三位提督各自到任之后，根据兵部、吏部事先拟定好的名单，还有三位提督和总督的举荐，大明九边规模最大的军官调动拉开了帷幕。
首先当然是总兵大将的调动，原辽东总兵黑春，调任延绥总兵，原任山西镇总兵刘汉，调任辽东总兵。原任大同副将麻锦，升任蓟镇总兵，原任蓟镇副将时陈，升任大同镇总兵。
原任宣府总兵赵苛，调任固原镇总兵，原任固原镇总兵雷龙，调任山西镇总兵。原任宁夏镇总兵牛秉忠，调任宣府镇总兵。
原任山西副将杜桐，升任宁夏镇总兵。
这样一来，第一是完成了总兵级军官的轮换，同时理顺了指挥体系，原来提督还兼任一镇总兵，经过这次调整，提督不再兼任总兵，形成了提督-总兵-协守副将（分守参将）-游击-沿边堡垒的指挥体系。
接下来就是总兵以下将领的调动了，副将、参将、游击乃至于千户、守备的调动则与总兵们不同了，主要是一句个提督、总兵们的举荐，还有兵部、吏部的选拔。
其中比较重要的就是武进士们的安排了，本来武进士和进士们一样，分为三等，一般来说，一等授副千户，二等授百户，三等授试百户或者总旗。
但是朱载坖经过和戚继光等人的商量之后认为，武进士毕竟没有什么实战经验，授官太高并非好事，所以同意授官百户，只是武进士们在升迁上可以优先，同时去九边锻炼的武进士，三年之后都可以升副千户，算是对他们天子门生的优待。
这次朱载坖将之前的一科武进士全部向辽东、三边安排，也就是为了锻炼他们的能力，只有在实战中才能知晓他们的能力如何。
大批的军官们被调离自己世代镇守的地方，对于他们来说肯定是全新的考验，收到朝廷命令的军官们纷纷打点行装，赶赴指定的任所赴任。
调整了军官之后，就是核实军籍了，之前在嘉靖朝和隆庆元年，也进行过清军，但是时间已久，现在九边有多少人马确实是不太清楚，现在必须要清军，核实九边的士卒、战马、军器，登记造册。
军籍事关九边安定，更重要的是和朝廷的开支直接挂钩，对于大明来说，每年最大的开支就是九边军费，现在九边军费是不断上涨，从宣德、正统时的四十余万两，激增到现在的超过二百万两。
去年更是因为辽东的战事，增加到二百十四万两，虽然不及嘉靖时期最高的三百零五万两多，但是数字已经是非常之巨大了，每年近二百万的军费，砸到九边去，到底效果如何，九边实在人马有多少，这是朱载坖十分关心的问题。
所以朱载坖和重臣商量，趁此机会对九边展开一次大清军，弄明白大明的九边到底有多少士卒战马。
朱载坖的这个想法得到了内阁和六部的一致支持，现在军费确实是越来越多了，内阁和朱载坖都认为现在确实需要清军了，但是究竟应该怎么清军，这是一个问题。
是朝廷直接派出钦差到九边清军，还是有各地总督、提督清点士卒战马之后向朝廷上报呢？
大部分的官员都认为应该直接由朝廷派出钦差到九边和京营以及亲军诸卫核实军籍、战马数量，朱载坖也是这个意思。按照三大防区，派遣由都察院长官、兵部职官和御史组成的钦差，前往九边各镇稽核清军。
最重要的就是就是带队的三个钦差人选了，朱载坖对于这个人选的要求就是务必要选择清正廉洁，考绩优良的官员前往。
最后吏部和内阁会商之后，向朱载坖推荐的人选是太仆寺卿赵锦、通政使赵贞吉、礼部右侍郎林燫，对于他们三人，确实都是在朝中颇有清名的人，也都是被大家所认可的人。
朱载坖于是下旨，三人俱加都察院右副都御史衔，率领兵部有司官员和都察院的清军御史，赴九边清军，赵锦赴宣大山西，林燫赴陕西三边，而最重要的蓟辽、京营和亲军诸卫，当然是交给了赵贞吉。
朱载坖主要是想看看，每年耗费了大明大半岁入的九边，到底有多少人马。
隆庆五年是科举之年，春闱当然是最重要的事情，会试主考官的选择就异常重要了，现在内阁辅臣中没有主考过会试的就是陈以勤和殷士儋了，朱载坖要在这两者之间选择一位充任会试主考官。
按照论资排辈的顺序上看，应该是先陈以勤而后殷士儋，但是朱载坖现在更倾向于殷士儋，原因很简单，就是现在殷士儋和高拱的矛盾激化了，因为现在内阁中李春芳虽然是首辅，但是他一向比较温和，即便是高拱很强势，李春芳也能够对付，而且高拱很清楚，朱载坖很信任李春芳，所以高拱对于李春芳还能保持基本的尊重。
不过对于陈以勤、殷士儋，高拱就没有那么客气了，高拱本就比较傲气，像陈以勤这样的脾气好的尚且能够忍受，像殷士儋这样的同样是脾气火爆的人就根本无法忍受他了。
你高拱是内阁次辅，可我殷士儋还为朱载坖蹲过诏狱呢？陈以勤怕你高拱，殷士儋可不怕，在一些涉及政策和用人的事情上，殷士儋就不惯着高拱，尤其是现在高拱和醋党打的火热，他和杨博、张四维等人关系都不错，大有联合醋党对抗心学的趋势。
而殷士儋则是对这些事情采取不参与的态度，使得高拱大为光火，朱载坖不愿高拱和殷士儋的矛盾进一步激化，于是点了殷士儋为会试主考官，一来是告诉高拱，自己对于殷士儋的重视，二来会试要锁院，先隔离他们一下子。
除了科举之外，还有武举，朱载坖也选定了武举会试的主考官，策论由吏部尚书杨博主考，武艺由练兵总理大臣、提督蓟辽军务总兵官戚继光主考。