在南京礼部的筹备之下，很快就拟定了祭祀孝陵的相关仪注，朱载坖率领南京的文武百官和勋臣们，前往孝陵祭祀，朱载坖从孝陵红券门，降辇由左门入，升舆，群臣从由红券门并金门、陵门之右门进入。
朱载坖穿青袍乘板舆到孝陵外东，降舆。在礼部官员们引导下向孝陵祭祀。其实和祭祀嘉靖的过程没任何区别。
导引官导朱载坖至殿左门外，典仪官唱：执事官各司其事，内赞官引导上皇至拜位，奏就位。
奏诣前，内赞官引导朱载坖到香案前，奏上香，朱载坖三次上香，跪拜结束。
随后内赞官奏复位，奏四拜。传赞百官和典仪唱奠帛，行初献礼。
后内赞引导朱载坖至御案前， 奏献帛，结束后再引导皇上至太祖高皇帝御座前，奏献爵，讫。引导皇上至太祖高皇后御座前，奏献爵，结束后奏复位，奏跪。
传赞众官皆跪，赞读祝，奏俯、 伏。传赞百官同典仪唱亚献礼、终献礼。执爵者代献，讫。
内赞官奏四拜，传赞百官同典仪唱，读祝官捧祝，进帛官捧帛，各诣燎位，朱载坖退拜位之东。捧祝帛官出殿门，内赞奏礼结束。
结束祭祀之后，朱载坖从原路返回，而百官们由小旁门退出，守臣下之分。
结束了祭祀之后，朱载坖到了督师衙署之中，从杭州赶来的浙江巡抚王崇古也赶到了南京，朱载坖于是和随驾的重臣一道召见了王崇古，朱载坖问道：“听说浙江的新政，推行的不太顺利，是怎么回事？”
王崇古赶紧上前请罪道：“陛下，此臣之过也！”
朱载坖摆摆手说道：“朕不是来问罪的，新政推行受阻，是什么原因？”
王崇古向诸位重臣解释了其中的原因，第一点就是浙江的士绅们认为赋役折色太少，浙江和苏松不同，浙江山多田少，素有七山一水两分田之称，和苏松盛产稻米，百姓愿意用本色缴纳赋税不同，浙江除了靠近苏松的嘉兴、杭州、湖州、绍兴等府地势稍微平坦，盛产粮食之外，其余州县的粮食都比较紧张。
而且浙江商贸繁盛，白银货币化程度高，胡宗宪总督浙直的时候，就从浙江征收了大量的银两，浙江百姓和苏松百姓不同，他们宁愿折银，而不愿缴纳本色，因为浙江以种植桑蚕为业的多，种粮的反而少，他们不愿缴纳本色，因为缴纳本色的话，会导致浙江的粮价上升，他们情愿全部折银。
朱载坖表示，既然他们愿意折银，那就从其风俗，可以全部折银缴纳，因为最终大部分肯定是要折银的，只是或早或晚的事情。
朱载坖接着问道：“还是其他什么问题？”
王崇古说道：“陛下，他们还认为浙江上供物料过多，过于繁杂，请求将上供物料也一并折银。”
所谓上供物料，主要系指地方输往朝廷各部和宫廷的各类物资，浙直两省由于较为富庶，且国初之时离南京较近，所以大部分上供物料就是在浙直摊派的，尤其是浙江，被摊派的最多。每年供贡以为供御、祭祀、宴赏、兵戎之需。如野味、果品、茶芽、冬笋、药材、段正、弓箭弦、杂皮、翎毛、桑攘之类，名目众多。
但是到了现在，已经是弊端丛生，第一是大明迁都之后，上供物料就不是解运南京，而是解运至京师，长途的解运使得不少百姓破产，如如温州府平阳、 泰顺二县额办解京铁课六万斤，共由大户十五名领纳解京，后因运纳艰苦改为存留解府以备沿海军器制造。成化间又一度改为解京，直接导致承担铁课的百姓破产，甚至到了甘受责罚不肯领解的程度。
还有一种就是随着世事变迁，原本本地产出的物料现在并不出产了，而朝廷仍旧强令上供，致使百姓无法负担，如宁波府慈溪县的贡茶之办，在大明初年即系由该县十四、五、八、九等都种植茶园的茶户负责，或自行办纳，或出钱买办，每年年以二百六十斤为额，每鲜茶四斤焙作一斤，共计该鲜茶一千四百余斤，着落产茶之家出备茶叶，以供上用。然而现在该地的茶园已经荒芜，而内廷上供，是不能推卸的，州县官员只能强令百姓自行购买茶叶，以完成上供。
王崇古说道：“陛下，税粮征收，每岁俱有常数；而物料逐年买办，全无定规，一年之间，多则派至四五十起，少亦派至二三十起。部派于司，司派于府，府派于县，县派于里，里派于甲，照里分派，不论贫富，照甲取银，不论高下，细民受害不可胜言。”
王崇古作为浙江巡抚，还是深知上供物料对于百姓的残害的，现在朝廷推行新政，百姓意见最大的上供物料却没有改变，不仅是士绅，连百姓也颇为不满。
朱载坖问道：“那依王卿之言，怎么改革才能使得百姓接受？”
王崇古认为还是要折纳，王崇古说道：“陛下，臣以为应当均征里甲丁田。”
王崇古的意思是，将这些上供物料的价值通计折银，然后摊派到浙江全省的田赋之中，这样一来，对于百姓来说，增加了仅仅是一点折色，但是免去了被上供物料折腾的烦恼，而朝廷这拿着这笔银子，遣官吏到相应的地方采办上供物料，解运至需要的地方，这样一来，朝廷得到了银子，浙江免去了上供物料，可谓皆大欢喜。
朱载坖没有马上答应此事，而是要求将现在浙江的上供物料统计出来，条陈上疏，先由朱载坖看过之后，再行定夺。这与赋役折色的事情，是可以同意的，但是关键还是要清丈田亩，使朝廷的赋税得到保证，所以朱载坖要求谭纶采取强硬手段，将清丈田亩贯彻下去，必要的时候，效法苏松都行！