同时要改变募兵制度，之前士卒由将帅私人召募，训练和统属。随着将帅手中兵权的增长，作为将帅私属的家丁，也随之日益膨胀起来，再发展下去就是藩镇了，这是绝对不能容忍的。
朱载坖同时要求练兵军务处在制定废除家丁和整顿各镇亲兵中军的条例之后，还要制定一整套征兵、训练、分配、退伍的细则，将征募士卒等一些列权力收归兵部，借以控制各镇，加强朝廷对于军队的控制。
朱载坖随后发布禁革家丁随任诏，在诏书中，朱载坖明确指出，之所有会有家丁的出现，原本是为了护将倡勇，朱载坖指出：“盖家丁之设，两军相接全恃将勇，将勇则兵亦作气随之。然将亦非恃一人之勇也。必有左右心膂之骁悍者，协心并力，始气壮而敢进。将既进则兵亦鼓勇争先，此将帅所以贵有家丁亲兵也。”
朱载坖肯定了家丁的作用，在嘉靖朝对俺答的作战中，九边将帅利用家丁还是达到了很不错的效果，这是应当予以肯定的。
但是朱载坖随后就在诏书中直接指出家丁制度对于朝廷的威胁，朱载坖在诏书中毫不客气的指出：“盖查家丁之制，其始则出于战国之阴养死士，汉李陵之荆楚剑客亦其类也，盛于唐藩镇之牙兵，谓之外宅，至结为义子，至于五代，纲纪沦矣！是故家丁非国朝长久之策也。”
朱载坖直接点出家丁制度可能给大明带来的害处，同时列举家丁制度可能出现的种种问题，然后就是怎么处置家丁了，按照朱载坖和练兵军务处商量的，首先是禁止将帅豢养家丁，私自招募家丁，朱载坖在诏书中明确说道：“盖士卒之征募，行伍之选取，皆系要务，岂可轻掷？着令各镇各将与督抚详细商议，本镇官军实在多少，退伍多少，需补多少，一一开具，由兵部会处。”
朱载坖不仅仅是剥夺了大将招募家丁的权力，连各边镇招募士卒，也要受朝廷的指挥，避免出现兵为将有的情况。同时就是禁止家丁随任，军官赴任不再允许携带大批家丁，而是自行上任。
对于现有家丁的处理，则是登记造册，编入各镇、各营中军亲兵中，对于立有战功的家丁，各级将领具本拟来，兵部量才使用，对于武艺出众、略通文墨的，允许游击以上的将官举荐赴国子武学读书，待结业之后，以试百户衔回本部听用。
虽然朱载坖废除了家丁制度，但是也给了将领们保送部分家丁进入国子武学就读的权力，虽然朱载坖以诏令的形式废除了家丁，但是并不意味着主将的权威会被削弱。
朱载坖在诏书中专门强调：“各镇、营中军，专系护卫将帅，维持纲纪，凡军中有不同号令、哗变生事者，中军即行严惩，若有失职情状，必交卫尉寺严惩。”
朱载坖的诏书下达之后，各镇的反应不一，如戚继光麾下蓟辽大宁等镇，戚继光本人就不喜欢养家丁，所以对于诏书自然是严格执行的，但是宣大山西等处，早就形成了豢养家丁的习惯，现在朝廷要求取消家丁，自然是引起了这些总兵、提督们的不满。
他们认为宣大正面当敌，面对俺答本部，必须要用家丁这样的精锐的武装，才能够对付蒙古人的骑兵，但是在总督曹邦辅的严令之下，各镇还是将家丁编为中军，对于宣大的情况，朱载坖也是很清楚的，所以朱载坖特地派遣在宣大威名素着的马芳为钦差，前往宣大处置此事。
随同马芳一起赶赴宣大的还有大批的锦衣校尉和千户、百户，马芳抵达阳和之后，首先拜见了总督曹邦辅，出示了朱载坖密旨，在曹邦辅的协助下，马芳首先对宣大、山西三镇的中军进行了调动，随后三位锦衣千户充任的镇抚官兼任三镇中军管带，锦衣百户们充任各营镇抚兼中军管带，锦衣校尉们也分赴各镇各营，在曹邦辅和马芳的弹压之下，宣大山西三镇的家丁顺利的被编入中军之中。
对于朝廷的做法，不少将领是颇为微词的，甚至认为马芳这个老长官也不帮着他们说话了，对此马芳的回复很简单：“老夫的家丁都已经编入三千营了，尔等尚待何言？所谓家丁，皆是朝廷粮饷所养的，尔等何得驾驭？”
不仅仅是要将现有的家丁予以收归朝廷，同时还要保证不再出现新的家丁，根据马芳等人的建议，中军镇抚最大的作用就是核实军籍，如果镇抚官不能核实军籍，被清军御史发觉的话，朱载坖规定一律送锦衣都司南镇抚司审断。
对于一般人来说，最可怕的无疑是锦衣都司的北镇抚司和诏狱了，但是对于这些飞鱼们来说，南镇抚司比之北镇抚司可怕多了，南镇抚司是锦衣亲军执行家法的地方，诏狱尚且有幸运儿，南司可没有。
朱载坖就是要用这些锦衣亲军监视边镇的大将们，不准他们再豢养家丁，朱载坖在诏书中明确说道：“先年家丁盛行，士卒苦之，以军士之马供家丁骑乘，以军士之身供家丁役使，以军士之粮饷作家丁养赡，是得二、三百人之心，尽失部下三千军之心。朕不能允，若嗣后仍由其事，镇抚即行劾奏，朕必送镇抚司、卫尉寺拷问。若镇抚不职，与之同罪。”
朱载坖明确禁止再挪用其他士卒的饷银、粮食甚至是战马来供应家丁，切断家丁产生的土壤，防止死灰复燃。
同时命令宣大各镇将所缺乏的士卒数量通过总督上报兵部，由兵部与都察院派遣官员到各地和卫所中招募士卒，随后在九边三大防区设立练兵处，负责新兵的训练、分配，练兵处直接对朝廷的练兵军务处负责，由练兵军务处负责选派将领，训练新兵，待考核完成之后，按照数量分配到各镇、协、营。