所以说朱载坖最终是采取了折中的办法，对于阁部重臣子弟，准许参与科举考试，但是不能够再参加朝考进入翰林院，也算是对于这些重臣子弟的一种限制，防止出现阁臣子弟再科举甚至是朝考中舞弊的情况，对于重臣子弟确有才学的，由皇帝亲自召试或者是再次参加制科考试，由皇帝特旨才行。
同时对于重臣的其他子弟，应该恩荫的还是要予以恩荫，朱载坖的看法就是，以恩荫为常例，以科举为特例，虽然没有明说，但是对于阁部重臣子弟的科举，还是做了一定的限制，同时对于确有真才实学的，也要予以特旨拔擢，当然现在最大的特例也就是陈以勤、陈于陛父子了，不过他们两人还是很大的特殊性的。
首先陈以勤这个阁臣本身就没有什么政治权力，陈以勤能够入阁，最主要的原因就是陈以勤是朱载坖的讲官，而且陈以勤在内阁主要的工作就是编撰实录、会典和国史等事情，从不参与朝廷的大政方针，而陈于陛也算是子承父业，中式之后也是一直主持国史的编撰工作，所以科道对于他们父子两人，并没有过多的供给。
但是对于张居正、张四维、申时行等人，就不一样的，科道普遍认为他们的吃相太过于难看，不仅要子弟中式，还想参加朝考，这是准备垄断阁臣吗？这显然是不行的，朱载坖也断然不会容忍这样的事情发生，朱载坖的态度就是恩威并施，一方面给辅臣的其他尚未参加科举的子弟恩荫，断绝科举，另一方面对于已经参加科举的，不再允许他们参加朝考，不入翰林，这样的话，能够对于重臣子弟进行限制。
朱载坖同时命令对于科举尤其是县试、府试、院试进行改革，排除地方势力对于生员选拔的干预，只有这样，才能够保证朝廷科举从源头上公平，同时还要严厉打击各种科举舞弊行为。
在现在大明的各种科举舞弊行为中，朱载坖认为要重点打击的是请托、割卷、倩代等行为，首要打击的当时请托，这也是科举舞弊中最普遍的事情，尤其是在乡试和会试中是极为普遍，请托一般分为三种，一为：有权势子弟，或托请到了有权势者，甚至朝中重臣写条子、捎口信；二为：有钱者自己或者托与考官有关系之人给主考或者考官送银子，考官在收取银子之后，或暗透题目，或约定关节；三为：无钱无势者，又想投机走捷径，便四处奔走，找与考官有关系者引荐。
有关于请托，最典型的案例就是唐寅一案，弘治十二年，大学士李东阳、礼部侍郎程敏政一同主持会试，能够明确的是徐经与两位考官相识并有一定的交情。案件的审理过程中也明确了考官在考试之前同徐、唐二人进行过接触。这其中的情弊其实是很明显的，只是孝宗当时要将此事压下去，并没有穷究此案。
朱载坖在所有的舞弊行为中，对于请托是最为厌恶的，因为想要通过关节进行舞弊，考生同考官之间的人情关系十分重要。这些所谓的人际关系日后在官场上就会形成所谓的朋党势力。同时权力较大的官员也会利用权势进行关节舞弊，目的是获取更多的政治同盟。通关节隐蔽性极大、对于公平的破坏范围广。
除了请托之外，还有就是割卷，这也是在乡试中比较普遍的问题，由于在乡试中，巡按御史的权力极重，如果能够买通巡按御史或者是下面的弥封官等，就可作弊，一般是所谓的活切头者，以甲卷之面移作乙卷，移花接木是也。也有的在考场上找人陪同作答，考试完毕之后将两者答卷互换；有的通过贿赂考官在阅卷过程中更换试卷；也有的在誊录的过程中，将佳卷誊抄至他人名下。割卷侵害的大多都是被割卷人的利益，被割卷考生在一定程度上具有真才实学，割卷对科举的危害性极大。也必须要严厉惩处。
还有考官卖题等情形，虽然朝廷规定了严格的制度，有严格的贡院和内外帘官制度，考官在考试开始之后不得随意进出贡院，相关人员进入也需要遵循严格的管理制度。但是试题泄露情形在大明也并不少见，朱载坖认为，大明对于科举舞弊的打击力度不够，过于轻省了。
对于形形色色的科举舞弊行为，要予以分类打击，对于一般有考生实施的冒籍、怀挟、倩代等行为，朱载坖认为他们的危害性比较小，只是单个考生的舞弊行为，主要以惩处涉案考生为主，削除功名是必须的，同时还要予以流放等重刑。
但是另外一种主要是考官实施的舞弊行为，如通关节、割卷、考官泄题及鬻题、考官徇私。此类型的舞弊大多都要涉及官员，且官员利用权力在舞弊中扮演着主要的角色。一方面考官通过此种舞弊方式打通人情关系，使得国家权力私人化；另一方面考官通过舞弊获取经济利益，如考官鬻题就是其典型体现。对于这种科场舞弊，绝对不能姑息，因为这种行为，是朝廷抡才大典的公然亵渎，他们也不仅仅是为了收受贿赂，往往是怀有政治目的的，。
朱载坖认为，这些由官员们参与的舞弊方式贯穿于科举考试的全过程，官员利用职务上的便利进行舞弊对科举制度破坏极大影响到朝廷内部对于权力进行分配的秩序且影响范围极广。破坏了朝廷的信誉和科举取士的公平性，同时是为了结党营私提供方便，这是绝对不能容忍的。
朱载坖命令凡是有官员参与科场舞弊的，一列列入真犯死罪，遇赦不赦，不准赎刑，要对涉及科场舞弊的行为予以严厉惩治，以严刑峻法震慑官员，同时还要改革科举制度，杜绝舞弊行为的发生。