在天下局势逐渐趋于稳定，中原地区稍稍安定之后，那些因战乱而流亡到辽东的人都纷纷返回家乡，然而管宁却依旧安然地留在辽东，仿佛要在此度过余生。
黄初四年，魏文帝下诏，令公卿大臣举荐品行独特、坚守操守的君子。司徒华歆深知管宁的贤德，便向朝廷举荐了他。魏文帝即位后，征召管宁入朝为官。管宁接到诏令后，带着家属乘船渡海，返回北海郡。公孙度之孙公孙恭亲自将他送到南郊，并赠送了许多衣物等用品。
自管宁前往辽东以来，公孙度、公孙康、公孙恭三代人先后赠送给他的财物，他都一一接受并妥善收藏起来。如今西渡返回中原，管宁将这些财物全部封存归还。（据《傅子》记载：当时公孙康已经去世，他并未传位给嫡子，而是由弟弟公孙恭继承。公孙恭性格懦弱，而公孙康的庶子公孙渊才华出众。管宁预感到：“废嫡立庶，下面的人必然会心生异志，这就是祸乱的根源啊。”于是，他带着家属乘船渡海，接受了朝廷的征召。管宁在辽东一共待了三十七年才返回中原。后来，公孙渊果然夺取了公孙恭的位置，背叛魏国，向南与东吴勾结，还僭越称帝。魏明帝派遣相国宣文侯司马懿前去征讨，最终将其消灭。这场战乱中，辽东地区死伤无数，正如管宁当初所预料的那样。管宁在归途中，海上遭遇了猛烈的风暴，同行的船只大多沉没，唯有管宁乘坐的船安然无恙。当时，夜黑风高，海面一片昏暗，船员们都迷失了方向，不知该往何处停泊。突然，他们望见远处有火光闪烁，便朝着火光的方向驶去，最终抵达了一座岛屿。然而，这座岛上荒无人烟，也没有生火留下的灰烬，同行的人都感到十分惊异，认为这是神灵庇佑的结果。皇甫谧说：“这是管宁长期积善的报应啊。” ）
魏文帝下诏，任命管宁为太中大夫，管宁却坚决推辞，不肯接受。（《傅子》记载：管宁上书给天子，以生病为由推辞道：“臣听闻傅说托梦感动殷高宗，吕尚通过占卜的吉兆打动周文王，他们凭借着通神的才能让圣主有所感悟，从而得以辅佐帝王大业，建立不朽功勋。而臣才疏学浅，实在不是能担当此任的人。虽然臣渴望生活在清明的时代，能够摆脱世俗的束缚。但臣内心深知自己身患顽疾，身体状况如同日落西山，日渐衰弱。希望陛下能体谅臣这个隐居山野之人的心愿，让臣这把老骨头能安度余生。”奏书呈上后，魏文帝亲自阅览。 ）
魏明帝即位后，太尉华歆主动提出逊位，想要把职位让给管宁。（《傅子》记载：司空陈群也向朝廷举荐管宁，他说：“臣听说君王彰显善行是为了消除恶行，所以商汤推举伊尹，不仁之人便纷纷远离。臣看到北海的征士管宁，他的品行堪称世人的表率，学识足以为人师表，其清正俭朴的品德能够涤荡不良风气，忠贞正直的操守可以矫正时弊。之前虽然多次征召他，但礼数还不够周全。昔日司空荀爽在家中被授予光禄之职，先儒郑玄一被征召就被任命为司农，如果这次能够以更加完备的礼节征召管宁，或许他必定会应召而来。将他请到朝堂，让他参与讨论治国之道，他一定能够阐明古今的道理，对国家的教化大有裨益。” ）
于是，魏明帝下诏说：“太中大夫管宁，潜心钻研道德学问，对六艺深信践行，其清高淡泊的品性可与古人相媲美，廉洁清白的操守足以在当世树立典范。过去，正值王道衰落，他远渡重洋，隐居在辽东。如今大魏承受天命，他便带着家眷前来归附，这大概就如同应龙潜藏之后飞升，圣贤之人根据时势决定出仕或归隐的道理一样。然而，自黄初年间以来，朝廷多次下达征召命令，他却每次都以生病为由推辞，拒不前来。难道是朝廷的施政方针与他的志趣不同，还是他安心于山林生活，一去便不愿返回呢？以周公那样的圣贤，若德高望重的老人不肯出山相助，就听不到凤凰的鸣叫。（《尚书·君奭》中说：“老成有德之人不肯屈就与我一同在位，那么我就听不到凤凰的鸣叫，更何况说会有能感通上天的人出现呢！”郑玄注释道：“耇，是年老的意思。造，是成就的意思。《诗经》中说：‘小子有造。’老成有德之人，不肯降低志向与我一起在位，那么就听不到凤凰的叫声，更何况说有能德配上天的人呢！意思是肯定不会有。鸣鸟指的就是凤凰。” ） 凭借秦穆公那样的贤明，尚且希望向德高望重的老人请教。何况朕德行浅薄，又怎能不渴望从先生那里聆听治国之道呢！如今任命管宁为光禄勋。在礼仪中，君臣之道是至关重要的，不可废弃。希望先生务必尽快前来，以满朕的心意。”
