孙权又曾怪罪校尉殷模，定的罪名很重。大臣们大多为殷模说话，孙权却更加生气，和众人反复争辩，只有诸葛瑾沉默不语。孙权说：“子瑜为什么偏偏不说话？” 诸葛瑾起身离座说：“我和殷模等人遭遇本州战乱，百姓几乎死光，我们抛弃祖坟，扶老携幼，拨开荒草荒野，归顺您的圣明教化，在流亡的臣民中，蒙受您保全生命的恩德。我们却不能亲自互相督促勉励，来报答您万分之一的恩情，以至于让殷模辜负您的恩惠，自己陷入罪过。我认罪都来不及，实在不敢多说什么。” 孙权听了这话很伤感，就说：“我特意为您赦免他。”
后来诸葛瑾跟随孙权讨伐关羽，因功被封为宣城侯，以绥南将军的身份接替吕蒙兼任南郡太守，驻守公安。刘备向东讨伐吴国时，吴王孙权派人求和，诸葛瑾给刘备写信说：“突然听说大军已到白帝城，我猜想朝中大臣可能会认为吴王侵占荆州、害死关羽，怨恨太深、灾祸太大，不该答应讲和，这是只看重小事，没留意大局啊。请允许我为陛下分析其中的轻重大小。陛下如果能放下威严、平息怒气，暂且听听我的话，就能立刻做出决断，不必再征求大臣们的意见了。陛下觉得关羽和先帝（指汉献帝）哪个更亲近？荆州和全国疆土哪个更重要？都该报仇的话，谁该先谁该后？要是想清楚这些，决策就像翻手掌一样容易。”（臣松之认为：刘备把蜀地当作关隘山河，把荆楚当作重要屏障，关羽在沔水、汉水一带用兵，志向是震慑中原，虽然辅佐君主成就霸业的功劳未必能成，但确实威名远扬，有自己的谋划策略。孙权暗藏祸心，帮助魏国除掉关羽，这是在剪除辅佐汉朝的军队，执行曹操迁都的计谋，拯救汉朝的规划，到这里就中断了。正义之师的进攻目标，本该是孙氏。诸葛瑾用大义来责备刘备，刘备回应时不愁没有说辞；况且刘备和关羽的关系，就像四肢一样密不可分，臂膀被斩断，悲愤痛苦已经很深，难道这种空泛的书信能让大军停下吗！把这段记载在史书里，实在是浪费笔墨。）
当时有人传言诸葛瑾暗中派亲信和刘备联络，孙权说：“我和子瑜有生死不变的誓言，子瑜不会辜负我，就像我不会辜负子瑜一样。”（《江表传》记载：诸葛瑾驻守南郡时，有人秘密诬陷他。这话传到外面，陆逊上奏担保诸葛瑾没有这事，希望能消除孙权的疑虑。孙权回复说：“子瑜和我共事多年，恩情像骨肉一样深厚，我非常了解他，他的为人是不合道义的事不做，不合情理的话不说。从前刘备派诸葛亮到吴国，我曾对子瑜说：‘你和孔明是亲兄弟，弟弟跟随哥哥，从道义上讲是合理的，为什么不留住孔明？孔明如果留下来跟着你，我会写信向刘备解释，他想必会尊重个人意愿。’子瑜回答我说：‘弟弟诸葛亮已经投靠别人，立下君臣名分，从道义上讲不能有二心。弟弟不留下，就像我不会去蜀国一样。’他的话足以感动神明。现在怎么会有这种事呢？我之前收到诬告他的文书，就封存起来给子瑜看，还亲手写信给他，很快就收到他的回信，信中论述了天下君臣之间名分已定的大节。我和子瑜可以说是精神相通的朋友，不是外人的话能离间的。知道你心意恳切，就把你的奏表封存好给子瑜看，让他明白你的意思。”）
黄武元年，诸葛瑾升任左将军，督守公安，被授予符节，封为宛陵侯。（《吴录》记载：曹真、夏侯尚等人在江陵围攻朱然，又分兵占据中州，诸葛瑾率领大军前去救援。诸葛瑾性格宽和迟缓，做事讲究道理、依靠计谋，没有应对紧急情况的应变之术，战事久拖不决，孙权因此对他有些失望。到了春天江水上涨，潘璋等人在上游建造水城，诸葛瑾趁机进攻浮桥，曹真等人被迫退走。虽然没有立下大功，但也保全了军队、守住了边境，算是有功。）
虞翻因为狂放直率被流放，只有诸葛瑾多次为他说情。虞翻给亲友写信说：“诸葛瑾为人敦厚仁爱，像上天一样救活万物，最近承蒙他公正议论，我才得以保住名分。我罪恶深重，被猜忌得厉害，虽然有祁奚那样的人救援，但我的德行比不上羊舌肸，想得到赦免恐怕很难。”
