提督蓟辽大宁等处军务事戚继光也上疏，近来小股虏骑对大宁、蓟镇的袭扰，图们汗察哈尔万户的所属部落已渡过潢水南下驻牧，对大明的蓟镇和大宁都司构成威胁了。戚继光也请求整顿兵马，出塞歼灭蒙古人，将蒙古人驱赶到塞北去。
现在土蛮的的情况是个部落比之土默特部更加松散，各个部落多者七八千骑，少者两三千骑，根据戚继光的奏报，整个土蛮部人口以十万计，其中的大酋长有六七人，现在土蛮和兀良哈之间的勾结是越来越深了，其中实力最雄厚的是阿喇克楚特部控弦之士有两万左右。
戚继光认为，现在正是进剿的时候，一旦图们汗控制了整个土蛮部，那就会对大明的蓟镇、大宁、辽东同时构成威胁，所以谭纶和戚继光都上疏请求朱载坖准允集中兵力，出塞征讨土蛮。
朱载坖将谭纶、戚继光的奏疏下内阁商议，同时命令兵部尚书汪道昆陈述兵部的看法，汪道昆久在蓟辽，对于相关的情况肯定是比较了解的，汪道昆支持对土蛮用兵。
但是内阁对于此事的看法却并不一致，主要是率兵出塞，在大明已经是很稀少的事情，这次要官军大举出塞反击土蛮和兀良哈部，风险之大，内阁认为大举对土蛮用兵，此事还要从长计议。
朱载坖没有就此事再与内阁商量，而是召集马芳、李成梁等武将一起商量，主要是用兵的问题，马芳和李成梁认为，以官军现在的实力，出塞二三百里，问题是不大的，蒙古人现在已经不具备大规模的包抄能力了。关键的问题是怎么抓住蒙古人，将之歼灭。
这确实是个问题，因为土蛮本就松散，又不像土默特部一样居住的比较密集，蓟辽边墙绵延以千里计，官军出塞，要打谁，怎么找到蒙古人，才是最大的问题，所以马芳、李成梁都建议，首先要派遣尖哨深入草原，一方面是查探蒙古人的活动规律，另一方面是对于草原的地形地貌加以侦察，最好是能够绘制草原的地图。
同时通过和朵颜三卫的残余势力进行互市，了解土蛮部的情况，然后再决定应该怎么打，马芳也认为，大军出塞还是要做好万全准备，尤其是粮道的保护，这些都需要细致的准备和演练，是急不得的。
对于两位宿将的话，朱载坖还是很重视的，戚继光在奏疏中也认为，最好的情况是提前获知北虏入寇，官军出塞迎击，其次是北虏寇边，官军利用边墙反击，然后再调集兵力予以反击，最差的就是官军在没有确切情报支持的情况下，盲目出塞。
朱载坖也认为确实是如此，所以朱载坖在和马芳等人商量之后，决定下旨给谭纶和戚继光，第一是囤积粮秣，做好出塞的后勤准备，其二就是广布侦骑，对草原的情况要加以了解，其三就是对于心向大明的部落要予以拉拢，从他们口中得知土蛮和兀良哈的动向，为朝廷决策提供情报。
马芳和李成梁走后，朱载坖开始认真思考设立一个专司军务的衙门的必要性，现在大明的军事决策和一般政务一样的流程，保密性不高，这是朱载坖最担心的一点，三军之事，莫重于密，把军机要务和与一般的政务混杂在一起处理，朱载坖认为是不合适的。
而且由于大明的政体，导致不管是阿猫阿狗都可以直接上疏干预朝廷的军事决策，这些上疏的人，往往都是些纸上谈兵之辈，真正在边关浴血奋战的将帅，反而被剥夺了在军事决策上的发言权，朱载坖认为这是没有道理的，行军用兵这样的大事，不征求边关大将的意见，反而去听这些不识兵戈的文臣之言，不误国那才是怪事呢！
大明最后不就是这样吗？忽悠皇帝如骗狗一样，上来就是计五年，全辽可复也！反正是一个敢说，一个敢信，不亡国那才是咄咄怪事！
所以朱载坖决心以这次对土蛮的出塞打击作为改变的起点，朱载坖一向是坐起立行的人，当即召见内阁辅臣，告诉他们自己的想法。
朱载坖认为，现在要对土蛮用兵，这是大明数十年未有之事，官军主动出塞迎敌，只可胜，不可败，朝廷上下务必要重视此事，尤其是保密问题，此事一定要作为朝廷的绝密，不能泄露给不相干的官员们知道，所以朱载坖想要专门设立一个机构，来处理蓟辽大宁的事情。
同时将涉及此事的重臣们都召集到这个机构中去，和内阁一样，直接对朱载坖负责，专门办理有关对土蛮作战的事情，不仅如此，将亲军诸卫、京营的整训还有蓟镇新军的编练、国子武学等诸事都纳入这个机构的管理。
其实朱载坖一说，内阁辅臣们都明白朱载坖的意思，就是要将行军用兵单独拿出来，从内阁庶务中分离，由朱载坖直接过问，加强皇帝对于军队和军务的控制，这也并不是什么稀奇的事情，但是这样一来，内阁就丧失了对于军务的管理权，同时兵部的作用也降低了。
这是会遭到反噬的，高拱等人都劝朱载坖慎重，因为涉及到官署的设置，而且是侵夺其他衙门的权力，恐怕没有那么顺利的，尤其是兵部经过百余年，好不容易才把五军都督府架空，独揽军政，现在要兵部把到嘴的肉给吐出来，绝非易事。
辅臣们都劝朱载坖慎重，但是朱载坖决心已定，他早就对大明的这套指挥体系不满意了，这次借着对土蛮用兵，朱载坖要将军政大权上收。
当然，朱载坖也不傻，朱载坖的第一步是将原本给戚继光的练兵总理大臣撤销，下令设立练兵军务处，新设立的练兵军务处权限可比之前的练兵总理大臣要大多了，不仅包括蓟镇新军的编练，京营、亲军诸卫、水师、国子武学等隆庆以来设立的新军，都归其管理。