随着衙门开印之后，朱载坖要商量怎么收拾孔尚贤了。
朱载坖在开印之后，第一时间召集了内阁辅臣和六部九卿，商量应该怎么处理孔尚贤。现在的问题是朝廷如果仅仅以孔尚贤上疏对他加以惩戒，显然没有达到朱载坖的效果，申斥什么的不是朱载坖想要的，但是要重处孔尚贤，还是要有一些说得过去的理由的。
高拱为此建议，调换曲阜县令，直接由朝廷派遣官员，担任曲阜县令。因为曲阜知县一向是有衍圣公直接从孔家族人中保举的，对于孔家来说，曲阜早就被他们视为孔家的领地，在大明搞出个国中之国来了。
朱载坖说道：“衍圣公比之黔国公何如？黔国公尚不能列土封疆，彼辈何能为也？”
朱载坖对于这种行为，显然是不能容忍的，吏部尚书杨博说道：“陛下，隆庆五年，御史赵可怀因曲阜知县孔承厚不职，建议令兖州府同知管理县务，知县只辖林庙，既而衍圣公孔尚贤因其妨已行事，复以冗员奏乞革，但为吏部所驳。”
朱载坖听罢之后说道：“孔尚贤以为自己是谁？普天之下莫非王土，朕看他是不知道自己有几斤几两了。”
朱载坖直接对诸位臣子们说道：“朕以为，曲阜世职知县乃国家世报先师之盛意迩，缘举用非人，宜尽行裁革之，由吏部拣选官员，赴曲阜任职。”
朱载坖准备将孔家世袭曲阜知县的特权给取消掉，之前是为彰显对孔子的尊崇和对孔子后裔的优待，朝廷特许，曲阜知县的选任不必遵循地域回避、亲族回避、职务回避的制度，准许孔氏宗族从自己宗族中选拔德才兼备之人当任曲阜 知县。
现在看来，朝廷对于孔家的优待显然是过了头，搞得孔尚贤现在已经分不清大小王了，朱载坖说道：“吏部要选个强项令去，清丈曲阜的土地，朕倒是要看看，曲阜还有没有不是孔家的田地。当年圣人困于陈蔡之间，在陈绝粮，从者病，莫能兴。想不到千年之后，孔家所有之田亩，冠绝大明吧？”
高拱说道：“陛下，恐怕仅仅靠以强项令，是难以在曲阜站稳脚跟的。”
这点朱载坖也很清楚，毕竟孔家世代在曲阜，都已经不是用地头蛇来形容了，朝廷仅仅靠一个知县在当地可能毫无作用，所以朝廷这次不仅要将曲阜知县予以更换，甚至要将整个曲阜的文武官员予以更易，孔家在曲阜，文有世袭县令，武还有一个曲阜守备，专门负责保护圣人陵墓。
朱载坖认为，天下谁都不能拥有私兵，孔家也不例外，命令将曲阜守备和兵马予以更易，从锦衣卫中选派精干人员，前往曲阜，查探孔家的详情。
而户部尚书刘体乾说道：“陛下，臣查阅旧档，洪武初年，孔府私置田产仅免差徭而已，朝廷仍依例科征税粮，未有所谓全部蠲免之事。”
朱载坖急忙问道：“大司农所言是真？”朱载坖对于孔家，最为不满的就是就是孔家掌握着天量的土地，却不向朝廷缴纳一粒税粮，朱载坖原本以为这是历代皇帝对于孔家作为圣人苗裔优待，现在看来，显然不是如此。
刘体乾将他查阅到档案一一展示给朱载坖，对于孔家的优免政策，最开始洪武七年，太祖皇帝下旨，免衍圣公税粮三十余顷，而后就是宪宗时，经衍圣公奏请，孔氏名下续买民间征粮地一百一十六顷五十六亩四分，蠲免税粮三分之二。
到了嘉靖即位后，在张璁担任首辅时，对孔家的优免进行了整顿，根据历代皇帝优免孔家的上谕，经过统计之后，除孔氏田赋，前后免粮地，共三百六十九顷六十八亩七分有奇，这是准备的孔家的优免数字。
也就是说，朝廷赐予田地于衍圣公，并拨佃户令其耕种，是保证衍圣公府日常开支及供给衍圣公及其署官的俸禄。除此之外衍圣公府自置的田地仍需向官府缴纳赋税，但是实际上，衍圣公假借圣谕，将名下所有的土地赋税都予以蠲免了。
朱载坖冷笑了一声说道：“赵文华，你是刑部尚书，你给朕说说，孔家这是什么罪过啊？”
赵文华赶紧出来说道：“陛下，这是矫诏啊！”
刘体乾接着将他从户部档案中搜集的资料拿出来，刘体乾说道：“陛下，嘉靖三十五年，曲阜清丈田亩，曲阜一县之地统共五千一百八十顷三十一亩九分七厘。而孔氏之地，上中下三等共四千二百二十二顷五十一亩九分一厘。”
整个曲阜，五分之四的土地都在孔家手中，除此之外，孔家还还经常因为税粮的事情和其他地方的官府发生冲突。仅仅以最近的一次来说，隆庆元年，孔家和山东徐、沛、滕、峄四县发生冲突，孔家认为三湾界处的田地为孔府祭田，受衍圣公府的管辖，所交赋税和差役也归于衍圣公府， 与当地县衙无关。
当时的首辅徐阶为了稳定局势，安抚孔家，下令四县不得征收孔家的田赋。而据刘体乾现在的调查，这处田产根本不是朝廷赐予的祭田，应该是孔家巧取豪夺或者接受投献的田产，孔家将此指为祭田，就是为了免除赋税。
朱载坖说道：“是可忍孰不可忍？哪一天他孔家说天寿山是孔家的祭田，朕是不是要给历代先帝迁陵啊？恣意妄为，如不重惩，何以昭朕之法度？杨天官，可有干吏推荐啊？”
杨博说道：“陛下，臣举荐一人，可以担当此任，但恐陛下不允也。”
朱载坖笑着说道：“杨天官且说来。”
杨博向朱载坖推荐的是雒遵，之前因为上疏，被朱载坖贬到广东徐闻县当典史，好好吃菠萝去了，杨博认为雒遵性格刚强，足以应付这事。
朱载坖想了一会说道：“也罢，就调这个雒遵任曲阜知县，清丈曲阜田亩。告诉他，要是办不好此事，他连这口皇粮都不必吃了。”