诸葛瑾容貌端庄、有气度见识，当时的人都佩服他的宽宏文雅。孙权也很敬重他，遇有大事就咨询他的意见。孙权又曾单独咨询诸葛瑾说：“最近收到伯言（陆逊）的奏表，他认为曹丕已死，遭受战乱的百姓会望着我们的旌旗就瓦解溃散，可实际情况却更平静。听说魏国都选用忠良之士，放宽刑罚，广施恩惠，减轻赋税徭役，来取悦民心，这样的祸患比曹操时期更严重。我认为不是这样。曹操的作为，只是杀伐稍微过分，以及离间别人骨肉，显得残酷而已。至于驾驭将领的能力，自古以来少有。曹丕比起曹操，差得远了。现在曹叡不如曹丕，就像曹丕不如曹操一样。他之所以致力于施行小恩小惠，一定是因为父亲刚去世，自己觉得势力衰弱，担心困苦的百姓会突然崩溃，所以勉强委屈自己来争取民心，想借此安稳立足罢了，难道这是兴盛的迹象吗！听说他任用陈长文（陈群）、曹子丹（曹真）等人，有的是文人儒生，有的是宗室外戚，他们难道能驾驭雄才虎将平定天下吗？权力不集中，事情就会出错，就像从前张耳、陈馀，并非不和睦，到了掌握权势时，却自相残杀，这是事理发展的必然。再说陈长文这类人，从前之所以能坚守善道，是因为曹操压着他们，畏惧曹操的威严，所以才尽心竭力，不敢作恶。到曹丕继承大业时，已经长大成人，在曹操之后用恩情笼络他们，才能让他们感恩戴德。现在曹叡年幼弱小，任人摆布，这些人必定会趁机耍弄手段、故作姿态，结党营私，各自扶持依附自己的人。到那时候，奸邪谗言四起，互相陷害怨恨，渐渐产生猜忌隔阂。一旦这样，大臣们争权夺利，君主年幼无法控制，国家败亡还能长久吗？之所以知道会这样，是因为从古到今，哪有四五个人把持朝政大权，却不会互相攻击倾轧的呢！强者欺凌弱者，弱者寻求外援，这是导致动乱灭亡的道路啊。子瑜，你只管仔细听着，伯言在谋划算计方面常常很出色，恐怕在这件事上稍有欠缺。”（臣松之认为魏明帝曹叡是一代贤明君主，政令由自己发出，孙权这番议论，最终没有应验，而史书记载下来，是因为君主年幼国家不安定、权力不集中时，动乱灭亡的迹象就会像孙权说的那样，应当留存下来作为借鉴。或许虽然对明帝来说不准确，但在齐王曹芳时期却得到验证，齐王在位时，难道不能说应验了吗！史书不敢明确指责，却足以用含蓄的言辞来表明。）
孙权称帝后，任命诸葛瑾为大将军、左都护，兼任豫州牧。等到吕壹被诛杀，孙权又下诏让诸葛瑾等人反思朝政得失，相关内容记载在《孙权传》中。诸葛瑾总是结合具体事务回应，言辞顺理成章、持论公正恰当。他的儿子诸葛恪，在当时名气很大，孙权非常器重他，认为他不同寻常；但诸葛瑾却常常嫌弃这个儿子，说他不是能保全家族的人，常常为此忧愁不安。（《吴书》记载：起初，诸葛瑾担任大将军，而弟弟诸葛亮在蜀国做丞相，两个儿子诸葛恪、诸葛融都掌管军事，统领将帅，族弟诸葛诞又在魏国声名显赫，一家人在魏、蜀、吴三国都身居高位，天下人都认为这是很荣耀的事。诸葛瑾的才能谋略虽然比不上弟弟，但品德更加纯正。妻子去世后他没有再娶，有个宠爱的妾生下儿子，他却不抚养，他的笃实谨慎都像这样。）赤乌四年，诸葛瑾去世，享年六十八岁。他留下遗嘱，要求用不加修饰的素棺，穿着平时的衣服入殓，丧事一切从简。当时诸葛恪已经自己封了侯，所以由弟弟诸葛融继承爵位，统领军队驻守公安。（《吴书》记载：诸葛融，字叔长，生长在富贵人家，从小就骄纵享乐，学习儒家章句之学，涉猎广泛却不精深。他性格宽容，掌握多种技艺，多次以平民身份奉朝请，后来被任命为骑都尉。赤乌年间，各郡征调军队，新都都尉陈表、吴郡都尉顾承各自率领部下在毗陵屯田，参与屯田的男女各有几万口。陈表生病去世后，孙权让诸葛融接替陈表，后来又代替父亲诸葛瑾统领军队。）