在新秩序议会成立后的第五个宇宙纪元，宇宙边陲的“幻光星云”出现了反常的量子纠缠现象。这片本应平静的星云，此刻却如沸腾的液态金属般扭曲变形，数以千计的时空裂隙从中撕开，不时有不属于这个时代的古文明遗物从中坠落。更令人心惊的是，裂隙深处传来一种频率与熵锁危机时极为相似的能量波动。
“检测到量子共振频率与当年暗紫色能量网存在0.3%的误差。”阿雷的声音在议会紧急会议中响起，全息投影下，他展示着密密麻麻的数据流，“这0.3%的误差...或许意味着幕后黑手正在进行更精密的实验。”话音未落，会议厅的穹顶突然裂开蛛网状的纹路，一道漆黑如墨的能量箭矢破空而来，精准地击碎了象征议会权威的“秩序之核”雕塑。
小星的精神力瞬间笼罩全场，捕捉到了能量箭矢残留的意识碎片：一个布满机械齿轮的密室里，戴着青铜面具的神秘人正将一枚暗紫色晶体嵌入巨大的量子计算机，屏幕上闪烁着“熵痕计划·终章”的字样。“他们要追溯时间线，从源头改写历史！”小星瞳孔骤缩，将画面共享给所有守护者。
此时，在被时空裂隙侵蚀的“翡翠星”，灰太狼与红太狼带领的救援队陷入了绝境。星球的大气层正在被诡异的力量剥离，地面上的城市如同被无形巨手揉碎的积木。红太狼在发射完最后一枚量子导弹后，发现那些坠落的古文明遗物竟在吸收爆炸能量，重组为某种未知的战斗机械。“这些东西在进化！”她惊呼道，“它们能根据攻击方式调整形态！”
而喜羊羊与沸羊羊深入幻光星云的核心后，遭遇了一群由量子态构成的守卫者。这些守卫者的身体如同流动的彩虹，每次攻击都会引发空间折叠。激烈的战斗中，喜羊羊的能量剑意外划破一名守卫者的躯体，从中流出的不是血液，而是一串由金色光点组成的古老文字——那是熵衡者曾经使用过的加密符号。
在信念学院的地下实验室，慢羊羊与暖羊羊通过逆向解析古文明遗物，发现了惊人的秘密：暗紫色能量的本质是被扭曲的“熵序之种”。这些种子本是宇宙诞生之初维持秩序的本源力量，却被某种未知存在改造成了毁灭工具。“如果能净化这些种子...”暖羊羊的声音带着颤抖，“或许就能彻底终结这场危机。”
当守护者们准备发起总攻时，神秘人突然主动现身。他站在由暗紫色能量构筑的祭坛上，青铜面具下的声音带着近乎虔诚的狂热：“你们以为阻止了能量网就是胜利？真正的棋局从宇宙诞生时就已开始。熵痕计划将开启时间回廊，让所有文明在无尽的熵增中轮回消亡！”说着，祭坛上的暗紫色晶体迸发出耀眼的光芒，无数时间线在虚空中交织成网，宇宙开始出现“时空重叠”现象——不同时代的文明在同一片星域碰撞，秩序彻底陷入混乱。
喜羊羊握紧晨曦之核，眼中倒映着崩塌的星空：“无论对手藏在哪个时间维度，我们都会将他们揪出来！全体守护者，启动‘量子溯痕’作战计划！”一场跨越时空的终极对决，即将在过去、现在与未来的夹缝中展开……