除了这些事情之外，朱载坖现在关心的还有大明的科技水平问题，之前从西洋引进了望远镜，官军的高级将领们都认为这是军国重器，有了望远镜，对于官军的指挥来说是很重要的，但是大明之前不会制造无色玻璃，是用的水晶来磨制镜片，使得造价高昂，不利于大规模生产。
大明之前就会制造琉璃，但是大明的琉璃多是有色的，而光学器材所需要的是无色透明的玻璃，在这件事情上，大明确实是不如西洋的，因为之前无色玻璃在大明没有市场，作为一种奢侈品，无色玻璃不被人喜欢，而且要制造无色玻璃，需要纯碱，石英砂、苏打、石灰，在高温下烧至熔融，再重新冷却凝固，就形成了性质均匀的玻璃材料。
朱载坖通过这些传教士重金聘请西洋的玻璃工匠到大明来，教授大明工匠制造无色玻璃的技术，同时将大明的化学工业予以发展，因为制造这样的无色玻璃，需要大量的纯碱，要以此为契机，发展大明的化学工业，大明的化学工业主要要从炼丹术中发展而来，这也是没有办法的事情，对于只有这帮道士有这方面的经验。
而对于化学工业来说，最重要的莫过于三酸两碱了，纯碱大明已经有所了解了，硫酸大明也有所了解，唐高宗时，炼丹家孤刚子在其所着《黄帝九鼎神丹经诀》卷九中就记载着“炼石胆取精华法”，这样炼出来的其实就是硫酸，所以朱载坖命令文思院，想办法为玻璃生产提供纯碱，不管是通过提纯天然的卤水还是采取其他的办法，朱载坖只看结果。
而现在朱载坖最关心就是动力机械的生产问题，虽然说起来蒸汽的原理很简单，但是要想将之实现，却是不容易的，朱载堉带领文思院的一众工匠，弄了一年多，进展并不是很大，朱载坖于是亲自前来查看情况。
对于蒸汽的力量，朱载堉等人已经是有了了解，就朱载堉向朱载坖介绍的，蒸汽力比千钧，非人畜可及也，但是问题是怎么利用这个力量，朱载堉等人利用杠杆原理制造了一个机械，核心是一个气阀，通过在远端施加重物，使得汽压能够推动汽阀的短力臂向上运动。当高压锅内的压力超过设计的安全值时，汽阀便会被推开，从而排出部分压力，达到平衡后又会自动落回原位。
看起来这种方式可以实现对于蒸汽力量的使用，但是实际上不可行，因为以大明现在的技术能力根本无法制造出气密性好的活塞，这就使得大量的蒸汽被浪费，这种结构无法提供稳定的动力，大明本土的工匠提出了一个设想，就是首先通过锅炉将水加热，使蒸汽充满工作容器，随后关闭入汽孔，让蒸汽在此冷凝并形成局部真空。当这个容器与矿井下的水相连通时，外部的大气压力就会将水吸到高处。这样的话，起码可以让这种机器有用，朱载坖支持了这个看法，重赏该工匠，给锦衣百户衔，要求文思院继续研制，直到制造出可用的动力机械来。
在朱载坖的直接干预下，军器监开始大规模生产拉发式手榴弹，由于大规模量产需要在隆庆二十年才能够开始，朱载坖于是将其定名为隆庆二十年式木柄手榴弹，命令装备整个官军。
同时就是开始预先调动各部官军，为征讨土蛮做准备，巡视九边兵部尚书王崇古在巡视过程中还是发现了不少问题，由于大明和土默特实现了封贡，在加上东胜等塞外卫所的恢复，使得宣府、大同、山西等镇官军现在懈怠起来了，训练敷衍，巡边疏漏，官军的战斗力开始下降，朱载坖认为这不是好事，要调动宣大各镇之兵，加以训练。
还有就是宁夏、河套等镇战事不断，从李成梁讨平了青海之后，就将重心放到了宁夏等地，因为原本住牧在此的鄂尔多斯部虽然被官军赶出了河套，但是仍然具备不弱的实力，李成梁多次率领官军出战鄂尔多斯部，将其击退，但是蒙古人也不甘心失去河套，反复在河套与官军争夺，影响了朝廷在河套的屯垦，李成梁也多次上疏，请求大举出塞击敌，但是并没有得到同意。
现在鄂尔多斯部频频南下，已经严重影响了整个陕西三边的安定，出巡的兵部尚书王崇古也向朱载坖奏报鄂尔多斯部不断袭扰，影响了朝廷在宁夏等地的屯垦戍边，虽然没有大的战事，但是使得沿边卫所随时处于紧张之中，不能开展屯垦，也确实是个问题。
所以在和李成梁以及西北督抚大将商量了之后，王崇古也支持对鄂尔多斯部大举用兵，王崇古在奏疏中建议，重创鄂尔多斯部使之向西迁移，将他们撵到西域去，使得西域的局势更加混乱，才能够为日后大明经略西域提供条件。
朱载坖收到奏疏之后，召集重臣们商量此事，按照王崇古和李成梁的奏疏，朝廷要调集榆林、延绥、宁夏、甘肃等镇的官军，同时从山西、大同两镇抽调援兵，跨过黄河，进剿鄂尔多斯部，将其从河套附近撵走，向西域赶。
对于这种作战，官军已经是非常熟悉了，因为蒙古是部落制，在平时并不会集结整个部落的青壮，而是分散在各个部落，所以官军往往抓住这个时机，实施所谓的捣巢作战，这也是官军多年来的经验，不过这种捣巢仅仅对沿边部落有用，一旦距离远了，蒙古人就会向草原深处逃亡，官军往往不敢深入追击。
不过朱载坖认为，确实是要对鄂尔多斯部加以打击了，他们已经严重影响了朝廷在河套的屯垦，不过他们毕竟和土默特部关系匪浅，要征讨他们，必须要提前和土默特部打好招呼，以免影响大明的土默特部的关系，朱载坖命令理藩院遣使顺义王，说明情况。