朱载坖面临的首先一个问题就是军户的招募问题，对于朝廷来说，现在面临的主要是两个问题，第一就是补齐现有卫所的军户，使之可以在河西等地屯田，另外一个问题就是怎么防止朝廷的卫所军户部逃亡的问题。
其实现在大明的卫所军户还是相对比较好过的，在朱载坖即位之后，一直采取的就是厚待军户的态度，朱载坖很清楚，军户是大明这个政权能够维持的基础，尽管卫所制度有种种的不合理之处，但是卫所制度有一个极大的优点，就是稳定，这是其他形式所不能比拟的，所以即便是现在大明的野战官军都是镇协官军的脱产军士，但是朱载坖也从未放弃过卫所，一方面就是镇协官军中的绝大部分士卒和军官仍旧是来自于卫所的，另一方面就是卫所仍然是大明军队的最后一道保险。
尽管现在的卫所已经不再承担野战的职能了，但是卫所的军余子弟和旗军仍然要参加部分军事训练，对于他们来说，起码具备一定的战斗力，肯定比临时招募的百姓要强的多，同时他们的可靠性也要强的多，所以朱载坖一直致力于提升这些卫所士卒的待遇，稳定住卫所，而且卫所制度在控制边疆上面有天然的优势，这点是其他的制度所不能够的比拟的。
朱载坖降低了军屯的籽粒征收比例，将军屯和民田的科则统一，同时要求给所有的军户实授土地，不足的部分采取从地方州县官田之中拨给，在东南等实在是没有土地可以拨给的地方，也要将这些军士就近安置到朝廷的各种官营工场中，这样做的目的就是一个，要养活这些卫所军士，尤其是要由朝廷来养活。
其次就是厚待军属，对于脱产士卒的家族，予以减免赋税，分给食盐、口粮等方式，保障士卒的家属生计，保证这些脱产士卒在外征战没有后顾之忧，然后就是对于卫所、镇协军士子弟，在军中和卫所开办学校，免收学费，加强卫所学校的师资力量，支持这些军籍出身的生员参加科举，予以授官，对于这些军籍进士，朱载坖也是相对比较重视的，因为他们和大明朝廷、朱家的关系是最紧密的，所以朱载坖要重视他们。
而在朱载坖的种种政策之下，现在卫所逃亡之风已经得到了制止，朝廷各个卫所是有军户得以增加，这对于大明来说是一件好事，意味着朝廷直接控制的人口增加了，但是在陕西三边等处，仅仅这样做还是不够的。
梁梦龙、郑洛、徐渭还有五军都督府的都督们也纷纷上疏，讨论此事，对于陕西三边的卫所，土地问题其实是最不是问题的问题，因为这里最不缺少的就是土地，大量的军屯都被抛荒了，但是要有效的开垦，并且使得这些士卒们能够在这里生根落地，才是最重要的问题。
兵部和五军都督府首先总结了之前三边卫所军士逃亡的主要原因：一、屯军军役繁重，因不堪重负而逃离营地。二、官豪势要侵夺屯地，屯丁逼迫逃亡。三、屯田税额过重，困于赔补屯粮，屯军因而逃亡。四、河西地带，三面受敌，边患严重，军户无法安心屯垦。
其中的第三、第四其实已经被朱载坖解决了，现在军屯民田都是统一科则的，随着朝廷肃清海虏，收复河套之后，河西的战略形势已经大为好转的，所以主要是要解决前两点。
军役繁重，其实主要的原因还是之前卫所的士卒大量逃亡所导致的，原本大明军屯制度屯军只需屯种 ，不必参与守御之务与平时的军事训练，也免去了其它差役。但事实并非如此，因屯军本来自于旗军，遇有边警或守军不足之情形，被调回营伍守御或派以其它差遣，当为自然之事，这就使得屯军难以承受的，因为这种频繁的征调不仅极为耽误农时，而且会使得这些屯田军士更加困窘，虽然在长时间的调动的时候，朝廷会免去这些士卒的籽粒，但是在一些朝廷认为时间不长的临时征调中，朝廷往往不会免去这些屯田军士的籽粒，这就导致这些军士们受到双重的打击。
他们已经因为朝廷的征调而违误农时了，现在还要向朝廷缴纳籽粒，使得军户破产，只能逃亡，所以整队这点，拽进明确昭告天下，嗣后屯田军士惟务屯垦，除农闲时的操练之外，其余时刻非经五军都督府批准，不准随意征调屯田军士，同时凡是征调屯田军士，导致违误农时的，必须免去籽粒，同时给予这些军士工食银。
而另外一个重要的问题就是军官们盘剥，在西北，这种盘剥主要分为两种形式，第一就是和内地卫所一样的豪势要私役军卒，这种情况在之前的卫所中是极为常见的，而在西北，这些事情就更为常见了，之前的御史和督抚等官都曾经上疏说过：“甘凉诸路镇守、分守等官，占役军余，动以千计，或办纳月钱，或耕种私地，或卖纵殷富，扣支月粮，以致差役不均，营伍欠缺。今各卫征操之外，有乘墩、守墩、伏塘等役，即守城且苦之矣，其何有于屯？祖宗时，屯田诸军给于牛具种子，优恤甚加，且不许他役妨其农务，其后边事渐兴，多抽屯军补伍，于是屯种之人失其本业，而田遂就芜。”
对于这种情况，朱载坖一面颁布诏命，严厉打击这种行为，朱载坖在诏书中说道：“国家仿古屯田之法，用戍卒耕守，盖寓兵于农之意也。地之论其人者各有定业，官之治其事者亦有定员，行之既久，其法尽废。戍卒多役于私家，子粒不归于公廪，管屯者有积蓄之利而无差操之苦。此朕所知之也，嗣后敢有私役者罪如律，凡私役军士、私占军屯者，皆革其世职。”