而在内阁值房中，几位阁臣和部院重臣们也在商量此事，朱载坖要想重新开明法明算两科，对此这些重臣们还是有很多不同的想法的。
吏部尚书张瀚和户部尚书王国光对此还是有些忧虑的，从朱载坖即位以来，虽然通过各种改革措施增加了朝廷的收入，但是大明官员的数量也在激增当中，嘉靖末年，内外文官不过人，朝廷的法定编制也不过二万四千六百人，但是现在朝廷的内外文官数量已经突破三万六千人的，文官数量增加了一万人，还是武臣数量也不少，嘉靖年间曾经达到十万人，朱载坖即位之后，厉行整顿行伍，多次清军之后，武官的人数下降到七万多。
但是要是继续开设明法、明算两科的话，朝廷的官员肯定是会越来越多的，这会对朝廷的财政造成极大的压力，对于这些看法，首辅张居正则是对他们予以安抚，将部院重臣们送走之后，内阁辅臣们聚在一起讨论此事，作为内阁辅臣，他们接触朱载坖的时间相对比较多，再加上他们这些大明官员中的人精本就十分的敏锐，当然已经察觉到了不对劲了。
张居正笑着问道：“汝墨（申时行字）怎么看此事？”
申时行说道：“首揆，依下官看，陛下是对现在的官员有些不满了。”
张居正说道：“虽不中亦不远也！”张居正很清楚，朱载坖这次提出想要恢复明法、明算两科，直接原因当然是朝廷的需要，随着朝廷对于地方管理的逐渐严格、细致，确实需要大量的专业官员来处理政务，但是更深层次是原因是朱载坖对这些儒臣们有些不信任了，这点朱载坖虽然一直掩饰的很好，但是张居正这些人是何等的敏锐，自然是能够察觉的。
之前李春芳、高拱时代，朱载坖虽然有这个心思，但是并没有过于的大动作，仅仅是采取给有功工匠授官、提升翰林医官们的品级等擦边球的行为，但是随着朱载坖的君威日盛，这次朱载坖明确要求要重新开设明法 、明算两科，说明朱载坖对于大明现在科举取士所选出来的这些儒臣的能力是不信任的，他们无法处理这些相对专业的事项，所以朱载坖以此为由，要求开设明法、明算科。
张居正何等敏锐的人，自然是察觉了朱载坖的想法，但是张居正也很清楚，现在朱载坖君威极盛，甚至比当年的万寿帝君更加强势，硬顶绝对没有好果子吃，申时行真的是看不出来吗？张居正不这么看，张居正很清楚，申时行老奸巨猾，心思缜密，和当初的李春芳一样，阴重不泄，即便是看出来了，申时行也不会吐出去一个字的。
但是作为首辅，有些事情张居正必须去面对，所以和诸位阁臣们商量了一下之后，张居正就埋头撰写密疏去了。
而朱载坖也正在和太子一道查阅有关明算科的相关资料，相比于明法科，明算科的地位就更低了，明算科是专门针对修习算学的士人设置的科目，此科出身在仕途上不受世人重视，故参加此科考试的人数很少，在整个唐宋都不兴盛。
按照唐制：“凡算学，录大义本条为问答，明数造术，详明术理，然后为通。试《九章》三条，《海岛》《孙子》《五曹》《张丘建》《夏侯阳》《周髀》《五经算》各一条，十通六，《记遗》《三等数》帖读十得九，为第。试《缀术》《辑古》，录大义为问答者，明数造术，详明术理，无注者合数造术，不失义理，然后为通。《缀术》七条、 《辑古》三条，十通六， 《记遗》《三等数》帖读十得九，为第。落经者，虽通六，不第。”
而且明算科出身也很低，即便是考中，明算及第，叙阶从九品下，为释褐官的最低品。不仅出身低微，而且明算科想要升迁也极为困难，因为算学很难在仕进中获得迁转，束缚了仕途。故士人罕有以算学为业，但是现在的大明朝廷对于算学人才确实十分的需要，朝廷要推行预算决算制，需要大量的算学人才为朝廷和地方各级衙门编制预算，审查决算。
同时户部、都察院要负责审计的部门，他们也需要大量的算学人才，所以朱载坖认为需要通过开科取士的方式招揽算学人才，为朝廷所用。
而张居正的密疏也到了朱载坖的案头，张居正在密疏中主要陈述了自己对于明法、明算两科的看法，张居正在密疏中认为，朝廷现在确实是需要明法、明算人才，开科取士也并不为过，但是张居正也向朱载坖强调了，大明毕竟是以儒治国，朝廷开科取士，主要是为了选拔人才的，进士科虽然有各种各样的问题，但是对于朝廷来说，毕竟是主要的选官渠道，进士出身的官员，也是大明官员中的中坚和骨干。
同时张居正认为，明法、明算两科，即便是取中，授予的官职也肯定很低，但是现在朝廷正式用人之际，为了解决朝廷紧缺的司法、审计等官员的缺乏问题，朝廷应该从新科进士、举人中选取愿意学习律令、算学的人才，送国子监和律例馆学习相应的知识，期满之后予以考核，考核合格的授予相应的官职，以满足朝廷的急迫的用人需求。
朱载坖看了张居正的密疏之后，不由得感叹自己这位首辅心思缜密和敏锐，很显然，张居正已经明白了朱载坖要开这两科的用意，而且提出了相应的办法，张居正作为首辅，不仅仅是朱载坖的首辅，更是百官之首，要暌理阴阳，他很清楚朱载坖的用意，同时也提出了自己的解决办法，就是同时开设两科，但是要予以限制。
张居正的主意是很精妙，明法、明算两科的出身肯定是要在进士、举人之下的，而且有专业局限，而张居正通过将进士、举人进行专业培训之后调入相应的部门，提前布局，即便是日后开科，这些相应的衙门正印仍旧是进士、举人，通过这种方式锁死这两科出身的上限。