除了关税之外，对于朱载坖来说重要的就是商业税收了，大明也征收商税，主要是通过钞关的形式加以征收的，和之前大宋实行的禁榷制度直通，大明对于商税不甚重视，对于商业的管理也较为粗疏，仅仅是规定了一些基本的原则。
太祖皇帝对商税的祖训也就只有一条，就是：凡商税三十而取一，过者以违令论。
大明的商税是很低的，据马森统计，隆庆二年大明的商税税额是三十七万两，还不及盐税的三分之一。而且大明的商税很多时候是定额商税，之前方钝担任户部尚书的时候就曾经指出过这种定额商税的弊端，方钝认为：“地有盛衰，物有盈歉。而商税之征，率皆定额。 是使其或盈也，奸黠得以侵欺；其歉也，良善困于补纳。”
这种定额商税会使得官员有上下其手，结伙贪污的可能性。而对于对于商人来说，也并不公平。因为大明的商税很大程度上是地方官府来征收的，并不在上缴朝廷的起运中，这就给了地方官府以可乘之机。
商税怎么征，征多少，很多时候并不取决于朝廷，而是地方的州县官员们一言而决，商税征的多不多，主要是看地方官府的长官黑不黑了，说大明商税少的，其实是指真正能够进入太仓的商税少，对于商人们来说，他们可并不觉得商税少。
现在的商人，一般分为两大类， 一类是从事商品贩运的行商，即所谓的“行资”商人 一类是坐地经营的坐贾，即所谓的“居鬻”商人。
对于这两种商人，大明朝廷有不同的办法征收税收，对于行商，大明规定，凡商贾欲贩货于四方者，必先赴所司起关券。所谓关券，就和百姓路引一样，实际上是允许行商贩运商品的营业许可证明。具有营业执照的性质。其上要注明行商的姓名、籍贯、年貌、经营范围、资产状况、贩运地点等。要想取得这个关券，就得向地方州县缴纳一笔钱，至于这个钱有多少，就完全看官吏的良心了。
取得关券的商人，可以贩运商品到异地销售，路途所经钞关需主动申报贩运商品数量，缴纳一定的关税。贩运商品到达销售地，商人并不能径自将商品在市场上销售，而必须按规定将商品存入塌房、官店，交纳塌房税和免牙钱，获得地方官府开给的纳税票据后，方能进入市场交易。
对于行商有严格的课税章程，坐商一样不能幸免。在城镇经营店肆门摊的坐贾，欲定居城镇开店也须向官府申请占籍，并且缴纳一定的占籍钱之后，才能够被准允营业，否则被视为无籍之徒，随时有被驱逐的危险。
除此之外，还要承担两种商税，一为商品交易税按商 品价格合计交易额，三十税一。这个就是太祖皇帝的规定的商税税率。
除此之外，还有一件就是市肆门摊税，这个税收到底征多少，怎么征，也是完全看地方官府的心情的。对于朝廷来说，这些商税都是和朝廷或者和太仓无关的，真正能够进入太仓的，主要是钞关的税收。
大明在各处水路要道设置钞关，向过往的商人收取商税，以河西务、临清、浒墅、九江、杭州、 淮安、扬州七处为常设的钞关，商船到关后，先要填写船单，写明运载货物的品种、数量、船只式样、纳税数目，完成纳税手续后，由钞关发给税票，方能过关。钞关的税收才是能够进入太仓的税收。
对于钞关，大明也是十分重视，所有的钞关都是直接归户部管理，由户部派出主事负责管理钞关，而且还有巡关御史，加以巡察。各钞关所在地方官府需派通判、同知之类的佐贰官一员，每日赴关监督收税，并监督税官将所收银两倾煎成锭，送库收贮。
所以并非是大明的商税低，而是大明的能够解运到太仓的商税太少。其实历代朝廷都有很多有识之士提出这个问题，商税解运太少，与大明的实际情况完全不符合，大量的商人依附于官僚贵戚，借以逃避朝廷课税。
朝廷为了打击偷逃税款，只有更加频繁的设立钞关，要求地方官府从严征缴税收，但是不少臣子认为：生财本自有道，取民在于有制，人君不患财用之不足，而患用财之不节，取民之无制也。
朱载坖就此事和张居正等重臣商量，眼下大明的商税确实是一团乱麻，地方官府、朝廷户部、士绅贵戚，这里面的关系错综复杂，一时半会很难理清。
张居正是反对立即加征商税的，张居正说道：“陛下，商通有无，农力本穑。商不得通有无以利农，则农病； 农不得力本穑以资商，则商病，故商农之势常若权衡然。故臣以为，欲物力不屈，则莫若省征发以厚农而资商，欲民不困，则莫若轻关市以厚商而利农。”
但是高拱的看法则正好与张居正相反，高拱认为应该加重征收商税，他对朱载坖说道：“陛下，征税之法，当税富民，不当税贫民，盖取之富商者，不过割其羡余，征之微末者，则如朘其膏脂。商贾之中有开设典当者，但取子母，无赋役之烦、舟车之 榷、江湖之险，此宜重税，反以厚贿而得轻。至于小民负担之微，市饼、卖浆、豨毛、牛骨，终日经营不过铢两，反以输纳而得重。此甚非平也!”
高拱认为对于这些放高利贷的，要想办法科以重税，因为他们利润丰厚，甚少纳税，而对于一般的升斗小民，他们小本经营，仅仅是糊口而已，却要承担地方官府的各种苛捐杂税，稍不注意就是破产的下场，这是何等的不公平！
对于高拱的看法，朱载坖表示了支持，这帮放高利贷的，确实应当予以严惩，他们获取厚利，无一分一厘之税，百姓受其盘剥，官府枉受骂名，这确实是极为操蛋的事情。