朱载坖一直在有意识将一些政务交给朱翊釴处理，一方面是为了锻炼朱翊釴处理政务的能力，另一方面也是逐步将一些日常政务的处理转移给朱翊釴，朱载坖能够有更多的时间处理其他事情。
朱载坖很清楚，大明现在的科技力量仍然稍显不足，朱载坖要集中精力做这件事情，除此之外就是对于文教事业的发展，之前朱载坖也一直致力于扩大大明百姓的受教育程度，开办各种学校，取得了不小的成果，但是朱载坖认为还远远不够，尽管大明现在官学的数量已经扩充了几倍之多，但是对于朝廷来说显然是不够的。
朝廷需要大量接受过教育的工匠、吏员等，这些人才能够使得大明持续的发展，朱载坖决定在增加在教育方面的投入，朱载坖亲自召见了翰林院掌院学士朱赓和文思院使朱载堉，交给他们一件大事，第一是编撰一套教材，除了经史子集之外，还有就是有关算学、物理、化学、机械的一些基本常识，作为学童的开蒙读物。
除此之外，就是刊刻永乐大典，朱载坖说道：“成祖皇帝曾言，凡书契以来经史子集百家之书，至于天文、地志、阴阳、医卜、僧道、技艺之言，修辑一书，毋厌浩繁。所得大典，至为精妙，然深藏宫禁，朕以为甚为不妥，应当刊印天下，令士子们借阅。”
永乐大典乃是成祖所编撰的一套类书，全书缮写成卷，目录60卷，成书册，约3.7亿字，汇集古今图书近8000种，规模、内容超过了前代所有类书。但是这部庞大的类书在编成之后并没有发挥其应有的作用，长期被深藏于宫内，除了除了在嘉靖时誊抄过一部之外，并没有再刊刻了，而且在正统十四年，南京文渊阁大火，《永乐大典》所据原稿付之一炬。
嘉靖四十一年，世宗皇帝任命高拱、瞿景淳、张居正等人负责重录《永乐大典》的工作。吏部和礼部主持了“糊名考试”，选拨出109位善书人。内府调拨了画匠、砑光匠、纸匠等。惜薪司、光禄寺和翰林院也分别负责木炭、酒饭和“月米”的供应。到隆庆四年，抄写工程宣告结束，原本归还南京，其正本贮文渊阁，副本别贮皇史宬。
朱载坖这次命令不是抄写，而是刊刻整个永乐大典，同时要对永乐大典予以修订，将当时没有编撰进去的书籍再编撰进去，这个工程量是极为浩大的，虽然之前都曾有人提议过刊刻，都因“工费浩繁”未能实现。现在朱载坖要求修订、刊刻永乐大典，对于翰林院这样的部门来说自然是极为支持的，但是所需要的财力物力是极大的，同时还要重新修订永乐大典，所需要的人力物力是极大的，以现在翰林院的人力还不足以办理此事。
朱载坖当然也知道这个问题，仅凭翰林院的人手，难以完成这么大的工作量，朱载坖于是下达诏令，开博学鸿词科，征召天下的饱学之士来编撰、修订永乐大典，同时雇佣刊刻工匠，刻印永乐大典，同时在全国的大城市试点兴建图书馆，将常用的书籍储存起来，方便一些贫寒子弟借阅，对于朱载坖的这个想法，朱赓是极为支持的，他赶紧说道：“陛下此举，天下士子之福音也！”
虽然现在书籍并不昂贵，但是对于普通生员来说，仍然不可能拥有大量的书籍，尤其是一些经过批阅、评注的书籍，只有家资丰厚的人家才能够购买大量的书籍以供家中子弟参阅，而朝廷以兴办图书馆，使得很多贫寒的学生能够看到大量的书籍，确实是一件德政。
而朱载坖的想法还远不止于此，永乐大典是类书，类书虽然能够兼收并录，极方策大观，但“因类取裁”的方法使得人们无法看到书籍的全貌，溯其源流，征其来处。朱载坖要编撰一部丛书，收集天下的藏书，不管文、史、哲、理、工、农、医，都要予以收集编撰起来，编成一部规模庞大的丛书。
除了朝廷和宫廷的藏书之外，还要大规模的从民间征集图书，大明民间藏书风气甚重，民间有大量的藏书家，他们珍藏了大量的古籍善本，朝廷要向他们征集图书，用以编撰丛书，为了鼓励这些民间的藏书家将自己的藏书贡献给朝廷抄录，朱载坖决定采取奖书、题咏、记名等奖励办法：“奖书”即凡进书500种以上者，赐内府善本一部；进书100种以上者，赐内府善本三部。“题咏”，即凡进书百种以上者，择一精醇之本，由皇帝题咏简端，以示恩宠。“记名”即在提要中注明采进者或藏书家姓名。
要在大明全国征集图书，作为编撰丛书的底本，至于相关的则例，朱载坖命令朱赓负责拟定之后向朱载坖上疏即可。
朱载坖刚刚消停了没有几天，认为隆庆二十年就这么过去了的时候，两广总督殷正茂急报，由于朝廷要在广西推动改土归流和大修道路，导致广西瑶乱再起，而且由于黎朝攻灭了莫氏之后，已经和大明接壤，黎朝和这些瑶族的土司勾结起来作乱，导致这些两广的瑶乱规模非常之大，整个广西现在都乱起来了，两广总督殷正茂向朝廷奏报此事，同时请求朝廷速发援兵，征讨这些叛乱的瑶族土司。
朱载坖对于这种叛乱自然是不能容忍的，当即要求调动官军予以征讨，但是这次广西的叛乱确实打乱了朝廷的部署，原本朝廷没有想到这次的瑶乱规模如此之大，据殷正茂的奏报，广西的瑶乱总人数不下十万，甚至已经波及到了广东，严重影响了朝廷在两广的统治，而且更为要命的是这些土司和黎朝的相互勾结，使得叛乱更加复杂，朝廷不得不谨慎从事。