袁术起初答应让孙策担任九江太守，不久却改用丹杨人陈纪。后来袁术想攻打徐州，向庐江太守陆康索要三万斛米。陆康不给，袁术非常生气。孙策从前曾经去拜见陆康，陆康不见他，让主簿接待他。孙策一直怀恨在心。袁术派孙策去攻打陆康，对他说：“之前错误地任用了陈纪，常常遗憾没能实现本意。现在如果能攻下陆康，庐江就真的归你了。” 孙策攻下了陆康，袁术却又任用他原来的官吏刘勋做太守，孙策更加失望。
在这之前，刘繇担任扬州刺史，扬州过去的治所在寿春。寿春已经被袁术占据，刘繇就渡江把治所迁到曲阿。当时吴景还在丹杨，孙策的堂兄孙贲又担任丹杨都尉，刘繇到了以后，把他们都赶走了。吴景、孙贲撤退到历阳驻守。刘繇派樊能、于麋驻扎在横江津，张英驻扎在当利口，来抵御袁术。袁术自己任用原来的官吏琅邪人惠衢做扬州刺史，又任命吴景为督军中郎将，和孙贲一起带兵攻打张英等人，打了好几年都没打赢。孙策于是劝说袁术，请求帮助吴景等人平定江东。
《江表传》记载：孙策劝袁术说：“我家在江东一带向来有恩义，我愿意帮舅舅攻打横江；拿下横江后，就回故乡招募士兵，能得到三万人马，来辅佐您匡扶汉室。” 袁术知道孙策对自己心怀不满，但当时刘繇占据着曲阿，王朗在会稽，他觉得孙策未必能平定这些地方，所以就答应了孙策的请求。
随后，袁术上表推荐孙策担任折冲校尉，兼任殄寇将军。当时孙策手下只有一千多名士兵，几十匹战马，还有几百个愿意追随他的门客。等他们到了历阳，队伍已经扩充到五六千人。孙策的母亲之前从曲阿迁到了历阳，孙策又把母亲迁到阜陵，之后率军渡江作战，所到之处都能攻破敌军，没人能抵挡他的锋芒，而且他的军队纪律严明，百姓都归顺他。
《江表传》详细描述了这段经历：孙策渡江攻打刘繇的牛渚营，缴获了营中仓库里所有的粮食和作战器械，这一年是兴平二年。当时彭城相薛礼、下邳相笮融依附刘繇，尊他为盟主，薛礼占据秣陵城，笮融在秣陵县南边驻军。孙策先攻打笮融，笮融出兵迎战，孙策的军队斩杀了五百多人，笮融立刻紧闭城门不敢再出战。孙策趁机渡江攻打薛礼，薛礼突围逃跑，而樊能、于麋等人又集合人马夺回了牛渚屯。孙策得知后，回军打败了樊能等人，俘获了一万多男男女女。
之后，孙策又去攻打笮融，却被流箭射中，伤到了大腿，不能骑马，只好坐着轿子回到牛渚营。有人叛变告诉笮融说：“孙郎中箭死了。” 笮融非常高兴，立刻派将领到兹乡攻打孙策。孙策派几百名步兵骑兵前去挑战，在后面设下埋伏，敌军出兵迎战，双方还没交手，孙策的士兵就假装逃跑，敌军追到埋伏圈里，孙策的军队大败敌军，斩杀了一千多人。孙策随后到了笮融的营寨下，让手下大声呼喊：“孙郎到底怎么样了！” 敌军因此惊恐不已，连夜逃走了。笮融听说孙策还活着，就挖深壕沟、筑高墙，整治防御工事。孙策因为笮融驻军的地势险要坚固，就放弃攻打他，去海陵打败了刘繇的另一支部队，转而进攻湖孰、江乘，都攻了下来。
孙策这个人，容貌英俊，喜欢说笑，性格豁达，能听取他人意见，善于任用人才，所以见过他的士民，没有不尽心尽力，愿意为他效死的。刘繇丢下军队逃跑了，各郡的太守也都放弃城池逃走。
《江表传》里说：孙策当时年纪还轻，虽然有官职名号，但士民都叫他孙郎。百姓听说孙郎来了，都吓得失魂落魄；地方长官丢下城池，逃到山林草丛中躲藏起来。等孙策到了之后，士兵们都遵守命令，不敢抢劫掠夺，就连百姓的鸡狗蔬菜，都一点不侵犯，百姓这才非常高兴，争相拿着牛肉美酒到军营来犒劳。刘繇逃跑后，孙策进入曲阿，慰劳赏赐将士，派将领陈宝到阜陵迎接母亲和弟弟。他还发布政令，告诉各县：“那些刘繇、笮融等人的同乡和部下前来投降的，一概不追究；愿意参军的，一个人来就行，家里的赋税徭役全免；不愿意的，也不勉强。” 短短十天之内，四面八方的人都聚集过来，孙策得到了两万多名士兵，一千多匹战马，威名震动江东，局势也变得越来越有利。
