朱载坖认为，巡抚作为一省直长官，当然是要在辖区内拥有绝对的权威了，否则不足以领导布按二司和相关的府州县，但是巡抚的权威不能够和朝廷的威严相抵触，部院是肯定有权力直接指挥地方的布按二司干活，这点巡抚不能够超越部院的权威，巡抚们必须明白一个问题，就是巡抚们本质上是朝廷派往地方的高级言官，虽然现在朝廷已经将督抚作为一种定制了，但是部院的权威仍然是不容挑战的。
这点也得到了内阁和部院重臣的支持，对于他们而言，最担心的就是出现内重外轻的局面，这样的局面对于朝廷是极为不利的，这些重臣们的看法也是认为应当要保证朝廷的权威，巡抚在地方政务中主要起到监察和督促的作用，领导布按二司切实执行朝廷的命令，作为朝廷派遣的高级言官和部院重臣，为朝廷监察地方官员的行政。
在这个意图下设立巡抚衙门的架构和属官、属吏，而总督的职权则更加倾向于军务，一般是不负责管理地方的行政事务的，所以总督衙署的属官、属吏设置还是要围绕军务和边防设立，至于具体应该怎么设立，朱载坖交由内阁和部院商量此事。
而现在朝廷之中还有更大的事情要处理，就是原督师南京武英殿大学士张四维服丧守制，现在要派遣一位大学士坐镇南京，以督促朝廷的各项政策推行，但是朱载坖却找不到一个人选出镇南京，现在内阁就四个人，首辅张居正，次辅潘晟、阁臣申时行和余有丁一共四人。
张居正作为首辅，自然是不能够出镇南京的，而潘晟是浙江新昌人，申时行是南直隶苏州府人，余有丁是浙江鄞县人，他们都是东南出身，按照大明任官的回避政策，是应该要回避的，这就造成了现在内阁无人可派，必须要增补阁臣才行。
对于张四维的丁忧，最轻松的自然是首辅张居正了，张四维这一去，至少是三年之内无法回朝了，就对张居正无法构成任何威胁了，现在督师大学士出缺，张居正请求朱载坖廷推阁臣。
但是朝廷内部也有不同的看法，有些人认为督师大学士原本就是权宜之计，现在朝廷安稳，东南又没有战事，再设立督师大学士已经没有必要了，督抚以及州县完全可以将东南治理好，对于这种想法，朱载坖嗤之以鼻，根本没有理睬，直接命令阁部重臣以密疏举荐人才，朱载坖酌情选用。
而现在阁臣人选的重点无外乎几人，张居正举荐的是直接被高拱遗表所推荐了礼部右侍郎兼翰林学士沈鲤，朱载坖当然明白张居正的意思，这些嘉靖四十年以后的小字辈，根本不会对张居正的权力构成任何威胁，而且沈鲤是河南人，用他出镇南京没有回避的问题，之前又有高拱的遗表推荐，张居正这是向朱载坖示好，显示自己大公无私，没有党羽。
而申时行则是举荐国子祭酒兼詹事府詹事王家屏，这倒是出乎了朱载坖的意料之中，朱载坖原以为申时行会推荐自己的同科兼死党许国、王锡爵等人，尤其是王锡爵，可是申时行的苏州老乡，没想到申时行却推荐了王家屏，朱载坖从未听说过申时行和王家屏有什么交情，没想到申时行推荐了他，这事就有些有趣了。
而吏部尚书张瀚推荐的是礼部右侍郎陈经邦，这位虽然名声不显，但是倒是个循吏，而左都御史海瑞、右都御史杨继盛、刑部尚书洪朝选等人则是推荐礼部左侍郎署理藩院事罗万化，看来围绕着这个阁臣之位，朝廷之上是风波渐起了，而在此时，兵部尚书汪道昆也以老病请求致仕。
这也是朱载坖没有想到的，汪道昆是朱载坖的近臣了，从裕王府时代起汪道昆就是朱载坖的亲近臣子，虽然没有入阁，但是汪道昆在朱载坖心目中的份量是很重的，一直被朱载坖委以重任，担任兵部尚书的要职，但是这次汪道昆确实是病重无法理事了，朱载坖遣翰林医官前往探视，汪道昆是消渴之症，现在双目已经无法视物，确实是没办法担任兵部尚书的要职了。
朱载坖得知之后，只得下旨准允汪道昆致仕，然后升汪道昆少保兼太子太保、左柱国、特进光禄大夫，然后密令冯保，准备车驾，亲自前往汪道昆府上探望，朱载坖以皇帝之尊，亲自前往臣僚府邸探望，自然是无上荣光，不过朱载坖因为汪道昆病重，特意提前下旨，让汪道昆安心养病，不必出来迎接。
朱载坖的车驾到了汪道昆府上，没想到汪道昆还是命令家人将自己的病榻抬到门前，亲自迎接朱载坖，朱载坖到了之后说道：“汪司马何必如此！”
视力已经很差，几乎不能视物的汪道昆艰难的冲着朱载坖行礼说道：“陛下，礼不可废！”
朱载坖赶紧命令汪家人将汪道昆抬回去，自己也进入汪道昆的卧室之内，朱载坖屏退了所有人，和汪道昆两人在卧室内，朱载坖颇有些感叹的说道：“自嘉靖三十二年相识，几三十年矣！而今卿去朝廷，朕也不以官名相称了，私下之时，还是称呼伯玉兄吧！”
朱载坖叫汪道昆的字，使得汪道昆极为感动，汪道昆连连摆手说道：“臣岂敢当！若非陛下，臣岂得居部堂，统征战，此生尚有何憾也！”
朱载坖还是安慰汪道昆：“伯玉兄好生静养，痊愈之时，朕当有大用！”
汪道昆苦笑着说道：“陛下，臣只能来生再效犬马之劳矣！陛下此来，是为了本兵的人选吧。”汪道昆很清楚，朱载坖和自己固然是感情深厚，但是作为皇帝，首先是个正直动物，朱载坖亲自来到自己府邸，一来是探望，二来就是为了这个兵部尚书的人选，之前有汪道昆坐镇兵部，朱载坖是很放心的，现在汪道昆去位，谁来坐镇兵部，确实是个大问题。