雾灵镇的「邪脉药引」奇效传遍四方，慕名求医者络绎不绝。林秋却在诊治中发现异常：部分患者体内竟残留着与大师兄「逆脉核雕」同源的细微纹路，虽被仁心核雕压制，却如冬眠的虫蛹般潜伏。阿楠在整理药渣时，更发现酸角核碎屑会不自觉聚成「双」字形状，似是某种邪术标记。
秋分前夜，医馆来了对奇特的双胞胎患儿。两人皆面色苍白如纸，心口各嵌着枚「共生核雕」，核面刻着「姊」「弟」二字，纹路间缠绕着极西「双生蛇」图腾。林秋用「正邪核雕针」检测，发现核雕竟以两人的心血为食，其中姊姊的核雕偏向「补」，弟弟的偏向「泄」，形成病态的「阴阳平衡」。
「这是极西邪修的『双生核雕术』，」林秋皱眉翻开《毒经》残页，「以血亲为炉，核雕为炭，炼制能操控生死的『命核』。」患儿母亲哭着跪倒：「半月前有灰衣人说能治孩子的病，谁知……」她从发间取出半枚酸角核，核面「医」字被刻刀划成「厄」——正是大师兄惯用的标记。
深夜，林秋尝试分离双胞胎的核雕，却发现每当触及「姊」核，「弟」核便发出尖啸，反之亦然。阿楠突然指着烛火映照的核雕影子：两个核雕阴影竟在墙上拼成「怨」字，而「姊」「弟」二字的笔画缝隙间，藏着用西域文字写的「血祭」指令。
「必须找到双生核雕的『命门核』，」林秋想起《核雕医典》中的「分脉术」，「用酸角核雕模拟第三颗心脏，引开邪核的共生关联。」他取来镇馆之宝「三生核雕」，这枚核雕曾在初代祖师手中救过三胞胎的性命，核面「生」字纹路自带三分医者真气。
当「三生核雕」靠近患儿，双胞胎突然同时睁眼，口中发出灰衣人的声音：「永阁弟子，可敢用核雕赌这对姐弟的命？」林秋咬碎舌尖，以血为引激活核雕，「生」字光芒中竟显影出初代祖师分离双生邪核的记忆画面。他依样在患儿胸前刻下「分」字刀痕，双生核雕果然松动，却在脱离皮肉时化作两条黑蛇，缠向林秋咽喉。
阿楠挥动「万针核雕匣」中的「火针」，针尾「祛」字红光将黑蛇灼成飞灰。黑蛇消散处，露出埋在患儿床下的「双生阵图」，图中标记的「命门核」位置，竟指向镇东的「酸角义冢」——那里葬着二十年前为镇压邪脉而死的医馆弟子。
义冢中央的合葬碑突然裂开，露出底下的酸角木棺。棺中并排躺着两具骸骨，左手皆握着刻有「同」字的核雕，右手则持着刻有「异」字的断针。林秋认出这是师父当年的得力弟子「双绝针」兄妹，他们曾以双生核雕术救人无数，却在镇压邪脉时被大师兄暗算。
「原来大师兄早就盯上了双生核雕术，」阿楠抚摸着骸骨手中的核雕，「他用兄妹的核雕碎炼制邪器，才有了今天的双生患儿。」林秋将「三生核雕」放在合葬碑前，核雕自动分裂成两枚「单生核」，核面「姊」「弟」二字褪去，显影出「安」「康」。
回到医馆，双胞胎患儿已苏醒，胸口的邪核痕迹化作淡粉色的「愈」字胎记。林秋将两枚「单生核」分别系在他们颈间，核雕遇血后竟长成酸角树苗，树苗叶片上天然刻着「断邪」「续生」字样。
破晓时分，酸角义冢传来异响。林秋赶到时，见大师兄正捧着双绝针兄妹的核雕碎狂笑：「林秋，你以为救了这对姐弟，就能阻止『双生邪脉』？当年双绝针为救人自愿被邪脉侵蚀，他们的核雕本就是正邪共生的载体！」说着，他将核雕碎抛向义冢，所有墓碑竟同时开裂，露出底下刻着「双」字的酸角核雕群。
林秋迅速布下「医脉隔离阵」，用酸角核雕在义冢周围刻出「护」字结界。大师兄抛出的核雕碎撞上结界，竟反弹刺入他自己胸口，显影出「反噬」二字。他惊恐后退，踩中双绝针兄妹的断针，针尾「异」字与他体内的「邪核」共鸣，竟将其分成两个半透明的虚影。
「这是……双生邪修？」阿楠惊呼。只见两个大师兄虚影互相撕扯，一个喊着「杀尽医者」，另一个却低吟「师父救我」。林秋趁机用「正邪核雕针」刺入虚影眉心，针尾「仁」字光芒中，竟映出大师兄当年被邪术侵蚀的全过程——他本是善良的弟子，却因求成心切被邪修蛊惑。
虚影消散前，真正的大师兄灵魂短暂清醒，将「邪核」抛向林秋：「毁了它……别让我再害人……」核雕坠地时，林秋发现其底面刻着未完成的「悔」字——那是大师兄良心未泯的证明。他含泪将「邪核」与双绝针的「同」「异」核雕熔为一体，铸成刻有「正邪一念」的警示核雕。
雾灵镇的酸角树在晨露中轻轻摇曳，双生患儿在医馆后院追逐嬉戏，他们颈间的「单生核」碰撞出清脆的声响，宛如新生的音符。林秋望着警示核雕上流转的正邪双色纹路，终于明白：医道的真谛，不是消灭所有的邪，而是在正邪交织的世间，始终守住心中的「仁」字核雕。
阿楠捧着新抄的《双生核雕医案》走来，册首题着：「核有双生，医无两心，以仁为刀，可雕万邪。」林秋点头，将警示核雕挂在医馆门前，阳光穿过核雕，在地面投出「正」「邪」交织却又泾渭分明的光影。他知道，只要医者仁心不灭，哪怕前路仍有双生邪影，也终将被核雕的光芒一一剖开。