时空之战结束后，宇宙并未迎来预想中的平静。被修复的时间线虽暂时遏制了归墟之主的阴谋，但散落各处的熵毒孢子持续变异，催生出融合不同文明特质的新型威胁。机械文明的废墟中爬出由报废医疗机器人重组的“熵械兽”，魔法文明的森林里生长出会释放诅咒迷雾的“病源花”，这些怪物的核心都跳动着暗紫色的熵核，散发着令人作呕的治愈光芒。
面对愈演愈烈的危机，宇宙各文明被迫联合，但联盟会议上却陷入激烈争吵。科技文明代表拍案而起：“必须用轨道炮彻底清扫感染区域，任何与熵能接触的存在都该被抹除！”自然文明的长老则愤怒反驳：“盲目毁灭只会制造更多废墟，我们应尝试净化而非杀戮！”林婉与秦逸的意识融合体在会议上空闪烁，他们的声音带着历经时空的沧桑：“对抗熵增的关键，从来不是非黑即白的选择。”
在翡翠星的无医书院，明渊带领学徒们日夜研究对抗方案。他们发现，单纯的治愈或毁灭手段都只会刺激熵核进化，唯有找到与熵能共生的平衡点，才能打破僵局。林婉与秦逸引导众人将共生树的枝条与秦逸的银针熔铸，培育出一株特殊的“共生荆棘”——其藤蔓既能缠绕并净化熵毒，尖刺又能释放麻痹敌人的神经毒素，花朵绽放时更会散发出安抚生命体的香气。
当第一支装备共生荆棘的联合部队出征时，他们遭遇了前所未有的战斗。在半机械文明的锈铁星，熵械兽的合金利爪轻易撕裂普通武器的攻击，却被共生荆棘的藤蔓缠绕后，表面的腐蚀纹路逐渐消退；在魔法文明的迷雾岛，病源花释放的诅咒迷雾让士兵们互相攻击，而荆棘花朵的香气却能唤醒他们的理智。然而，随着战斗推进，归墟之主似乎察觉到了威胁，熵核开始进化出对抗共生能量的特性。
更棘手的是，联盟内部的矛盾因战果分歧再度激化。激进派秘密启动“归零计划”，意图用反物质炸弹摧毁所有感染星系；温和派则暗中与部分变异生命体接触，试图谈判和解。明渊在追踪情报时，意外发现归墟之主的意识正在利用这些矛盾，他通过熵核向不同阵营传递虚假信息，进一步加剧对立。
林婉与秦逸决定采取破局行动。他们引导共生树的根系突破空间限制，在各文明的核心区域生长出“共鸣节点”。当激进派的舰队即将发射反物质炸弹时，节点释放的能量波干扰了武器系统；而在温和派的谈判现场，荆棘藤蔓突然显现，将伪装成和平使者的逆医首领捆绑。这些行动让各文明意识到，他们正被归墟之主玩弄于股掌之间。
在翡翠星的书院广场，林婉与秦逸的意识融合体凝聚成实体虚影。他们将共生荆棘的种子分发给各文明代表：“真正的共生，不是被动接受，而是主动创造平衡。”科技文明将种子嵌入星际战舰的能量核心，使其既能吸收熵毒作为燃料，又能释放净化脉冲；自然文明将种子种在边境防线，荆棘自动形成能识别敌我的活体屏障；魔法文明则将种子炼化成符文，刻在武器与护盾上。
归墟之主对这种转变暴跳如雷，他操控所有熵核同时暴走，引发了一场覆盖三十个星系的“熵潮”。黑色的能量浪涛中，无数变异怪物如蝗虫般涌来，所到之处，星球的生态系统被迅速改写。但这一次，联合部队不再各自为战。他们以共生荆棘为纽带，构建起横跨星系的“共生网络”——科技文明的战舰提供火力支援，自然文明的荆棘森林减缓熵潮推进，魔法文明的咒语则加固防线。
在战斗的关键时刻，明渊发现熵潮的核心存在一个由归墟之主亲自操控的“熵源核心”。他带领精英小队驾驶搭载共生荆棘主炮的飞船，冲破重重阻拦。当主炮发射的瞬间，所有共生荆棘产生共鸣，金色的光芒与暗紫色的熵能激烈碰撞。归墟之主的怒吼响彻宇宙，但熵潮的推进终于开始减缓……这场共生之战，不仅是对抗外敌的胜利，更让宇宙文明领悟到：唯有接纳矛盾，才能在熵增的洪流中找到属于生命的答案。