建安八年，曹操为表彰荀彧前后所立下的赫赫战功，上表朝廷，请求封荀彧为万岁亭侯。（《荀彧别传》中记载了曹操的奏表：“臣听闻，谋虑是功绩的首要因素，谋略是受赏的根本依据。在战场上立下的赫赫战功，比不上在朝堂上出谋划策的功劳；在野外杀敌再多，也不如为国家建立的功勋重要。所以，当初周公旦受封曲阜，并不比姜太公受封营丘晚；萧何得到的封地，比曹参受封平阳还要早。精妙的计策、重大的谋略，向来为古今所推崇。侍中兼尚书令荀彧，品德高尚，操行优良，无论年少还是年长，行事皆无可指摘。在这乱世纷扰之际，他心怀忠诚，一心渴望国家太平。臣自最初起兵举义，四处征战，与荀彧齐心协力，共同辅佐朝廷，荀彧所献的计策，无不成效显着。臣能够成就一番事业，多亏了荀彧的辅佐，就如同拨开浮云，让日月重放光芒。陛下恩准，荀彧身处中枢机要之位，忠诚恭敬，谨慎行事，如同在薄冰上行走一般小心翼翼。他深入钻研、锐意进取，妥善处理各项事务。天下能够平定，荀彧居功至伟。他应当享有高爵，以此彰显他的卓越功勋。”荀彧认为自己并没有在战场上冲锋陷阵的功劳，坚决推辞，不肯接受曹操的表奏。曹操写信给荀彧说：“自从与您共事以来，在建立朝廷、匡扶朝政、举荐人才、出谋划策、暗中筹划等诸多方面，您都给予了我极大的帮助。功劳并非都要通过在战场上作战才能获得，希望您不要再推辞了。”荀彧这才接受了封赏。）
建安九年，曹操攻克邺城，兼任冀州牧。有人向曹操建议：“应该恢复古代设置九州的制度，如此一来，冀州所管辖的地域就会十分广阔，天下人也会因此归服。”曹操打算采纳这个建议，荀彧却进谏道：“如果这样做，冀州将会得到河东、冯翊、扶风、西河、幽州、并州等地，涉及的地区和人口众多。之前您打败袁尚，擒获审配，此事震惊天下，各地的人必定都担心自己无法保住土地和军队。如今要是把这些地方都划归冀州管辖，他们肯定会人心惶惶。而且，有不少人劝说关右的将领们采取闭关自守的策略；如果他们听说了这件事，会认为自己的领地也会依次被夺走。一旦引发变故，即便有善于防守的人，也会在相互胁迫之下做出不法之事。这样一来，袁尚就能得到喘息的机会，袁谭也会心怀二心，刘表则能继续据守江、汉之间，那时想要谋取天下就更加困难了。希望您赶紧率军先平定河北地区，然后修复旧都洛阳，再向南进军荆州，责问刘表为何不向朝廷进贡。如此，天下人就都能明白您的心意，人心也会安定下来。等天下完全平定之后，再商议恢复古代制度的事情，这才是对国家长治久安有利的做法。”曹操听后，便搁置了恢复九州制度的提议。
当时，荀攸常常担任曹操的主要谋士。荀彧的兄长荀衍以监军校尉的身份镇守邺城，都督河北地区的事务。曹操征讨袁尚的时候，高干暗中派兵企图袭击邺城，荀衍提前察觉，将这些叛军全部诛杀，因功被封为列侯。（《荀氏家传》记载：荀衍字休若，是荀彧的三哥。荀彧的四哥荀谌，字友若，其事迹在《袁绍传》中有记载。陈群与孔融谈论汝、颍地区的人物时，陈群说：“荀文若（荀彧）、公达（荀攸）、休若、友若、仲豫，在当今世上无人能与之相比。”荀衍的儿子荀绍，官至太仆。荀绍的儿子荀融，字伯雅，与王弼、钟会都很有名，担任过洛阳令，还参与过大将军府的军事事务，他与王弼、钟会讨论《易经》《老子》的义理，相关内容流传于世。