吴地人严白虎等人各有一万多人马，在各处屯兵聚集。吴景等人想先打败严白虎等人，再进军会稽。孙策说：“严白虎这些人都是盗贼，没有远大志向，肯定能被我们擒获。” 于是就率军渡过浙江，占据会稽，在东冶展开屠杀，随后打败了严白虎等人。
《吴录》记载：当时有乌程人邹他、钱铜以及前合浦太守嘉兴人王晟等，各自聚集了一万多或几千人马。孙策率军征讨，把他们都打败了。孙策的母亲吴氏说：“王晟和你父亲的关系好到可以进入内堂见家人，现在他的儿子兄弟都已经被处死，只剩下他一个老翁，不值得再害怕了吧？” 孙策于是放了王晟，其余的人都被灭族。
孙策亲自讨伐严白虎，严白虎筑起高墙坚守，派他的弟弟严舆请求议和。孙策答应了。严舆请求单独和孙策见面约定。见面后，孙策拔出刀砍向坐席，严舆吓得身体发抖，孙策笑着说：“听说你能坐着跳起来，身手敏捷不一般，我只是跟你开个玩笑而已！” 严舆说：“我是看到刀才这样的。” 孙策知道他没什么本事，就拿手戟扔向他，严舆当场死去。严舆有勇力，严白虎的部众因为他死了，都非常害怕。孙策趁机进攻，打败了他们。严白虎逃到余杭，到许昭那里投靠了他。程普请求攻打许昭，孙策说：“许昭对旧主有义气，对老朋友真诚，这是大丈夫的志向啊。” 于是就放了许昭。
臣裴松之按语：许昭对旧主有义气，说的是他救助盛宪的事，这件事在后面的注释中有记载。对老朋友真诚，指的是他收留严白虎。
孙策把地方长官全都换成了自己的人，自己兼任会稽太守，又任命吴景为丹杨太守，孙贲为豫章太守；从豫章分出一部分设立庐陵郡，让孙贲的弟弟孙辅担任庐陵太守，丹杨人朱治为吴郡太守。彭城人张昭、广陵人张纮、秦松、陈端等人担任出谋划策的主要官员。
《江表传》说：孙策派遣奉正都尉刘由、五官掾高承带着奏章前往许都，拜见汉献帝，献上地方特产。
当时袁术冒用帝王的名号，孙策写信斥责他，并和他断绝了关系。
《吴录》记载，孙策让张纮写了一封信，信中说道：“上天特意安排了负责监察过失的星宿，圣明的君主设置了敢于进谏的鼓，就是为了防备错误出现，及时纠正过失，这是为什么呢？因为人总有长处，也必然有短处。去年冬天，听说您有什么重大计划，大家没有不感到害怕的；后来知道是为朝廷供应贡品，众人的疑惑才解开。最近又听说您打算按之前的想法行事，而且定下了具体日期，这让我更加疑惑，猜想可能是谣言；可要是真的这样做，百姓还能指望什么呢？
从前各地发起义兵，天下有识之士纷纷响应，是因为董卓擅自废立皇帝，杀害太后和弘农王，掳掠宫女，挖掘帝王陵墓，残暴叛逆到了极点，所以各州郡的英雄豪杰听到消息后都仰慕道义，起兵反抗。您凭借威武在外面征讨，董卓最终在内部被消灭。首恶已经被除掉，年幼的天子东归，让太傅、少傅传达命令，希望各路军队整顿返回，可河北的势力却和黑山军勾结，曹操在东边的徐州肆虐，刘表在南方的荆州作乱，公孙瓒在北边的幽州骄横跋扈，刘繇在江边顽抗，刘备在淮河一带争夺势力，所以我们没能听从命令放下武器。现在刘备、刘繇已经被打败，曹操等人陷入饥荒困境，按理说应该和天下人一起谋划，铲除这些坏人。可您却放弃这个目标，有自己称帝的想法，这不是天下人所期望的，这是第一点。
从前成汤讨伐夏桀，说夏桀罪恶多端；周武王讨伐商纣，也说商纣罪孽深重。这两位君王虽然有圣明的德行，适合统治天下，但如果没遇到那样的时机，也没办法兴起。年幼的天子对天下人没什么恶行，只是因为年纪还小，被权臣胁迫，如果没有过错却被剥夺皇位，恐怕不符合成汤、周武王的做法，这是第二点。
董卓虽然狂妄狡诈，至于废黜君主自己掌权，也还没到称帝的地步，可天下人听说他的残暴行径，都愤怒地同心协力反对他，凭着中原不太擅长作战的士兵，对抗边境强悍的敌人，所以他才很快就败亡了。现在天下的人都熟悉了作战，要是您想大举行动称帝，只会招来灾祸，这是第三点。