严世蕃向朱载坖提出的第二个问题就是文思院以及文思院下辖的各个工场和地方官府的关系问题。现在文思院和地方官府还是有一些矛盾的。
主要是关于土地和人员的，地方官府认为文思院的工场不仅占据了大量的土地，还将大量的精壮男子招募进入工场中，他们认为这样会导致百姓舍本逐末。忘记农业这个最根本的事情，所以很多地方官府对于文思院的工场并不欢迎，同时也不喜欢文思院到处招募工人。
对于此事，朱载坖表示会通过上谕的形式告诫地方官府，要配合文思院及其各工场。
严世蕃还向朱载坖汇报了一件事情，就是遵化铁厂和遵化县的矛盾，现在遵化铁厂开始大规模生产了，当然会产生大量的矿渣，这些矿渣的堆放需要大量的土地，现在就这些矿渣的问题，遵化县和遵化铁厂已经发生的很多次的冲突。
对于这些矿渣，严世蕃也想了很多办法，如用矿渣铺路等，但是这些方法并不能够完全消耗这些矿渣，而且随着朝廷对于钢铁的需求日渐增加，这些矿渣只会越来越多，矿渣堆积，确实会占用大量的土地，严世蕃想请求朱载坖下旨，征求能够处理这些矿渣的办法。
朱载坖笑着说道：“德球，朕倒是有个办法。”
朱载坖的办法很简单，就是用这些矿渣制造矿渣水泥，这也是最简单的水泥之一，就是将矿渣、石灰石、黏土研磨成粉，然后再加以煅烧，不仅是矿渣可以这么做，煤灰也可以这么做，以石灰石和粘土为主要原料，经破碎、配料、磨细制成生料，然后在水泥窑中煅烧而成的。
至于具体的比例如何，那就交给文思院去想办法了，这事就不归朱载坖管了。
对于朱载坖的方法，严世蕃准备回去加以试验，如果真的能够解决这些矿渣，还能够为文思院增加一个进项，对于严世蕃来说肯定是再好不过的事情了。
朱载坖现在也需要大量的水泥，无论是修桥铺路，还是修整边墙，都需要大量的水泥，虽然现在大明用糯米浆灌注的边墙也很坚固，但是成本实在是太高，朱载坖承担不起，还有就是道路的硬化，也需要大量的水泥。
除了这些事情之外，朱载坖现在要交给文思院的事情就是铁炮的铸造这个问题，之前大明是用倭铜铸造火炮，质量当然是很好，但是铜价昂贵，根本不可能支持大规模装备官军，而且铜对于朱载坖来说还是有大用的，铜钱毕竟是百姓日常生活中能够使用的，而且钱息也可以给内承运库带来丰厚的收入。
现在朱载坖的规定是从倭国来的铜料，一半铸钱，一半铸炮，要是能够突破铁炮这个技术问题，就可以节省大量的铜料，用于铸钱，增加钱息收入。
其实朱载坖也很清楚为什么大明的铁炮工艺总是不过关，之前生产大将军炮，就经常炸膛，搞得官军炮兵都不敢使用这些火炮，究其原因，主要是两点，其一就是之前大明铸炮用的铁料质量不好，由于之前大明在炼铁的时候并不是使用焦炭，而是直接使用煤炭，导致产出的铁含有大量的磷和硫，铁质脆而易炸。
用这样的铁铸造的火炮自然是很容易炸膛了，还有就是铸造工艺的不过关导致炮体内含有大量的气泡、砂眼，这些质量上的问题也会导致铸造出来的火炮质量差。
对于这些问题，朱载坖还是认为还是可以解决的，现在遵化铁厂等已经实现是焦炭炼铁，生铁的杂质会大幅度的下降，同时朱载坖要求铸炮必须是熟铁或者钢才行，必须要保证火炮的质量。
如果能够实现铁炮铸炮的话，就可以节省大量的铜料，这对于朱载坖来说是很重要的。
同时就是火药的问题，之前戚继光和其他边镇大将也向朱载坖上疏说过火药的问题，现在向边镇配发的火药还是存在质量问题，不同批次的火药质量不一，虽然朱载坖要求实现火药的颗粒化，但是火药的颗粒也是大小不一，使得官军的火铳、火炮要经常要根据不同批次的火药来调整用量，这显然对于作战是极为不便的。
朱载坖要求严世蕃和文思院、军器、兵仗两局还有火药工场，想办法统一火药的配方，对于木炭、硝、硫磺，都要提纯之后使用，配方务必要精准，同时根据火铳和火炮不同的特性，无论是火药的配方还是火药的颗粒大小，都要确定下来，形成制度。
文思院这些东西，不能闭门造车，要和边镇的大将、官军士卒们沟通，听取他们的建议，同时朱载坖认为，为了方便士卒们使用，要将火炮、火铳的弹药定装化，按照每次所用的剂量，与弹丸一同封装，方便士卒们临战取用。
朱载坖将这些交代给了严世蕃，就去处理政务了。
随着大明的开放海禁，大明和西洋、南洋各国的接触就更加多了，提督海关衙门兵部左侍郎兼户部左侍郎胡宗宪向朱载坖上疏，称红夷有使者，声称奉其国王之命出使大明，奉送礼物，请求陛见。
所谓红夷，就是荷兰人，既然他们愿意来，朱载坖倒也不排斥，令海关衙门派人护送到京师，由礼部负责接待。
还有就是琉球中山王向朱载坖上疏，声称倭寇袭扰琉球，请求朱载坖速发天兵，帮助琉球击退倭寇。
对于中山王的奏疏，朱载坖有些无奈，大明的这些藩属，一向都是如此，只要有事，就希望大明速发天兵，但是他们根本不会考虑大明官军远赴万里之外，能够得到什么，好像他们只要叫声爸爸，大明就得为他们抛头颅洒热血一样。
朱载坖并没有立即作出决定，而是将琉球中山王的奏疏下部议。果不其然，大臣的结论是一致的，根本不愿为了琉球而出兵，因为出兵琉球除了损耗钱粮之外，一无所得。