四亿多年前，阿尔宙斯横空出世，这位创世神凭借自身蕴含的无穷力量，宛如一位伟大的艺术家，精心雕琢出整个地球。祂先后创造出了十大地区分别是：苍寰，珀尔，暮辉，西纳，绮欢，雾隐，幽芷，曦光，璃汐，绯樱，统称为精灵大陆。
随后，祂又以神奇的创造力，在这片广袤的大地上播撒生命的种子，于是，神奇宝贝、人类、植物等各类生灵相继诞生，一个充满生机与奇迹的世界就此成型。
然而，平静并未长久持续。阿尔法兽的出现，打破了世界的祥和。祂与阿尔宙斯之间爆发了一场惊心动魄的神魔之战，这场战斗堪称天地间的浩劫，双方的力量碰撞引发了无数的灾难。最终，阿尔宙斯虽艰难地获得了胜利，但也付出了惨重的代价。
在这场大战中，人类以及其他生灵几乎全部灭绝，当时的十大地区也破碎不堪，满目疮痍。战后，神柱王雷吉奇卡斯将剩余的大陆拼凑在一起，阿尔宙斯将这片新生的大陆命名为泛古大陆。
人类在经历了几十万年的漫长发展后，终于逐渐回到正轨。但三万年后，过于繁盛的人类文明却触犯了阿尔宙斯的底线。阿尔宙斯盛怒之下，动用终极审判之砾对人类进行了严厉的审判，刹那间，天崩地裂，世界陷入了一片混沌，地球由此进入了混沌时期，而在审判之前的时期被称为超古代。
一亿八千万年之后，生命的种子在这片历经磨难的土地上再次生根发芽，地球上逐渐重新出现了生命的迹象。又过了五千万年，人类再次出现在历史的舞台上，地球重新步入文明时期，进入远古时代。
好景不长，万年后，人类的贪婪与欲望再度膨胀，他们为了获得永恒的生命，开始不断地屠杀神奇宝贝，甚至还发明了捕捉神兽的邪术。这种疯狂的行为彻底激怒了阿尔宙斯，祂再次挥动审判的权杖，让地球重新陷入了混沌的深渊。
八千万年后，阿尔宙斯陷入了沉睡。四千万年后，为了让地球重新焕发生机，各大神兽毅然决定用自己的力量重新创造生命。在它们的努力下，人类再次出现在地球上。但万年后，各大神兽之间的矛盾逐渐激化，为了争夺领土，它们不断引发战乱、杀戮、毁灭与死亡。
这些负面情绪如同汹涌的黑暗潮水，让反转世界遭受了严重的污染，就连骑拉帝纳等超神也被卷入了这场残酷的纷争之中。
阿尔宙斯被这一切彻底激怒，它毫不留情地将各大神兽打入生死轮回之路，令它们重新修炼。同时，地球也再次遭受阿尔宙斯的审判，泛古大陆在这场审判中随之破碎。在这危急时刻，阿尔法兽企图利用各大神兽争战的混乱局面，不断攻击封印。
幸亏风早的残余力量加持了封印，再加上阿尔宙斯及时用终极审判之砾审判了地球，才使得阿尔法兽的邪恶计划功亏一篑。这场惨烈的战争被后人称为诸神黄昏之争，而这个时期则被称为次古时代。
八千万年后，阿尔宙斯结束了漫长的沉睡，再次展现出它的创世之力，重新创造了生灵。各大神兽也在这一时期重新诞生，它们从普通神奇宝贝开始修炼，与人类共同创造了一个又一个脍炙人口的传说。
最终，神兽们全部重登神位，三圣鸟、三圣柱、三圣菇、三圣剑等强大的神奇宝贝也在这一时期被创造出来，这个充满传奇色彩的时期被称为神话时代。
在这个时代，关东、成都、神奥、合众、卡洛斯五大地区的初阶版图也逐渐形成。
