朱载坖之前就下令为皇太孙组建幼军了，幼军是皇太孙历练武事，同时培养自己的武将班底的重要地方，通过参与幼军的组建和训练，朱载坖希望皇太孙能够了解军务和军队的组织、运作方式，这样在有关军事的决策中才能够不出错误，这点是极为重要的。
朱载坖几经考虑之后，决定将亲军二十六卫中的燕山前卫调出，作为皇太孙幼军，燕山前卫也算是一支战功赫赫的劲旅了，曾经是成祖皇帝靖难时的主力，是原北平都司麾下的劲旅，在朱载坖第一次整顿亲军诸卫的时候，主要整顿的是原亲军上直十二卫，即金吾前卫、金吾后卫、羽林左卫、羽林右卫、府军卫、府军左卫、府军右卫、府军前卫、府军后卫、虎贲左卫、锦衣卫、旗手卫的亲军，他们是洪武年间就已经设立的亲军卫所了。
而在这十二之外，还有由之前的燕王护卫升格而来的金吾左卫、金吾右卫、羽林前卫三卫，他们的前身是燕王三护卫，还有就是原北平都司下辖卫所，燕山左卫、燕山右卫、燕山前卫、大兴左卫、济阳卫、济州卫、通州卫他们是在永乐四年升为亲军的，朱载坖将燕山前卫调给了皇太孙作为幼军，是希望重振这支劲旅当年的雄风。
由于要将燕山前卫调整为幼军，所以朱载坖对于燕山前卫进行了调整，将其中的部分兵员和军官调至其他卫所或者京营中去，同时从勋臣子弟中在武学考核达到优等的人中挑选一批进入幼军担任基层军官，同时在士卒的选拔中也要加以变更，除了之前燕山前卫的部分士卒仍旧留用之外，将部分战殁沙场的官军士卒的遗孤选入幼军之中，由于是为皇太孙所组建的，所以在年龄上可以稍微放宽一些，同时要加强幼军的文化教育，不仅仅军官们都从武学毕业，士卒们也都要识字，从国子监征调一批监生来教授这些士卒们识字。
在朱载坖的一系列命令之下，幼军的组建也很快进入了正轨，而朱载坖则是收到了从西域来的奏疏，李成梁首先是谢恩，朱载坖让李成梁幼子李如桂尚公主，无疑是加强了李家和皇室的关系，这点对于李如松来说自然是极大的保障，同时就是对于西域的下一步行动的计划。
李如松向朱载坖奏报，为了更好的在西域屯垦守卫，要在西域兴修一些列的城池，首先是在原北庭都护府的西州辖区内，天山北麓、准噶尔盆地南段的原唐之西海县，这里三面环山，西面开阔，呈半封闭状态，是南北疆的地理、气候分界线。之前北庭伊西节度使衙移于西州，在轮台县东设置西海县。这里地形险要，易守难攻，是非常重要的军事据点，李成梁奏请在此修筑城池，控制要害。
还有就是为了屯垦方便，李成梁会同吴兑等官员们一道查看之后，认为在瓦剌部所称的乌鲁木齐修筑城池，加以屯垦是较为有利的，乌鲁木齐在蒙古语的中的意思是优美的牧场，这里三面环山，北部平原开阔。东部有博格达山、喀拉塔格、东山；西部有喀拉扎山、西山；南部有伊连哈比尔尕山东段（天格尔山）、土格达坂塔格等。同时水系发达，对于朝廷屯垦是天然有利的。
乌鲁木齐以北的冲积平原主要由乌鲁木齐河下游和头屯河以东部分组成。从红山嘴起向北呈扇面展开，在这里依托水源可以开展屯垦，为官军提供后勤，这对于官军来说是非常重要的，能够减轻官军 后勤负担，而且据吴兑等官员的调查，乌鲁木齐的河流均系内陆河，河道短而分散，源于山区，以冰雪融水补给为主，水位季节变化大，散失于绿洲或平原水库中。乌鲁木齐地区共有河流46条，分别属于乌鲁木齐河、头屯河、白杨河、阿拉沟、柴窝堡湖5个水系。
同时由于有大量的冰川融水补给，所以导致乌鲁木齐的地下水资源相对比较丰富，同时在其中还有一个湖泊，正当乌鲁木齐通往吐鲁番之天山大峡谷中，南面高山屏列，雪峰照面，湖东岸土丘垒垒，为汉、晋时期古代游牧民族古家。而且是难得的淡水湖，是由湖北面的博格达峰融雪及湖南面的公格尔峰融雪汇集而成，水平如镜，清可鉴人。对于官军的屯垦等事项来说，这些都是极为重要的。
所以但是现在这里是蒙古人的住牧地，所以李成梁奏请朱载坖再度增兵西域，以备官军夺取并且在乌鲁木齐修筑城池，加以屯垦，对于李成梁的这个请求，朱载坖在和内阁商量之后，并没有立即答应，内阁认为现在动手对于朝廷来说有些难以承受了。
现在李成梁麾下八万之兵，而今年朝廷还要向西域转移五个卫所，十余万人的吃喝，都需要朝廷从陕甘、宁夏等地经由哈密向西域官军各部转运，虽然朝廷之前在西域屯垦，主要是在哈密屯垦，有了一些收获，但是以哈密的产出，远远不足以供给朝廷大军在西域征战的，而李成梁现在又要求增兵。
当然李成梁的要求也是很合理，由于朝廷克复了交河、北庭的州县，都需要设兵防守，同时重要的关隘等处也都需要派遣官军予以驻守，这就导致了李成梁麾下的机动兵力不足，所以李成梁要求增调援兵，其实也是情理之中的事情，但是内阁认为，这样对于朝廷和陕甘等处的负担实在在太重了，十数万之兵，加上卫所家眷等，都要仰赖朝廷的转运，尽管有河套的产出，但是仍旧是远远不足的。
今年西北粮食价格的上涨已经很能说明问题了，所以申时行等辅臣们都向朱载坖建议，先按下此事，等到朝廷在西域的屯垦有了产出之后，一来是减少朝廷转运的负担，二来是产出的粮食也可以供应军需，这样的话稳妥一些。