荀谌的儿子荀闳，字仲茂，担任太子文学掾。当时有甲乙两种不同的观点引发争议，荀闳与钟繇、王朗、袁涣各自持有不同的看法。魏文帝曹丕给钟繇写信说：“袁涣、王朗都是国中杰出的人才，相互呼应。荀闳刚猛强悍，如同往来冲击的精锐之师，实在是您的强劲对手，也是身边值得忧虑的人物。”荀闳最终官至黄门侍郎。荀闳的从孙荀辉（“恽”同“辉” ），字景文，担任太子中庶子，也很有名气。他与贾充共同制定音律，还撰写了《易集解》。仲豫名叫荀悦，是郎陵长荀俭的小儿子，荀彧的堂兄。张璠的《汉纪》称赞荀悦清净淡泊、沉稳安静，擅长着述。建安初年，荀悦担任秘书监、侍中，奉诏删改《汉书》，写成《汉纪》三十篇，他通过叙述历史事件来评判人物的善恶，内容详实且有法度，这本书在当时广为流传。）曹操将女儿许配给荀彧的长子荀恽，后来荀恽的妻子被称为安阳公主。荀彧和荀攸在朝中地位尊贵显要，但他们为人谦逊、生活节俭，将俸禄和赏赐都分给宗族亲友和旧相识，家中没有多余的钱财。建安十二年，曹操又给荀彧增加食邑一千户，加上之前的，共计两千户。（《荀彧别传》记载：曹操又上表说：“昔日袁绍侵犯京城周边地区，双方在官渡交战。当时我军兵力薄弱、粮食匮乏，我打算撤回许昌，写信与荀彧商议，荀彧没有同意我的想法。他提出应当坚守的建议，制定了继续进攻的策略，重新振奋了我的信心，改变了我的想法，于是我们最终打败了袁绍，击溃了他的大军。荀彧能洞察胜败的关键，这样的谋略世间少有。等到袁绍战败，我的粮食也快耗尽了，我认为河北地区难以图谋，想要南下征讨刘表。荀彧再次劝阻我，向我陈述其中的利弊得失，我听从了他的建议，回师北上，最终消灭了袁氏家族，平定了冀、青、幽、并四州。倘若当时我在官渡退兵，袁绍必定会乘胜追击，我军就会有覆灭的危险，根本没有取胜的可能。后来要是南下征讨刘表，放弃兖州、豫州，不仅难以获得利益，还会失去根基。荀彧的这两条计策，让我军转危为安、化祸为福，这样的谋略和功绩，是我远远比不上的。因此，先帝重视出谋划策的功劳，而轻视战场上斩获的功劳；古人崇尚在营帐中谋划的策略，而不看重攻城略地的战功。之前对荀彧的赏赐，与他的卓越功勋并不相称，恳请重新评议，增加他的食邑。”荀彧极力推辞，曹操回复他说：“您的谋略计策，可不止我在表中提到的这两件事。您一直如此谦逊，难道是想要效仿鲁仲连先生吗？但这并不是圣人推崇的通达事理的做法。从前介子推说过‘窃取别人的财物，尚且被称为盗贼’。更何况您为我出谋划策、安定众人，让我受益的事情数不胜数！您因为这两件事就推辞，也太过谦逊了！”曹操想要上表举荐荀彧为三公，荀彧让荀攸多次坚决推辞，推辞了十多次，曹操才打消了这个念头。）
曹操准备讨伐刘表，询问荀彧该采取什么计策。荀彧说：“如今华夏地区已经基本平定，南方的刘表政权已经陷入困境。我们可以表面上大张旗鼓地从宛城、叶县进军，实际上却派轻装部队抄小路秘密前进，出其不意地攻打刘表。”曹操听从了荀彧的计策，率军出征。恰好此时刘表病死，曹操按照荀彧的计策，率军直逼宛城、叶县，刘表的儿子刘琮最终献出荆州投降。