然而，人类文明的发展似乎总是伴随着无尽的欲望。随着人类文明的鼎盛发展，他们竟将贪婪的黑手伸向了一级神。令人震惊的是，他们对一级神的捕捉成功率竟达到了百分之五十，远远超过了当初超古代的百分之二十。这种肆无忌惮的行为再次引起了阿尔宙斯的强烈不满，导致了它的第四次审判。
四千万年后，阿尔宙斯再次施展创世神力，近古时代自此开启。这一次，固拉多与盖欧卡之间爆发了一场惊天动地的大战，它们的力量相互碰撞，创造出了许许多多的岛屿。后来，这些岛屿被雷吉奇卡斯拼凑在一起，形成了之后的芳缘大陆。而在这场大战之后，盖欧卡与固拉多的力量被剥夺，化为了红蓝宝珠，反哺芳缘。
三千年前，合众地区陷入了连绵不断的战乱之中，战争的硝烟弥漫在每一寸土地上，导致反转世界遭受了严重的污染。骑拉帝纳企图通过艾茵多奥克的青铜门降临合众地区，然而，它的计划被最强龙神成功拦截。双方实力旗鼓相当，展开了一场激烈的战斗。
在战斗的关键时刻，骑拉帝纳利用负面能量化为诅咒，将最强龙神一分为三，使其化身为雷希拉姆、捷克罗姆以及酋雷姆。酋雷姆则用自己剩余的力量化身龙脉，强行镇压了骑拉帝纳出现的青铜门，让它永远无法进入合众地区。在这场战斗中，骑拉帝纳的白金玉魂也丢失在了合众地区。
此后，合众地区流传起了龙神的传说，进入了充满神秘色彩的龙神时代。在这个时代，最出名的当属两位王子，他们分别驾驭着代表真实和理想的两位龙神，为了争夺王位，代表人类与神奇宝贝展开了激烈的角逐。
一千年前，一颗巨大的陨石向着地球呼啸而来，试图毁灭这片世界。阿尔宙斯挺身而出，全力阻挡陨石的降临。在这场艰难的战斗中，阿尔宙斯付出了巨大的代价，祂原本身上拥有的十八块生命之源的石板，在战斗中全部散落。后来，阿尔宙斯被达莫斯所救，为了感谢达莫斯的救命之恩，阿尔宙斯赋予他生命之珠，让米季那地区充满了生机与活力。
五百年前，关东帝国皇族的一脉前往合众地区。在机缘巧合之下，他们成功驾驭了真实龙神，获得了合众皇室的信任，并被赠予王位。
三百年前，关东和成都两大帝国之间的矛盾日益激化，最终爆发了激烈的冲突。关东帝国的大军如潮水般杀向圆朱市，一路上烧杀抢掠，生灵涂炭。在这场灾难中，铃铛塔也未能幸免，一场大火无情地烧毁了这座古老的建筑，三只小精灵不幸葬身火海。栖息在铃铛塔的双神之一的洛奇亚，无奈之下前往漩涡列岛。
凤王得知此事后，震怒不已，它施展神圣火焰，焚烧了关东帝军，为死去的小精灵报仇雪恨。同时，凤王也将那三只小精灵复活，它们就是之后的三圣兽。经此一役，凤王对人类彻底失望，它决定离开这片土地。
在离开之前，凤王命三圣兽作为人类的监视者，并承诺当它们承认人类与小精灵能够和平共处的时候，自己就会再度降临。
之后，两大帝国在白银山脉展开了一场规模空前的决战。双方投入了三十万大军，然而，这场残酷的战争最终以悲剧收场，双方的军队被白银山脉的野生精灵屠戮殆尽。
战后，关都两大帝国迫于各方压力，终于放下了成见，联合各个公国，成立了关都联盟。关东帝国的君王伊藤德暂代理事长。伊藤家族的大部分部人员扎根在关东和成都，合众一脉则依旧驻扎在合众地区，继续守护着家族的荣耀与使命。