一切重归虚无！」巨像挥手间，秦逸的周围瞬间出现无数个空间陷阱，试图将他永远困在维度夹缝中。
为阻止维度崩塌，觉醒者们启动「维度稳定计划」。小女孩带领科技小队驾驶「界域号」战舰，深入叠界宇宙的核心。他们携带的「维度校准仪」能暂时稳定重叠的空间，但每一次启动都会消耗巨大能量。在修复维度锚点的过程中，战舰遭遇「混沌维度兽」的攻击——这些怪物由扭曲的空间能量构成，有的能将物体压缩进二维平面，有的则能开启黑洞吞噬一切。当「界域号」的能源即将耗尽时，小女孩冒险启用备用方案，将战舰的量子引擎与维度校准仪连接，以超负荷运转的代价暂时压制住了维度兽的攻势。
另一支由灵魂修行者组成的队伍奔赴心渊宇宙，他们在「灵魂圣殿」布下「净心大阵」，试图净化被污染的灵魂共鸣网络。但混沌力量在此展现出诡异特性：被净化的灵魂会在短时间内再次被腐化。经过反复尝试，修行者们发现必须同时切断混沌余烬与灵魂网络的精神连接。他们以自身灵魂为引，发动「灵魂锁链术」，强行将混沌余烬的意识从共鸣网络中剥离，过程中数位强者因灵魂负荷过重而魂飞魄散。
秦逸在维度乱流中与混沌原始意志展开殊死搏斗。他发现巨像的弱点在于维度碎片间的连接缝隙，于是挥动终焉之剑，斩出蕴含空间法则的「裂界斩」。金色的剑光撕裂暗紫色的维度能量，巨像出现裂痕。然而，混沌原始意志在崩溃前，将所有力量注入正在成型的维度裂隙，一道连接着「原初混沌海」的漆黑裂缝在宇宙中央缓缓张开，从中传出令人心悸的咆哮。
千钧一发之际，秦逸引导全宇宙文明的力量注入平衡印记，发动「秩序维度壁垒」。璀璨的金色光芒化作巨大屏障，试图阻挡混沌海的力量溢出。但裂缝中涌出的混沌能量太过强大，壁垒开始出现裂痕。危急时刻，各个宇宙的强者纷纷贡献出自身最珍贵的宝物与力量——叠界宇宙的维度核心、心渊宇宙的灵魂圣物、以及初代神农遗留的最后一道守护之力。这些力量汇聚在一起，与秦逸的秩序之力融合，形成「混元维度枷锁」，终于将裂缝暂时封印。
战后，虽然维度危机解除，但那道漆黑的裂缝仍在宇宙深处若隐若现，如同悬在所有文明头顶的达摩克利斯之剑。更令人不安的是，在封印裂缝时，有一缕混沌海的力量渗透而出，不知去向。秦逸望着残破的宇宙，握紧手中满是裂痕的终焉之剑，他知道，真正的终局之战，或许才刚刚拉开序幕。