朱载坖直接在派人到三法司询问，若是朱载坖将涉案人犯送三法司看押，要是这些人犯被人灭口，朱载坖就拿三法司官员抵命，如果他们愿意这么干，朱载坖就将一应人犯移送三法司。
这下三法司的官员们也不敢再上疏说什么应该将人犯移送三法司了，毕竟他们很清楚，此案牵涉的人员实在是太多了，保不齐有人想要杀人灭口，这点是很正常的，但是不管是刑部天牢还是都察院、大理寺狱，那都是个筛子，未决的罪犯在其中被灭口的事情是极为常见的。
其实不光是三法司，这次锦衣亲军一样有问题，历来的库银清点，都是有锦衣亲军在场的监督的，现在库银失窃，这些人当然得南镇抚司走一趟了，陆绎也向朱载坖汇报了相关的情况，将这些锦衣亲军送南镇抚司审断。
对于案情，朱载坖直接对陆绎说道：“以朕看来，此等积惯舞弊之人，恐盗用已不止此一次，要严究由来，详查起源。”
朱载坖很清楚，现在所暴露出来的很多问题，只是冰山一角罢了，此案既然已经爆发，朱载坖究要借此案好好的杀一杀这些官吏的风气了。
陆绎走后，朱载坖将太子、首辅李春芳、次辅张居正找来，商量应该怎么处理本案，朱载坖的意图其实重臣们都已经很清楚了，就是严办此案，但是严办到底怎么办，办到那个程度，这是个问题。
朱载坖所以召集太子和两位辅臣，商量应该怎么办理此案，太子毕竟是第一次被朱载坖指派办理这样的大案，朱载坖还是要对他指点一二的，同时要和内阁辅臣们商量好，通个气。
朱载坖直接问道：“李师傅、张师傅，此案应当怎么办理？”
李春芳和张居正都认为，应该严究此案，此案的性质实在是太过于恶劣了，如果不能严惩，以后朝廷的纲纪何在？所以严惩此案内阁并没有意见，但是严惩到什么地步，就是一个大家都很关心的问题了，李春芳等臣子们担心对此案的纠察最后演变成为类似洪武初年的政治大清洗，那就麻烦了。
李春芳说道：“陛下，其贪婪之徒，闻桓之奸，如水之趋下，弊若蜂起，杀身亡家者，人不计其数，虽要惩奸除弊，也要保证朝廷的安定才是。”
张居正也是这个意思，他们担心朝廷用法严苛，诛罚过度，这是会导致朝廷动荡的，所以他们认为应当给这些本案划定一个详细的范围，不要过分的株连了。
朱载坖当然也知道辅臣的意思，不过朱载坖有自己的看法，一来此案和郭桓案还是有很大的不同的，郭桓案多少有些借题发挥的意思，但是这次的盗银案可是实打实的案子，二十八万两的白银不翼而飞，可不是什么小事情，朱载坖认为惩处此案的相关人员并没有什么不妥。
其次就是惩处的对象不同，郭桓案主要针对的是当时朝廷里的官员们，但是这次朱载坖穷究盗银案，主要是针对的六部的吏员，虽然朱载坖已经实行考选吏员几年了，但是在京师和地方的吏员们，仍然有大量的世袭吏员存在，尤其是京师六部中，这些吏员往往比之朝廷的官员们贪墨起来更加疯狂。
而且各种的陋规，也是这些吏员们最擅长搞得事情，朱载坖早就有打算收拾他们了，只是没有足够的证据罢了，而这次的盗银案显然给了朱载坖机会，朱载坖要借机将这些六部的世袭小吏狠狠地收拾一顿，将这些人清理出六部，还有与之勾连的中下级官员，都是朱载坖收拾的对象。
不仅仅要将这一班硕鼠揪出来，更要追赃，二十八万的官银是绝对不能少的，同时更要将这些搞陋规的世袭小吏清理出朝廷，震慑他们，使他们不敢再贪赃枉法了，对于这些小吏的贪墨，朱载坖是深恶痛绝的，从某种意义上来说，他们比之一些部堂督抚的贪墨，更加令人愤怒，而且他们的胆大妄为，也是令人咋舌的。
朱载坖想要整顿六部的这些小吏，倒是得到了李春芳、张居正的赞同，从朱载坖即位以来，整顿官场风气，实行三途并进，官场的怠惰之风已经有了很大的改善，但是吏员，尤其是六部的吏员，却没有多大的改变，因为这些吏员往往是世袭的，虽然不是官员，但是他们熟悉衙门中的各种文书，通晓衙门的明暗规则，对于很多官员们来说，没有这些吏员，就很难开展工作，所以即便是朝廷推行吏员考选，六部的吏员仍然很顽固。
这其中又尤其是户部最为明显，因为这些户部的积年老吏，把持账目，甚至还有官员们的把柄，使得官员们不敢轻易开革他们，朱载坖这次终于逮到机会了，不把他们从六部扫地出门，才是怪事。
朱载坖直接对太子朱翊釴说道：“太祖论驭下之法，太子可记得？”
这是老朱家的家训，朱翊釴当然记得，朱翊釴当即将太祖的祖训背了出来：“天下治乱在于君臣能驭不能驭耳，若君能驭臣以礼法，臣能驭吏以体上， 故治由此始。若君不能驭臣，臣无以驭吏，则乱亦由此始。或云胥吏小人，何预治乱？是大不然，吏诈则蠹政，民何由安。朕所以着为令者，正欲使上官驭吏， 动必以礼而严之于法。若吏卒背理违法，绳以死无论。此令行久矣，奈何贪官动 为下人所持，任其纵横，莫敢谁何，所以政无所施，而民受枉。朕常谓若为官临 政无驭吏之威，则诸事无成，驭得其法，则威立令行，事无不举。”
朱载坖问道：“太子知道该怎么办了吗？”
朱载坖的意思很清楚，这次朱翊釴要站在前台上，对这些小吏重刑严惩，以太祖当年收拾这帮小吏的办法严惩这些人。
当然在收拾这班小吏之前，朱载坖先要收拾的是锦衣亲军里的败类。