张居正在自己的这份奏疏中主要是想向朱载坖阐明自己的施政方略和改革方向，张居正的改革仍然是以理财为抓手的，张居正认为大明现在的财政制度仍旧不够完善，需要予以改革。
张居正请求朱载坖，二三年内不动兵戈，因为现在南倭北虏，都已经宾服了，对于大明来说，短期内是没有外寇能够对大明造成威胁的，所以张居正请求朱载坖二三年不动兵戈，为张居正的改革创造条件。
同时张居正要求重阁权，省议论，就是要求加强权力，尤其是内阁和中央的权力，减少科道对于内阁的干扰，以便于张居正更好的推动改革，其实张居正就是要权，朱载坖也很清楚，张居正一直是想大刀阔斧推动改革的人，对于他来说，需要朱载坖的支持，需要朱载坖的授权，才能够压制朝中的反对派。
朱载坖当然也很清楚张居正的想法，毕竟朱载坖用张居正就是希望用他来推动改革，帮朱载坖挡枪的，现在朱载坖需要一个强势的首辅来帮助他压制朝中的反对声音，推动朝廷的改革，所以对于张居正的密疏，朱载坖并没有予以拒绝，而是让张居正陈述详细方略。
在张居正到任之前，朱载坖还是要处理一些剩余的事情，主要就是此次征虏的扫尾工作，对于这次立功的军官士卒，不仅仅是要予以物质上的赏赐，还要予以官职的升赏，朱载坖命令将年二十五以下，能够识字的士卒选送国子武学培训，虽不识字，但是斩首三级以上的，也可以选送国子武学，先识字，在读书，在国子武学学成之后，分配到各镇担任军官。
同时重新启动之前暂停的镇协体制改革，这次不仅仅是在九边推动镇协体制改革，还要在内地也试行镇协体制，根据练兵军务处和兵部的统计，如果全部实行镇协体系之后，九边各镇的兵员将会从现有的六十八万下降到四十六万多，但是官军的战斗力将会得到很大提升，士卒的待遇也有保障，空饷也得到极大的遏制。
而且朱载坖还对九边的指挥管理体制予以了调整，之前从辽东到甘肃，大明一共设立了七个都司，管理相应的辖区：辽东都司、北平都司、山西都司、陕西都司、后改大宁都司、山西行都司、陕西行都司。朱载坖认为，现在随着大明防线的延长和防御纵深的增加，原本的七个都司肯定是不够的，在陕西行都司和大宁都司之间以万全都司为骨架，加上开平卫，设立新的万全都司。
同时在河套以宁夏诸卫为骨干，新设立宁夏都司，同时向关西七卫编入陕西行都司，将原陕西行都司改为甘肃都司，沿大明九边共设立九个都司，负责防御和充实边关，为镇协官军提供兵员，在战时协助转运军需等事情，减少朝廷临时征发民夫的行为，同时保留一部分现役军队，负责守卫边防线，还有就是在农闲时组织军余子弟进行训练，保证预备役部队有一点的战斗力。
而在内地进行的镇协体制改革主要是在南直隶和湖广，这两个地方都是地域广大，而且对于大明来说十分重要的地方，南直隶就不说了，大明的龙兴之地，留都所在，更是大明的经济重心，朝廷的财政支柱，而湖广则是大明的粮仓，这两地都是要害所在，必须加以重兵屯驻，以防不测，仅仅一镇官军是不够的。
而且朱载坖是准备以军推民，先分设军镇，然后在推动析分南直隶和湖广两个大省，朱载坖在和练兵军务处商量后，决定在南直隶设立两镇，即南京镇和安徽镇，南京镇负责应天府、镇江府、常州府、苏州府、松江府、扬州府、淮安府、南通州的防务，而安徽镇则负责安庆府、徽州府等南直隶其他州府的防务。
而在湖广则设立武昌镇和长沙镇两镇，分别负责湖南、湖北的防务。
不仅仅对于北部边防要予以重视，对于大明的西南，尤其是缅甸也是朱载坖关心的，随着李时珍在当地建立了较为完备的医疗体系，同时朝廷对于当地的河道整治也有了一定的效果，应中南总督南京兵部尚书殷正茂的请求，朱载坖决定再次向缅甸移民，招募云贵、广西、福建等省的无地百姓，发给种子、农业、安家银两等，迁移到缅甸去，开发缅甸土地。
同时增加缅甸的卫所，防备西夷和安南，将缅甸的卫所增加到十二个，同时设立安南镇和缅甸镇两镇，加上缅甸水师，缅甸一共有三镇官军，不过缅甸的官军配置和北方不同，骑兵较少，步兵增加，火器的比例更高。
除了这些事情之后，就是高拱在河南考察藩王土地的奏疏，高拱经过一年的走访，了解了河南的相关情况，尤其是藩王们的土地情况等之后，向朱载坖上疏，请求对藩王们的土地进行赎买，由内承运库支给藩王们一笔银子，将藩王们手中的土地予以收缴，分配给现在耕种的百姓们，同时照朝廷税率起科。
除了朝廷给藩王们的一笔赎买银子之外，藩王按照等级直接由朝廷支付相应土地数目的税银，还有海上贸易股份的分红，也要按照宗室的等级予以分配，保障底层宗室的生计，还有支持宗学等的建设，高拱预计，将藩王们的土地全部收回来之后，可以为朝廷增加一千余万亩的土地，极大的增加朝廷的赋税，缓解土地兼并。
朱载坖于是下诏在河南实行宗藩新政，同时探讨限制优免的事情，再次重申河南的士绅们不准冒滥优免，转嫁赋税，违者朱载坖必置之重典。
而到了隆庆十三年十月，新任首辅张居正终于抵达京师，朱载坖当即赐予酒肉、布匹、锦缎等予以安慰，还特地准张居正假三日，休养调整之后再到内阁视事。