张居正在回乡守制之前，也向朱载坖上疏阐述了自己的对于新政的看法，张居正认为要继续推动财税的改革，朝廷改革的重心还是要放到财税上来，省并税制，提高折色比例，加强对于地方的财政监管，同时推广一条鞭法。
对于张居正的奏疏，朱载坖温言安慰，要求张居正在守制期间，替朱载坖详细看看新政在地方的推行情况，同时有任何事情，都可以直接向朱载坖密疏奏报。
朱载坖虽然同意了张居正守制，但是并没有免去张居正的建极殿大学士的职务，同时还给张居正加了湖广观察使的职务，这个职务是大明所没有的，朱载坖给张居正加湖广观察使就是让张居正去看看大明的地方吏治情况，尤其是大明实行新政之后，三途并进，朝廷对于地方的控制能力是否得到了加强。
张居正离任之后，李春芳赶紧奏请朱载坖增补阁臣，按照内阁的排序，张居正走后，内阁的成员是首辅李春芳，次辅殷士儋，阁臣陈以勤、张四维，还有一个督师南京大学士吕调阳，看似有五个人，但是实际上干活的人不够了，吕调阳督师南京，张四维巡视九边，陈以勤只想修书，根本不管政务。
张居正一走，内阁实际上就只有李春芳和殷士儋两个人干活，李春芳都快七十了，实在经不起这么折腾，赶紧上疏朱载坖要求增加内阁辅臣，朱载坖则是派人询问在京师的养病的前首辅高拱，希望高拱能够重新出山，但是高拱拒绝了朱载坖的邀请，一来是高拱现在身体大不如前，不愿承受案牍劳形，二来是现在高拱承担着组建顾问咨询会议的重任，相比于到内阁去给朱载坖当牛马，高拱觉得还不如这个顾问咨询会议好了，毕竟可以给内阁当爹，那多是一件美事啊。
所以高拱根本不愿意重新出山，但是现在内阁增补阁臣确实是很有必要的，还好张居正走的时候向朱载坖推荐了两人，礼部尚书潘晟和南京礼部尚书马自强，朱载坖经过思虑之后，下旨，原南京礼部尚书马自强迁礼部尚书，礼部尚书潘晟入阁预机务。
同时李春芳向朱载坖推荐了国子祭酒余有丁，余有丁在国子祭酒任上，作风强硬，整顿学风，太学生多喜欢结伴闲游，怠惰于学。余有丁任国子监祭酒后，觉得国子监学风不振，便严加禁止此类活动，并下令诸生相互监督检举，如果有违规不报者，则一同连坐受惩，学风为之好转。李春芳认为大明就需要这样的官员，不仅要整顿学风，还要整顿官场风气才行。
朱载坖深以为然，下旨升余有丁为吏部左侍郎署流外铨选院事，负责吏员的考选工作。
同时巡视九边大学士张四维向朱载坖上疏，严厉参劾户部驻宣大三镇的管粮郎中、主事，还有三镇负责军储的军官，贪赃枉法，致使边镇军储缺失，官军粮秣不足，朱载坖揽奏盛怒，责令户部尚书鄢懋卿、左都御史海瑞严查此事，朱载坖在上谕中明确说道：“军储干系甚大，岂可轻忽？官军粮秣，断不可缺少，涉案官吏，一体纠劾，送法司严审，所亏军储，务必补齐！”
张四维作为巡视九边大学士，当然主要是负责发现问题，而不是解决问题的，朱载坖下旨任命工部尚书兼文思院使严世蕃权右都御史与户部左侍郎王国光一道，赴山西查办军储亏空一案，朱载坖力排众议，选择严世蕃和王国光两人也是经过朱载坖的深思熟虑的，严世蕃就自不待言了，当年威名赫赫的小阁老，在贪墨这条赛道上，绝对是妥妥的宗师级人物，对于这些小虾米的手段，严世蕃不要太清楚了。
王国光也是精于会计的人物，朱载坖就是要借用他们两人的才干，去整肃军储，朱载坖很清楚，军储一向是大明贪墨的重点，这一本烂账，可不好弄。
朱载坖专门召见了严世蕃和王国光两人，朱载坖问道：“这军储一案，二位有什么看法啊？”
严世蕃认为，这军储中的贪墨，虽然名目众多，但是万变不离其宗，总归不过几种途径，一来就是伪报，也就是通过伪造朝廷的各种的文书，将仓库中的各种物资转走变卖私分，二来就是虚报，也就是以少报多，在正常进出库的时候做手脚，三就是各种陋规了。
王国光也赞同严世蕃的看法，这些账目只要认真查，肯定是能够查出问题来的，不过朱载坖不仅仅是为了查办军储亏空一案，还要以此建立一整套制度，防范军储亏空，保障士卒的伙食标准，朝廷现在大幅度增加军士的伙食，这些贪官污吏们肯定又要想办法从中上下其手了，朱载坖是不能容忍这种行为的，所以朱载坖要求严世蕃和王国光查看军储的实际情况，保障士卒和官军的军粮。
受命之后的严世蕃和王国光立即赶赴山西，查办此案。
而参赞军务大臣顺宁侯俞大猷、蓬莱侯戚继光向朱载坖上疏，要求详定甲胄形制，保障大明的军备，大明和前宋在甲胄的路上是走了两个极端，前宋多重甲，其中的步人甲防护力惊人，但是也过于沉重，对士卒的体力消耗过大，而大明由于火器的增加，多使用轻甲，不太喜欢用重甲。
但是俞大猷、戚继光等人认为，在现在的官军中还是要配置一些重甲，主要是用于长枪、杀手队等近战肉搏的士卒，有重甲的保护，可以有效的减少伤亡，同时火铳、弓弩等兵种，也要增加一些甲胄，提高对于蒙古人箭矢的防护能力。
尤其是头盔和护颈，要制造铁盔和增加锁甲的护颈，军盔前檐合垂齐眉，后檐合垂齐项，左右加掩耳甲，领高护喉，颈面带神脸，皆以铁为之，提高对于蒙古人箭矢的防护力。