武将们的意思是立即准备起来，等待时机，只要能够掌握蒙古人的确切动向，就可以组织大军进剿，但是这点遭到了内阁辅臣和文官们反对，他们认为大明主要还是依托边墙进行防御反击就行了，这是大明官军最擅长的战法，一旦官军大军轻出塞外，在茫茫草原与蒙古人作战，一旦失利，不但损兵折将，还会折损国威。
朱载坖对此则是支持了武将们建议，官军不能被动等待土蛮，必须要主动出击，否则朱载坖整军经武，编练新军的目的何在？就是要扬大明国威，将这些蛮夷打服，守在边墙算什么本事，朱载坖就是主动出击，锻炼朝廷训练的新军，不仅是蓟镇的新军要参战，京营、亲军诸卫、御马监也都要参战，加以历练。
远出草原作战，又是大军出征，这已经是大明近百年未有之事了，此事关乎大明的国威，朱载坖的个人威望，是只许胜不许败的事情，朱载坖对此是很清楚的，所以朱载坖也要求在坐的所有参赞军务大臣就此事发表意见。
高拱作为首辅和会办军务大臣，直接说道：“萝川侯乃是大明宿将，哈密伯也出身辽东，他们都是老成宿将，应该对此事都是极为了解的，还是请他们两位来说说吧。”
朱载坖的意思也是请马芳和李成梁来说说，尤其是此战可能会遭到了困难，他们一个是长期和蒙古人交道的大明宿将，另外一个是生长在辽东，熟悉当地地形天候的老将，他们的意见对于朱载坖来说还是很重要的。
马芳首先陈述了自己的看法，马芳认为对土蛮作战，主要是难题是怎么找到土蛮部，土蛮和土默特还是有很大的不同，土蛮的游牧性更强，而且部落更加松散，要想找到土蛮部的主力，是大明官军最主要的难题。
还有就是大明官军这次是大军出征，步骑混编，机动性上肯定是不如蒙古人的，气候对于官军的影响是极大的，草原冬季严寒、夏季酷热，这些时候都不适合大军作战，而秋季草原上的蚊虫肆虐，也不利于官军大军作战，所以能够作战的窗口是很小的，马芳认为战前的情况工作要做的非常细致，最好还是要动用骑兵远出奔袭，这样成功率最大。
而李成梁则是提出了有关辽东气候的问题，不同于山西等处的相对干旱，辽东等地相对比较湿润，尤其是在春季化冻之后，整个草原都会陷入泥泞之中的，对于官军的后勤来说是极大考验，这才是最难的事情。
对于朱载坖来说，马芳、李成梁提出来的问题确实是亟待解决的，最大的问题就是要抓住土蛮或者兀良哈的主力，对于蒙古来说，最好的办法就是逮住蒙古的主力，狠狠的杀伤蒙古的有生力量，这样才能打痛蒙古，使他们不敢再窥视中原。
朱载坖要求练兵军务处立即拟定相关的措施，做好对土蛮和兀良哈用兵的准备。
经过各位参赞军务大臣的商量之后，以会办军务建极殿大学士高拱和帮办军务萝川侯马芳、英国公张溶、哈密伯李成梁等人具折朱载坖，提出了备战的方案。
第一点是粮秣、豆料的筹措，要在三屯营、遵化、广宁、辽阳等地兴建大型的仓库，用于囤积粮秣、草料和食盐等大军出征需要用的物资，同时加强从东南海运粮食，还有从暹罗、缅甸采购粮秣，通过海运直接运输到天津和辽东。
第二点就是大军行动的药物、军器的准备，根据马芳、李成梁等人的建议，大明重点准备防御蚊虫叮咬的药膏、防蚊的纱帽、雄黄等药物，还有就是防治腹泻的药物，根根他们多年行军用兵的经验，大军行进过程中造成非战斗减员最多的就是腹泻和痢疾，这种看起来并不严重的疾病往往会造成大量的非战斗减员，所以马芳等人要求准备大量的治疗腹泻、痢疾的药物，还要准备正常的止血、金创药物等。
第三点就是情报侦察，分为两个部分来进行，对于朵颜三卫中心向大明和近边的一些小部落，要予以拉拢，在蓟辽等处开设马市，对他们实行计口售粮，允许他们用马匹、情报等向大明交换他们所必须的各种物资，从他们的口中打听土蛮和朵颜三卫的具体情形。当然大明也要派遣尖哨、夜不收等前出哨探，查探相关的情报。
朱载坖对于这三点都予以准允，发转蓟辽总督谭纶和提督蓟辽大宁军务戚继光，要求他们造此办理，所需经费具奏拟来，同时朱载坖下令从暹罗等处收购大米的总量从每年三十万石增加到一百万石，责成中南总督殷正茂与各国商量此事。
谭纶、戚继光等人收到奏疏之后，很快向朱载坖回奏，阐述了他们两人对于土蛮和朵颜三卫的看法，现在朵颜三卫中最敌视大明的就是董狐狸和长秃两人了，因为他们的父亲影克为大明所擒杀，他们心心念念的就是为父报仇，而这几年他们扩张势力，现在两人的麾下已经有三万余骑了，要是再和土蛮部联手的话，那就能够轻易聚集起五万骑，这对大明来说是一个不小的威胁。
所以谭纶和戚继光认为，与其等待董狐狸和长秃聚集兵马进犯大明，不如主动出击，在探知两部的位置之后，率大军征讨。
朱载坖同意了他们两人的计划，要求他们想办法确定两部的位置，在制定周密计划，上奏朱载坖之后，准备对他们两部进行打击。
在朱载坖的支持下，练兵军务处开始办公了，朱载坖赋予练兵军务处的第一个重要的差事就是对御马监禁兵、京营、亲军诸卫、蓟镇、辽东镇、宣府镇官军的训练和装备水平进行检查测试，同时核查各地的军储是否充实，战马是否足数，军器弹药是否充足。