对于佛郎机的这种举动，朱载坖自然不会惯着他们，他不顾现在立马就要过年都要召集阁部重臣和参赞军务大臣，就是要快速解决此事，佛郎机这是明着挑衅大明，大明要是还没有反应的话，日后怎么统领南洋诸国，作这些藩属的宗主国。
朱载坖对于此事的态度是很坚决的，绝对不能给这些西夷好脸色，朱载坖对于这些西夷的贪婪是很清楚的，一旦大明在这件事情上表现出软弱，便会被他们视为软弱，他们就会变本加厉，这是朱载坖所不能容许的，必须要打疼他们才行。
对于朱载坖的想法，练兵军务处的一众大将们当然是支持的，佛郎机扣押大明使臣，杀戮大明百姓，这还不予以严惩的话，大明的国威何在？番邦属夷怎么看待大明？这是必须要予以处理的，吕宋本就是大明的属国，佛郎机无端侵占，大明还没有找他算这笔账，现在得寸进尺，得陇望蜀，当然是不能准允的。
勋臣们都建议立即出兵征讨，但是阁部重臣们则是建议缓一缓，原因很简单，现在西南的土司还没有完全安定下来，明年又要支持李成梁收复青海，徐渭在倭国也有可能有战事，大明再和佛郎机交恶的话，就是多线作战了，对于大明并不利。
而且现在事情还没有完全明朗，这就是佛郎机有意挑衅，还是只是其驻吕宋总督的个人行为，尚且不清楚，即便是要用兵，也要与大明的盟友尼德兰等一道协调好在海上用兵才行。
朱载坖认为，佛郎机侵占大明属国在先，已经是极为无礼了，现在又扣押大明使臣、杀戮大明百姓，要是大明再没有反应的话，恐怕佛郎机就不知道这里谁做主了，必须要予以严厉惩戒，朝廷从嘉靖年间就大兴水师，到了今日，也该试试成果了。
至于阁臣们所担心的事情，朱载坖认为到没有这么严重，首先对佛郎机作战主要是惩戒性质的，以水师为主，不会调动特别多的官军主力，其次就是吕宋距离佛郎机万里之遥，即便是大明收拾了吕宋的佛郎机人，佛郎机要报复大明，恐怕也不是一时半会就能够来的，何况佛郎机在欧洲的敌人也多了，自己尚且自顾不暇，哪里有机会大举东顾。
不过张居正等人所建议的与尼德兰一道行动倒是可以考虑的，尼德兰希望在东方有一个落脚点作为贸易的中转港口，之前也为此与大明沟通过，但是朱载坖对于领土问题是十分敏感的，决不允许任何所谓的租借存在，所以尼德兰人的这个想法一直没有实现。
不过这次如果和大明联手的，在恢复吕宋之后，大明可以做吕宋的主，准允尼德兰在吕宋拥有一个中转港口，这样的话应该能够吸引尼德兰与大明一道参战。
朱载坖认为，现在必须让佛郎机人吃到苦头才行，命令礼部照会佛郎机人，要求佛郎机就扣押大明使臣和在吕宋岛上杀戮大明百姓做个解释，否则的话，大明就要给佛郎机一个说法了。
朱载坖命令督师南京大学士张四维和吕宋遗民和安置在南京的吕宋王室联系，要他们上疏大明，请求大明作为宗主国为吕宋主持公道，帮助吕宋复国。同时缅甸水师总兵邓子龙率领水师前往吕宋，威慑弗朗机人，海关总署和缉私水师、各省水师、北洋、东海、南洋三舰队，将各自辖区内的所有佛郎机船只予以扣押，中断和佛郎机的一切贸易往来。
南洋水师提督俞咨皋整顿南洋水师，前出至缅甸，支援缅甸水师，封锁吕宋岛，同时营救被扣押的大明百姓，佛郎机人敢于阻拦的，准允水师便宜行事。
同时召见尼德兰使臣，要求尼德兰履行盟友义务，与大明并肩作战。
对于佛郎机，朱载坖也划出了明确的底线，佛郎机必须将杀害大明百姓、扣押大明使臣的相关人员交给大明惩办，并且赔偿大明的相关损失，承认大明在南洋的宗主国地位，同意吕宋复国等条件达成之后，大明才能够和佛郎机再度展开贸易，否则的话，不仅大明不会和佛郎机开展贸易，吕宋岛上的一粒香料也不能运出吕宋，任何用吕宋出发的船只都是大明水师的打击目标。
朱载坖绝对不会和佛郎机妥协的，现在大明水师在吨位、火炮、兵力上都占据优势，而且又是在家门口作战，朱载坖当然不会怕他，而且佛郎机这次的行为，也触及了大明的底线，这是绝对不能容忍的，至于臣子们所担心的战争开支太大等问题，朱载坖认为，水师作为战略进攻兵种，只有在进攻中才能取得收益，缩在港口里面的存在舰队才是徒耗钱粮。
朝廷这些出动舰队，大举征讨吕宋，就是要建立大明在吕宋的绝对主导地位，将整个南洋纳入大明的势力范围内，同时狠狠的打痛佛郎机，要佛郎机明白，大明不是南美的那些猴子，佛郎机想要在大明的势力范围内撒野，就要付出代价。
同时朱载坖很清楚，佛郎机不愿也不敢放弃吕宋，吕宋不仅是从欧洲到大明的重要中转港口，其所出产的香料等物在欧洲也极为值钱，吕宋为佛郎机所提供的这些香料，使得佛郎机在欧洲大发横财，要佛郎机放弃吕宋是绝对不可能的，所以朱载坖就是要用吕宋来逼迫佛郎机就范。
朱载坖的上谕在隆庆十五年的年底发出了，不过由于京师和广州相距遥远，即便是急递，也需要二十一天才能抵达广州，还不要说相关的兵马调动等一系列事宜了，这都是需要很长的时间的，没有一年的光景，是不可能的有个结果的，所以朱载坖并没有过多的关注此事，而是积极的准备东巡的事宜。
东巡不仅仅是查看辽东的情况，更重要的是对于东北的各番邦属夷予以震慑，朱载坖就命令朝鲜国王到沈阳来朝见大明皇帝，还有女真等部落首领，也要来朝见。