韦曜心里越来越担忧害怕，就主动上书说自己年纪大了，请求辞去侍中、左国史这两个官职，只希望能完成正在撰写的史书，把其他事务交给别人处理。可孙皓始终不同意。后来韦曜生病，孙皓虽然派人给他送医送药、监护照顾，却抓着他不放，催他做事更急了。
孙皓每次设宴，都会持续一整天，在座的人不管能不能喝酒，都规定要喝够七升。就算喝不完，也要把酒倒在杯子里灌下去，必须喝完。韦曜平时喝酒，从来超不过两升。一开始孙皓还对他特别礼遇，常常为他减少酒量，有时还偷偷赐他茶水代替酒。可等到韦曜失宠后，孙皓就强迫他喝酒，只要喝不完，就把这当成罪过。
另外，孙皓还喜欢在酒后，让侍臣去刁难反驳朝中大臣，用嘲弄、贬低的方式，揭别人的隐私和短处来取乐。要是有人犯错，或者不小心触犯了孙皓的名讳（古代对君主的名字要避讳，不能直接说），就会被抓起来，严重的甚至会被杀掉。
韦曜觉得，这样做表面上是互相诋毁伤害，实际上会助长内心的怨恨，让朝廷上下不能和睦相处，不是什么好事。所以每次被要求刁难大臣时，他只拿儒家经典里的义理来提问，不参与嘲弄。孙皓却认为韦曜不听从自己的命令，对自己不够忠诚尽力，于是把之前积累的不满和怨恨加在一起，下令把韦曜抓起来关进监狱。这一年，是凤皇二年（公元 273 年）。
韦曜在监狱里，通过狱吏递上了一封奏疏，说：“我蒙受陛下的恩惠，受到的宠爱没人能比，却没有一点微小的功劳来回报，白白辜负了陛下的恩宠，让自己陷入重罪。想到自己即将化为灰烬，永远被抛弃在黄泉之下，我心里还有些想法，实在想让陛下知道。
我以前见过世间有古代的历法注释，里面记载的内容大多虚假不实，就算是写在书籍里的，也有很多错误。我于是查阅各种传记史料，考证核对不同说法，收集自己亲眼所见、亲耳所闻的内容，写了一部《洞纪》，从远古的伏羲开始，一直写到秦、汉时期，一共三卷。本来还打算从黄武年间（孙权的年号，公元 222-229 年）开始，另外写一卷，可惜事情还没完成。
我还见过刘熙写的《释名》（一部解释事物名称的书），里面确实有很多好内容，可世间事物种类太多，很难详细研究，所以难免有对有错，尤其是关于官爵的部分，还有不少错误。我觉得官爵制度，是现在最需要弄清楚的，不该出现错误。我不顾自己身份低微，又写了《官职训》和《辩释名》各一卷，本来想上奏给陛下看。刚抄写完成，就因为自己没规矩（指触怒孙皓），被关在监狱里等待处置。等到我被杀的时候，最遗憾的就是这些书没能让陛下看到。所以我冒昧地在死前写下这份奏疏，恳请陛下把这些书从秘密府库（朝廷收藏书籍的地方）里取出来，呈给陛下过目。
我又怕自己见识浅薄、内容粗陋，不符合陛下的心意，心里又害怕又紧张，呼吸都像小鸟一样轻，恳请陛下能垂怜体察。”
韦曜本想靠这封奏疏求条活路，可孙皓看到奏疏后，没被他的恳切打动，反而嫌弃奏疏上有污渍，特意拿这事质问韦曜。韦曜赶紧解释：“臣写这封奏疏，本来是想呈给陛下看的，怕里面有错误，反复检查诵读，不小心弄脏了。现在被陛下质问，臣吓得浑身发抖，说话都不利索了。臣在这里向陛下认罪，叩首五百下，还恨自己不能亲手抽打自己来谢罪。”
就在韦曜生死悬一线时，华核接连上奏疏救他，疏中说：“韦曜赶上这千年难遇的时代，承蒙陛下特殊的怜悯和赏识，凭着他的儒学功底，能参与编写国史，还能像‘貂蝉’（古代高官的服饰装饰，代指高官）一样在宫中任职，回答陛下的提问。圣明的朝廷一向仁爱宽厚，重视礼法、追念先辈，之前迎接神灵祭祀时，陛下还流着泪嘱咐韦曜做好记录。
可韦曜愚笨糊涂，没能好好宣扬陛下像舜帝那样的美德，反而因为固执地坚持史官的规矩（指反对给孙和写 “纪”）被关押，导致陛下的圣明意图没法记录，高尚品行没法彰显 —— 这确实是韦曜愚昧造成的死罪。
但臣怀着诚恳的心意想说：韦曜从小就勤奋好学，就算老了也没懈怠，钻研古代典籍，能做到温故知新，说起他了解的古今大事，在朝外官员里，没几个人能比得上他。从前李陵当汉朝将领，兵败后没回国反而投降了匈奴，司马迁没有痛恨李陵，还为他辩解。汉武帝因为司马迁有优秀史官的才能，想让他完成正在撰写的《史记》，忍着怒气没杀他，最后《史记》终于写成，流传千古。现在韦曜在吴国，就像汉朝的司马迁啊！
臣看到这些年，各地出现的祥瑞征兆很明显，神灵的指示、上天的回应接连出现，天下统一的日子，想必不会太远了。等天下平定后，需要根据时代情况制定制度 —— 三王（夏禹、商汤、周文王）的礼仪不互相沿用，五帝（黄帝、颛顼、帝喾、尧、舜）的音乐不互相承袭，质朴和文饰的道路不同，增减修改的方式也不一样，这时候就需要韦曜这样的人，依照古代的道义，来修改制定新制度。
汉朝继承秦朝的基业，有叔孙通制定了一代礼仪；韦曜的才学，也和叔孙通不相上下。另外，《吴书》虽然已经有了大致框架，可 “叙赞”（史书里总结性的评论文字）还没写。从前班固写《汉书》，文辞典雅优美；后来刘珍、刘毅等人写《汉记》，远比不上班固，尤其是 “叙传” 部分，写得更差。现在《吴书》要流传千年，和其他史书编在一起，后代有才能的人会根据它评判善恶 —— 要是没有韦曜这样的良才完成它，实在会让这部不朽的史书留下缺憾。像臣这样愚笨无能的人，实在没法胜任这个任务。