对于朝廷来说，军队火器化之后，除了粮饷之外，对于官军来说，用弹药装备等加以制约也是一个重要的办法，朝廷要对于这些物资予以严厉禁榷，保证朝廷对于这些军需供应的绝对控制，同时在规划工业发展的时候，也要提前做好规划，对于涉及到军工的各种工场，在设置的时候也要充分考虑各种条件。
现在朝廷重点建设的是北直、徐州和辽东三个大型的工业官营工业基地，除此之外，对于广东、南直等地的民间工场也采取积极扶持的态度，朝廷每年从南直、广东采购大量的军器零配件，用以保证朝廷的军器生产，但是也要严厉禁止民间私造军器，朱载坖命令刑部发布告示，将各种火器也列入管制，对于私自持有朝廷制式火器的，比照持有强弩、甲胄加三等出发，对于火药和制造火药所用的硝石、硫磺也要予以禁榷，严格管制，私自制造火药的也要重处。
官军所用的各种军器、弹药，都要严格管理，尤其是弹药，官军各部参谋司要与统兵大将一道制定年度训练计划，官军每年训练要消耗多少弹药，多少弹药用于储备准备作战，然后上报五军都督府和练兵军务处，在五军都督府和练兵军务处批准之后，将各都司、镇所需要的弹药制成表格之后，上陈朱载坖批准之后才下达给兵部，由兵部督促军器监生产。
除了日常训练和战备的弹药之外，除沿边沿海的官军可以多留存一些弹药之外，其余各部官军的多余弹药都储备在朝廷的大型军资仓库中，由锦衣亲军负责看守，按照朝廷的指令予以调拨。
除了对于军器弹药装备的控制之外，对于粮饷的控制也是很重要的事情，大明现在的军粮、军饷发放仍旧是沿袭之前的形势，由朝廷转运给官军各部，然后在各级军官们组织下进行军饷的发放，虽然朝廷也派出了清军御史等核实官军人数，但是朱载坖很清楚，这种军饷发放方式给了各级军官以舞弊的空间，官军中军官肆意克扣军饷、吃空饷等现象十分常见，甚至朱载坖可以毫不客气的说，现在的官军各部，无论是都司卫所还是镇协官军，甚至是京营、亲军诸卫、御马监禁兵都有克扣军饷的事情发生。
朱载坖认为，如果在沿用之前的粮饷供给模式，各种弊端丛生，士卒军饷被克扣，各级军官从中上下其手，空饷等情况无法杜绝，还有更加的重要的就是士卒无法对朝廷和皇帝忠诚，毕竟他们的粮饷直接掌握在上级军官们的手中，不管这些粮饷是怎么来的，毕竟是经过这些军官们发给士卒的，所以很多时候士卒们和主帅关系过于密切，这显然不是朱载坖想要的局面，粮饷都是民脂民膏，是百姓的膏血，朝廷的供养，要忠君爱国，才是官军的目的。
所以朱载坖认为要改革官军的粮饷发放制度，朱载坖说道：“以朕所知，各级将校利心重者不独以少报多，且扣其褂、粮价等费，层层剥削，所余无多，此为官军之大弊也。”
这点确实是大明官军甚至是前代军队的通病，统兵大将将军中的一切事情全部统管，各级军官们也是如此，士卒们的一切事物都在主官手中掌握，这就必然导致了在军饷、军粮的拨发中弊端丛生，而且很多时候从地方官府拨给官军就存在所谓的漂没，而逐级漂没下来之后，真正到了士卒们手中的军粮军饷就极为有些了。
这点不光朱载坖清楚，在坐的重臣们也很清楚，朝廷所拨发的军粮军饷，有不少是到了私人的腰包中的，朱载坖认为，要建立完善的后勤制度，分去统兵大将的后勤权力，减少在粮饷发放中的各种舞弊问题。首先就是要在军中也建立起财政管理部门。
朱载坖决定设立总后勤部，负责大明水陆官军的粮秣、后勤等事务，设户部左侍郎署总后勤部一名，负责筹计全军粮饷、装服等事；每镇设立正军需官 1 名，负责考察全镇粮饷、服装等事，并且兼任后勤司长官；每标设立副军需官 1 员，其听从正军需官指挥差遣，并独立负责督理本标粮饷、被服事宜，步马标军需官兼管军械、弹药等事；每营设置军需长 1 员，办理营一级饷械、被服、后勤各事。
同时在卫所官军中一样设立专门负责后勤管理的部门，加强对于后勤的管理，将后勤粮秣等事项从统兵大将处转移到专门的后勤机关中来，这样做的目的是使得官军的使整个后勤管理系统相对独立。每级军需官并不受其同级官长节制，同时各级军需官既受上一级军需长官的差遣，又对总后勤部负责，在整个后勤体系内相互制约，从而尽可能地避免饷械管理的舞弊行为。
同时厘清后勤部门的权限，朱载坖之前在西苑中详细思考了整个官军的后勤体系建设，朱载坖很清楚，要直接由朝廷将军饷发到每名士卒手上先对还是比较困难的，但是先将完备的后勤体系建立起来倒是相对容易的，首先就是明确官军后勤部门的职权范围。
朱载坖在仔细思考之后，将其明确为七点：一.统计、核算官军各部常年额支、杂支并征战所需各费。
二.文武员弁、士卒所领军饷、粮秣、被服、军器装备并一切出纳军需银两等事。
三.征战时粮饷输运、购办等事。
四.官军士卒应用粮食、被服及马匹、刍秣等事。
五.驻守营垒、行军帐篷及炊爨一切器用等事。
六.官军各部宿舍、操场、打靶场建筑营造等事。
七.各镇、都司及官军各部所管之土地、房屋、物件并库储等事。
按照这个框架先将官军的后勤管理体制建立起来，当然要注意的是平时和战时要进行不同的管理，而且统兵大将和后勤军官们的权责也要分清楚。