内阁原本是属于翰林院的下设机构，翰林院不过正五品的衙门。内阁学士之所以能够成为现在的百官之首，是从仁宗时代开始的，仁宗时内阁学士以尚书衔入掌机务，遂成定例，内阁的地位就此大幅度提高。
而到了嘉靖时期，阁臣们更是兼领师傅保等官，地位更加尊崇，六部尚书和都御史无法和阁臣相比。
朱载坖对阁臣们说道：“内阁乃朕之股肱，佐朕以治天下也，地位不得不尊崇，否则何以领袖群臣？故朕以为，内阁应为从一品衙门，位在六部、都察院之上。”
朱载坖认为内阁的地位必须尊崇，因为内阁是协助皇帝处理政务的，不再是翰林院的下属单位，在品级上要压其他部院衙门一头，六部和都察院是正二品，内阁就是应该是从一品的衙门，也是大明现在品级最高的衙门，通过这种方式，朱载坖要确定内阁的地位。
对于朱载坖的这个看法，阁臣们认为还是可以接受的，毕竟定内阁为从一品衙门其实就是对嘉靖以来传统的尊重罢了，虽然之前内阁衙门并没有品级，但是内阁大学士加三公三孤等官，实际级别也都在正一品和从一品，朱载坖将内阁衙门的品级定在从一品，无论是内阁辅臣还是满朝臣子应该都是能够接受的。
接下来就是内阁的执掌了，这是涉及到权力的事情，无论是朱载坖还是辅臣们都是很重视的，比起衙门的品级，这个才是最重要的。
朱载坖认为，内阁最重要的职能就是票拟批答，也就是内阁顾问之臣的体现，为皇帝的决策提供建议，也就是所谓代王言，这也是现在内阁最重要的权力，对于这点，朱载坖和阁臣们都是没有任何意见的，因为票拟实行以来，极大的减轻了皇帝的工作量。
国朝初年的时候，重八哥祖宗旧规，御门听政，凡各衙门奏事，俱是玉音亲答， 以见政令出自主上，臣下不敢预也。饶是以重八哥这样的劳模，也深感吃不消，要是没有内阁拟票，这些奏疏凭借朱载坖本人来处理的话恐怕累死朱载坖也处理不完。
阁臣们对票拟的建议主要在于批红和拟票的机制问题，按照道理，阁票送至皇帝后应由皇帝亲览亲批后再下发，不能假手他人，但是实际上宪宗、孝宗、武宗时都有司礼监太监代皇帝批红的情形，尤其是武宗时，由于皇帝怠惰，凡每日奏文书, 自御笔批数本外, 皆众太监分批。遵照阁中票来字样, 用朱笔楷书批之。
阁臣们认为应当禁绝此事，不能假手太监，批红大权必须由皇帝本人行使，凡是由司礼监太监代批的，内阁都有权将其封驳。
朱载坖并没有同意这个建议，朱载坖现在不能将司礼监完全排除在权力核心之外，朱载坖还需要司礼监的帮助才行。同时，人总是有怠惰的时候，即便是嘉靖、朱载坖，也都有代批的时候，只不过嘉靖、朱载坖的代批是皇帝口授，司礼监太监批红，皇帝看过之后再用印。
朱载坖认为，代批要分为两种情况，如果是司礼监不经皇帝口授就代批，这种批红，是不合法的，内阁可以将其封还，但是经由皇帝口授，司礼监太监批红的这种情况，就应该予以执行，当然，为了区别两种批红，朱载坖和阁臣们约定，凡是代批票拟，都要加盖皇帝的私印，如朱载坖本人的私印就是舜斋，因为嘉靖的号是尧斋。
凡是没有加盖朱载坖私印的代批，一律视为违法，内阁立即予以封还。
而接下来就是拟票的方式问题，本来之前内阁采用的是集议制，阁臣虽有轻重之分，却没有首次的区别，阁臣之间的差距不是很大，票拟由阁臣共同商议而定。但是从张璁开始，内阁首辅的权威日重，票拟逐渐成为首辅的特权，尤其是严嵩、夏言两位，更是专票，票拟之权由其专断，次辅甚至没有参与的权力。
徐阶、李春芳相对比较温和，还能够将票拟的权力分出去一部分，其他阁臣也算稍微有一些权力了，但是这些依靠首辅性格的票拟制度，还是太不靠谱了，要知道，后面还有一个张太岳等着呢，这位在专票这个事情，丝毫不逊色于严嵩、夏言，所以，无论是朱载坖还是阁臣们，都认为应该制定一个制度，规范票拟。
其实就是规范首辅、次辅还有其余阁臣之间的权力关系。朱载坖认为，首辅应当要有足够的权威，才能领袖群臣，但是其他阁臣们也需要有一定的权力，以防首辅专权，出现权臣。
朱载坖的办法是分票制，即章疏到达内阁后由中书舍人分发给直阁大学士分别进行票拟，每名阁臣分别负责一方面的事务，然后由首辅次辅审核，这样一来，首辅拥有审核大权，足以领袖群臣，而阁臣们也拥有足够的权力来制衡首辅，对于首辅次辅的决定有不满的，可以直接以密疏上奏皇帝，陈述自己的意见，奏请圣裁。
对于朱载坖的这个安排，阁臣们表示满意，实行分票制既可以保证首辅的权威，也可以在内阁形成制衡之势。
除了票拟批答之外，内阁还有草拟诏敕和献替可否，草拟诏敕其实没有什么说的，现在也基本上是内阁领导翰林院做的，但是其中有一个内阁重要的权力，就是封还执奏的权力，内阁希望以条例的形式予以承认，所谓封还执奏，就是对于皇帝下达的上谕， 内阁如果认为有不妥之处，可以封还上谕。
在大明有这个权力的只是内阁和六科，但是六科的封驳权是有明确法律保障的，但是内阁的封驳权就是很朦胧的，内阁希望通过法令的形式予以承认，朱载坖答应了这个意见，给予内阁以封驳执奏的权力，并且规定皇帝不能因为封驳而加罪于阁臣、科臣。