当圣物钥匙插入归墟引擎核心的刹那，整个宇宙的时空开始呈现出诡异的液态化扭曲。秦逸与林婉的意识被抽离肉身，悬浮在由无数金色符文组成的漩涡中，这些符文时而化作《黄帝内经》的古老文字，时而重组为现代医学的基因图谱，最终凝聚成一个巨大的“医”字，在虚空中轰然炸裂。
“这是...宇宙法则重构的阵痛。”秦天明的声音在意识空间中回荡，他的身影半透明化，周身缠绕着神农族的金色光带，“归墟调和模式启动后，所有文明的医疗体系将不再局限于治愈疾病，而是要学会与熵增共存。”话音未落，三人的意识被卷入不同的时空片段。
秦逸来到一个科技高度发达的机械宇宙，这里的生命体早已舍弃肉体，将意识上传至量子网络。然而，绝对的“健康”并未带来想象中的繁荣，文明因失去进化压力而陷入停滞。当他试图用传统医道理念唤醒这些机械生命时，却遭到“无痛联盟”残余势力的攻击——他们将秦逸视为破坏完美秩序的异端，发射出能够抹除痛苦感知的“遗忘射线”。
林婉则置身于一个原始部落宇宙，这里的生命遵循最纯粹的自然法则，疾病与死亡被视为神明的旨意。当她用草药救治一位濒死的孩童时，部落长老却认为这是对自然平衡的亵渎，举着刻满诅咒符文的骨杖发动攻击。关键时刻，林婉想起神农族“天人合一”的医道精髓，将自身灵气与部落图腾共鸣，在虚空中绘制出巨大的阴阳鱼，暂时平息了众怒。
而秦天明的意识回到了初代实验室的起源地。他目睹了千万年前神农族的覆灭真相：当时的神农族为追求绝对的医疗完美，试图用归墟引擎逆转熵增，却引发了宇宙法则的反噬。最终，神农族用最后的力量将归墟引擎封印，并留下预言——唯有理解“残缺即圆满”的医者，才能真正驾驭这股力量。
在意识空间剧烈震荡之际，三人的意识突然产生共鸣。秦逸将机械宇宙中领悟的“科技与人性平衡之道”、林婉从原始部落获取的“自然敬畏之心”，以及秦天明传承的神农族记忆，全部注入圣物钥匙。钥匙爆发出超越维度的光芒，照亮了宇宙的每个角落。
现实世界中，归墟引擎的核心装置开始重新编程。那些曾被熵魔污染的齿轮，如今流淌着温润的金色能量；原本代表毁灭的黑色纹路，化作了象征生机的绿色藤蔓。随着引擎的运转，所有宇宙的医疗体系发生了颠覆性变革：机械生命体学会了主动引入“模拟病痛”以保持进化活力；原始部落的医者掌握了与自然能量沟通的新方式；就连“无痛联盟”的极端理念，也在这场变革中逐渐瓦解。
但危机并未完全解除。当宇宙法则重构接近尾声时，时空裂缝中突然伸出无数由“熵”组成的触手，试图破坏归墟引擎。这些触手携带着比熵魔更古老、更强大的力量，所过之处，刚刚建立的新秩序开始崩解。秦天明面色凝重：“这是‘熵之本源’，是宇宙诞生时就存在的毁灭力量，我们之前对抗的不过是它的投影！”
秦逸与林婉对视一眼，同时将手按在归墟引擎上。林婉施展出融合了千万种针法的“太素万灵针”，银针化作流光刺入时空裂缝；秦逸则运转神农血脉，将自身化作容纳“熵之本源”的容器。两人的意识再次相连，在精神世界中构建出一座“医道圣殿”——圣殿的墙壁上刻满了从远古到未来的所有医道智慧，穹顶则是永恒流转的阴阳鱼。
当“熵之本源”的触手触及医道圣殿的瞬间，奇迹发生了。毁灭之力在接触医道智慧的刹那，竟开始转化为创造之力。那些黑色触手逐渐变成了金色的能量流，注入归墟引擎，推动着宇宙法则的最终重构。
随着最后一道光芒消散，秦逸、林婉与秦天明回到了现实。此时的归墟引擎已化作一座悬浮在星空中的巨大灯塔，散发出柔和的光芒。秦天明欣慰地说：“医道的新生，不在于消除所有痛苦，而在于让每个文明都能找到与熵增共存的智慧。”而在宇宙的某个角落，一株由“不完美之花”绽放而成的新生命树正在悄然生长，预示着一个全新的医道纪元即将开启……