严世蕃和王直也要回头将大明所要求的赔款清单给佛郎机罗列出来，首先计算大明在此战中的花费，按照户部和兵部的核算，是一百七十万元，但是这仅仅是直接战费，还有水师船只的折旧，朝廷为了保障水师作战的承担的种种开销，经过严世蕃和王直等人的一番计算，战费开支为三百三十万元。
除此之外还有大明的损失，根据严世蕃等人的计算，大明的损失主要是包括贸易损失和佛郎机人杀戮大明百姓，抢掠他们的财物所造成的损失，合计三百万元。
此外还有这些被俘、被扣押的佛郎机人和船只在大明的消耗费用，毕竟大明不可能帮你佛郎机养活这些人的，他们吃的可都是大明的粮食，当然应该由佛郎机朝廷买单，至于佛郎机将他们接回去后怎么处理，那就与大明无关了，这一笔费用连带赎人船的费用一共是一百四十万元。
当然还有惩罚性赔款，严世蕃和王直经过奏请朱载坖之后认为，惩罚性赔款的数额就确定为战费的数额，即三百三十万元，这么算下来就是一千零七十万元，严世蕃决定给佛郎机人打个折，收个整数，一千万两白银，当然，以上数字并不包括马尼拉的费用，如果佛郎机要想马尼拉，就得单独交一份赎城费，才能够获得马尼拉。
严世蕃在取得朱载坖的御批之后，向佛郎机的使臣们传递了相关的文书，这个价码并非是最终的价码，朱载坖的御批中说的很清楚，以八百万两为宜，对于朱载坖来说能够通过此战获取八百万两的战争赔款外加数百万的赎城费的话，能够极大的激发朝廷和大明百姓对于对外扩张的兴趣。
大明之所以对于对外扩张毫无兴趣，就是因为在大明臣僚们和百姓看来，对外用兵就意味着朝廷的军费开支激增，而朝廷为了保证军费的用度，势必会将这笔费用摊派到百姓头上，还有为此转运的粮秣等物资，对于百姓来说都是一笔极为沉重的负担，所以只要一提起对外用兵，绝大多数的大明百姓和官员们都是极为反感的，因为用兵无所得不说，还要因此背负沉重的负担，故而对于大明来说，除非是不得不打的战争，大明朝堂上几乎是很反感用兵的。
朱载坖即位以来，依靠海关的关税银，对北虏、西域、倭国、青海、缅甸频繁用兵，虽然取得了胜利，但是朝廷之上的反对声浪也是很强烈的，尽管朱载坖依靠厂卫强有力的压制了这些议论，但是朱载坖很清楚，这种内心深处的反对是很难消除的，朱载坖必须用事实在证明，用兵于海外是有收获的。
同时这次的谈判也将成为大明对外和战谈判的一个标杆，所以朱载坖专门派遣严世蕃和王直两人为钦差，负责对佛郎机的谈判，就是要尽可能的将此战的收益最大化，使得朝廷的日后的谈判有规矩可循。
在收到严世蕃等人的送来的详细清单之后，佛郎机使臣们经过商量之后也提出了对等的方案，他们认为大明的这个战费的计算过于高昂的，佛郎机实在是无法承担，他们只能够最多赔偿白银五百万两。
这遭到了严世蕃和王直的断然拒绝，五百万两，你打发叫花子呢？这个数字是显然不行了，有了上一次的经验之后，佛郎机使臣们决定再次向严世蕃、王直行贿，他们知道，这次不拿出一些实在的东西，恐怕是在严世蕃、王直这里过不了关的，佛郎机使臣向严世蕃、王直分别行贿了一些佛郎机土产黄金之后，恳求严世蕃降低赔款数目。
严世蕃收了钱自然是好说话，严世蕃表示，最低不能低于八百万两，但是大明可以准允佛郎机分期付款，利息也好商量，除此之外，马尼拉也可以商量。
佛郎机使臣此行最重要的目的就是想办法从大明手中要回马尼拉，对于佛郎机来说，马尼拉的重要性是不言而喻的，所以即便是付出一些代价，对于佛郎机来说，只要能够控制住马尼拉就是很不错的事情。
严世蕃根据朝廷的决议向佛郎机使臣解释了大明对于佛郎机赎回马尼拉的条件，首先，吕宋是大明的属国，大明这次是肯定要支持吕宋复国并且在马尼拉驻军以保护吕宋王国的，所以佛郎机所赎的，仅限于马尼拉城和港口。
其次，就是佛郎机不能对大明构成威胁，所以马尼拉只能作为贸易港使用，其原有的要塞等都要予以拆毁，并且不能恢复，佛郎机也不能再此地停泊战舰等威胁大明的举动，但是为了维护马尼拉的治安，大明准允佛郎机在马尼拉维持一支不超过五百人的军队，但是不允许有骑兵、火炮，只能用于维持治安。
第三点就是马尼拉城河港口的性质，大明是吕宋的宗主国自然是不能出卖吕宋的利益了，大明也要维护吕宋的领土完整，所以马尼拉并非有佛郎机占有，而是佛郎机租借马尼拉，每年白银三十万两或者大明银钱三十万元，鉴于现在吕宋王国政权还没有完全恢复，这笔钱由大明代收。
第四点就是大明保证佛郎机在马尼拉可以自由航行、通商贸易，同时可以给予佛郎机一些在南洋贸易的特权，尤其是有关经济方面的特权，可以首先向佛郎机提供香料等所需的物资。
第五点就是在马尼拉城内，听凭佛郎机人管理，实行佛郎机法律，给予佛郎机在吕宋一定的贸易特权。
对于大明的这个条件，佛郎机人认为虽然苛刻，但是还算是能够接受，大明对于佛郎机在马尼拉的种种限制，其实就是不想让佛郎机在南洋能够威胁到大明的地位，对于佛郎机来说，只要能够保住马尼拉的贸易港口，凭借佛郎机对于海上商道的控制和南洋的香料等物资，佛郎机还是能够获取丰厚的利润。