魏明帝又下诏给青州刺史，说道：“管宁心怀大道，坚守贞节，隐居在海边。近来朝廷多次下达征召文书，他却违抗命令，不肯前来，留恋安逸，以隐居为高尚之事。虽然他有着隐居之人的坚贞操守，但却违背了像考父那样的恭谨之义，让朕多年来虚心期盼，这又该作何解释呢？难道他只想贪图安逸，肆意满足自己的意愿，却不曾想过古人也有幡然改变气节，从而使百姓受益的吗？时光流逝，机会稍纵即逝，若只是修身养性，又能有什么作为呢？孔子曾说：‘我不与这些人交往，又能与谁交往呢！’现命令别驾从事、郡丞掾，奉诏以礼相待，送管宁前往朕的行在，为他提供安车、随从、被褥，以及路上的饮食。出发前要先上奏。”
管宁以草莽臣子的身份上疏道：“臣本是海边一个微不足道的人，早已放下农事，也没有什么官职在身，却有幸得到朝廷的厚待。承蒙陛下继承先帝的大业，德行堪比三皇，教化超越唐尧。臣长期蒙受陛下的恩泽，至今已有十二年，却无法报答陛下的恩养。如今臣身患重病，卧床不起，长久以来违背了臣子应尽的职责，日夜惶恐不安，无地自容。臣在黄初元年十一月接到公车司马令传达给州郡的诏书，八月甲申又接到陛下的征召诏书，还额外赏赐了安车、衣物、被褥，以礼相送，荣耀与恩宠接连而至，优厚的任命不断下达，这让臣惶恐不安，不知所措。臣本想向陛下陈述自己的想法，表达内心的苦衷，但陛下的诏令却限制了臣，不允许臣撰写奏章，因此心中的想法一直郁积至今。臣原以为陛下的恩泽虽广，但终有限度，却没想到陛下的恩宠越发隆重。今年二月，臣又接到州郡传达的三年十二月辛酉的诏书，再次赏赐安车、衣物，别驾从事和郡功曹奉命以礼送臣启程，还特地下达玺书，任命臣为光禄勋。陛下亲自操劳，态度谦逊，还引用周、秦的典故，以彰显损上益下的美德。臣接到诏书的那天，吓得魂飞魄散，不知如何是好。臣再次反省自己，论德行，臣比不上商山四皓中的园公和绮里季，却承蒙赐予安车的荣耀；论功劳，臣不及窦融，却受到玺书封侯的恩宠。臣才疏学浅，如同房屋的斗拱和短柱一样低劣，却要承担栋梁的重任；垂暮之年，却获九卿之位，臣实在担心会像朱博那样因无才而招来灾祸。而且臣年事已高，疾病缠身，身体状况日益恶化，实在无法乘车赶路，去履行光禄勋的职责。臣遥望皇宫，在宫阙下徘徊，恭敬地呈上此奏章，陈述心中的想法，恳请陛下怜悯并体谅臣，抑制对臣的恩宠，准许臣归隐，不要让臣这把老骨头暴尸于道路。”
从黄初年间到青龙年间，朝廷对管宁的征召接连不断，还常常在八月赏赐他牛和酒。魏明帝曾下诏询问青州刺史程喜：“管宁是真的坚守气节，还是真的年老体弱、困顿不堪呢？”程喜上奏说：“管宁有个族人管贡在州里任职，与管宁相邻。臣常常让管贡留意管宁的情况。管贡说：‘管宁常常戴着黑色的帽子，穿着布制的短衣、裤子和裙子，根据季节变化增减衣物。他出入家中，能够自己拄着拐杖行走，不需要别人扶持。四季祭祀祖先时，他总是勉强支撑着身体，换上庄重的衣服，戴上丝绵头巾，还穿着在辽东时的白布单衣，亲自献上祭品，跪拜行礼，一丝不苟。管宁年少时母亲就去世了，他已记不清母亲的模样，但每次祭祀时，他都会特意为母亲敬酒，常常泪流满面。他家住的地方离水七八十步远，夏天时，他会到水中清洗手脚，还会到园圃中看看。’臣推测管宁前后推辞的原因，他只是因为长期隐居，年纪大了，才智衰退，所以才选择隐居，每次都坚持谦逊退让。这只是他希望保全自己的志向和品行，并非是为了故意标榜自己的清高。”（《高士传》记载：管宁从渡海前往辽东到返回中原，常常坐在一张木榻上，五十多年来，他从没有伸开双腿而坐，木榻上膝盖所接触的地方都被磨穿了。 ）