皇太孙毕竟也已经接受了这么多年的储君教育了，对于朝堂之事并不陌生，在朱载坖的一番解释之下，他也算是明白了朱载坖对于朝廷的安排，但是他也是有些疑问的，按照朱载坖所设计的这套制度，皇帝在决策和行政过程中的作用是在降低的，在这种情况之下，怎么保证皇帝的权柄不丢呢？这确实是一个极为重要的问题。
朱载坖看着皇太孙，老怀大慰，说道：“记得朕刚刚说过的天子最重要的是什么吗？”
这点皇太孙自然是很清楚，朱载坖认为，天子最重要的就是要控制官军和钱粮，这点确实是最重要的事情，这是天子最后的手段，天子六军和内承运库是天子最后的保障，是皇帝掀桌子的底牌，朱载坖看着静静放在朱载坖案头的成祖宝剑和金令箭，幽幽的说道：“若是真的国有奸邪，你能持此剑斩之否？”
皇太孙向着朱载坖叩头说道：“皇爷爷，孙儿不孝，愿持成祖之剑，断佞臣之头！”
朱载坖高兴的说道：“如此便好！”
虽然官军和内承运库的钱粮是皇帝最后的保障，但是皇帝也不能老掀桌子啊，不到万不得已，是不能够这么做的，所以除了这种压箱底的手段之外，皇帝也需要有其他的手段在制衡内阁和部院。
朱载坖向皇太孙的仔细介绍了应该怎么处理这些事情，第一个手段就是密疏，密疏是从世宗皇帝起就开始使用的制度，最开始只是亲近臣子，但是朱载坖将密疏制度予以扩大，不仅仅是内阁辅臣，还有信重的部院大臣，地方督抚、提督、总兵甚至是重要府州的知府等，都有密疏上陈的权力。
密疏是臣下向皇帝进言奏事的机密文书，撰写后不经任何机构直达御前，由皇帝亲阅亲批。保密性极强，也是皇帝离间群臣的重要手段，这点是非常之重要的，通过密疏大大提高了行政效率，皇帝对密疏的重视程度高，有着优先御览的特权，真正实现了及时的下情上达。
而同时，密疏也是皇帝控制臣子的一个重要手段，实行密疏制，等同于广开言路，群臣可以直言进谏，使大臣们相互牵制，加强了皇权。密疏起到了使官员、尤其是同僚，相互告密的作用。比如一省之内，督抚、布政使、按察使都可以独自上疏密奏，那么谁还有胆量背着皇帝做不臣之事?密疏制度使得同僚变成了“特务”，谁都有打小报告的可能，自然是防不胜防，于是只好老老实实。
当然，朱载坖也要向皇太孙说明白密疏的危害以及应对的办法，密疏是皇帝离间群臣的一个工具，但是臣子们也通过密疏，有可能把皇帝当枪使，这点是绝对要加以防范的，对于这些科举卷王搞事情的能力，朱载坖是很清楚的，众多臣僚用密疏言事 , 所言内容彼此都不得而知 , 某人即使被诬陷也无处申诉 , 再加上皇帝与众臣僚的关系亲疏不一 , 有人自恃与皇帝关系较亲密 , 借以挟持上司或他人。这种事情是极有可能存在的。
所以朱载坖认为密疏所言之事，不可不信，亦不可全信，要多方查证属实之后再予以处理，密疏是皇帝的耳目，但是不能偏听偏信，这点是朱载坖警告皇太孙的，密疏只是皇帝控制朝廷和臣下的一种工具，不是搞特务政治和告密政治的工具，相反，要对于在密疏中搬弄是非的人予以严惩才行。
除了密疏之后，第二个武器就是科道，一直以来，科道和皇帝的关系都十分紧张，似乎科道官员和官员对着干已经是常态了，尤其是朱载坖即位之后，其实对于科道的打击是很重的，朱载坖对于利用科道，干涉朝廷大政，结党乱政，扇惑人心的言官，都予以了严惩，似乎朱载坖对于科道是和世宗皇帝一样的态度，就是极为讨厌。
但是实际上，朱载坖很明确的告诉皇太孙，科道是皇帝手中的利剑，之前为什么朱载坖严惩科道，就是因为科道已经成为党争的工具，权臣的走狗，所以朱载坖对于这些人予以严厉打击，但是对于科道的作用，朱载坖还是极为重视的，之前的六科已经扩充为诸科了，由翰林院官员轮流前往诸科担任给事中。
朱载坖将科道分流，诸科回归近侍衙门的职责之中，成为皇帝的近臣，真正做到天子耳目，而都察院则是朝廷重要的监察机关和法司之一，之前这些重臣们经常利用科道互相攻讦，这是朱载坖所知道，所以朱载坖对于可到动辄严惩，多次大规模的外放御史，就是为了更换新鲜血液，保证御史是朝廷的御史，而不是权门走狗。
都察院作为部院之一，负责监察内阁和各部以及地方各级官府的行政，而诸科作为专门监察机关，直接受皇帝的指挥，对于专门的领域或者是事项进行监察，完全按照皇帝的旨意办事，同时负责文书审核甚至是封驳等事项，是皇帝在近侍机构中对于内阁进行制约的部门。
经过朱载坖改革之后的诸科，无专官，无专事，奉圣谕纠劾，是皇帝的耳目，同时也是对于翰林官员们进行选拔的一种途径。通过科道的监察，对于朝廷的各级衙门加强控制，防止出现贪墨等事项。
其三就是国务会议，这也是朱载坖想出的一个办法，在朱载坖对于内阁制度化了之后，看似内阁从品级上权压各部院，但是朱载坖还是为各部院流出了一条道路，就是国务会议，是由皇帝主持的对于朝廷重大事项予以讨论的会议，看起来类似于之前的廷议，但是实则完全不同。
国务会议最大的特点是权威性，在国务会议上所作出的决定，是要被当即御批明发实施的，这样就使得内阁的决策权力收到限制，平衡内阁和部院之间的权力。