朱载坖的两道上谕下达之后，不少科道御史和大臣们都上疏朱载坖，认为对于冯恩的处罚过重，冯恩当年已经被嘉靖给释放，朱载坖作为人子，也不该再追究此事。
但是朱载坖显然不是这么认为的，朱载坖认为，当年嘉靖处罚冯恩是因为他上疏妄言大臣德政，这是太祖在祖训中就要求严惩的罪行，嘉靖当时没有杀他，已经是弥天之恩了，还是在张璁等人的力劝之下，而冯恩侥幸捡了一条命之后，回到家乡，不思悔改，反而着书立传，为自己树立什么四铁御史的形象。
这才是朱载坖这次要办他的原因，冯恩的形象越好，张璁的形象就越差，嘉靖的形象也就好不到哪里去，这才是朱载坖对冯恩最痛恨的一点，现在朱载坖推行新政，张璁就是朱载坖拿出来的榜样，而你冯恩还在到处吹捧你所谓的什么四铁御史，不是明着和朱载坖作对吗？
况且你要真是个清官还则罢了，可是你冯恩自己是什么玩意自己没有点数吗？你冯恩出身寒微，只当过一任知县和御史，回到松江之后，却拥有田产达三万亩，娇妻美妾，在松江、苏州、南京都有别墅，难道大明朝的官俸什么时候这么高了，他为官如何仅凭这个就足够判断了。
所以朱载坖这次要求严办冯恩，就是要戳穿部分言官的虚伪面纱，把他们的真实面目揭露出来。
但是给张璁改谥号的事情还是遇到了很大的阻力，很多人认为当年嘉靖给张璁一个文忠的谥号已经是破格了，朱载坖给他文正的谥号，甚至可以预见的将会入祀贤良祠，使得很多人大为不满。
他们认为：谥者，行之迹;号者，功之表。古者有大功，则赐之善号以为称也！得赐谥号者，不仅要功业过人，更要德行出众，张璁的功业确实值得肯定，但是他们认为张璁气量狭小，不够宽容，而且还有一个不能明说的原因，就是张璁在大礼议中是最先坚决支持嘉靖的，在大部分文官心中，张璁此举无异于逢君之恶，德行有亏。
而文正则是文臣谥号中最顶级的，能够得到这个谥号的人，无一不是声望德行最为卓越者，品行优良，要为当世称颂，之前两位文正公是弘治正德年间的两位阁臣李东阳和谢迁，李东阳四岁能作径尺书。景帝召试之，甚喜，抱置膝上。天顺八年，年十八，成进士，官至太子少保、礼部尚书兼文渊阁大 学士。立朝五十年，清节不渝。即罢政居家，请诗文书篆者填塞户限。卒赠太师、谥文正。
谢迁成化十一年乙未科状元，授修撰，仪观至伟，秉节直亮。明孝宗时，以少詹事入内阁，参预机务，加任太子太保、兵部尚书兼东阁大学士，天下皆称之为贤相。武宗嗣位，加少傅，后以年老而辞归。卒，谥文正，
这两位文正公还是能够找到一些共同点的，首先就是翰林出身，科名不错，李东阳是神童出身，谢迁更是状元，张璁在科名这项就差的多了，张璁四十七岁才中一个二甲进士，连庶吉士都没没混到，和李东阳、谢迁两人不可同日而语。
而至于士林声誉，张璁就更难以和这两位相比，李东阳之所以能够得谥文正，最重要的原因就是在李东阳的谋划下，将权奸刘瑾扳倒，谢迁也是在正德朝和这些权奸斗争，被罢官归家的。
张璁则是在大礼议中坚决支持嘉靖而得以被重用的，在文官们看来，张璁无异于幸臣，他如果获得文正的谥号，置李东阳、谢迁于何地？张璁首先不是正途翰林，也就是一甲进士和庶吉士出身，也没有立下扳倒刘瑾这样的大权阉，大臣们普遍都不支持给张璁谥文正。
但是朱载坖一锤定音，就是要给张璁改谥文正，送入贤良祠，朝堂上因为此事争吵不休的时候，异变陡生。广西韦银豹再度发动叛乱，声势浩大直逼桂林。
韦银豹家族是造反的钉子户了，他父亲韦朝威就是造反失败被官军斩杀的，韦银豹子承父业，继续造反，整个嘉靖年间，他都在反抗大明，在嘉靖四十四年、四十五年间闹得最厉害，起义军再次攻入桂林城，并袭击靖江王府。两度攻入广西省城桂林，也标志着古田农民起义发展到了高潮。
趁着官军忙于剿除倭寇，两广的官军大批调至东南，韦银豹这次甚至攻入了湖广，这下朝廷不能等闲视之了，告急的文书纷纷抵达京师，要求朝廷增调援兵、军饷，剿灭韦银豹。
面对广西现在的情形，朝廷一下子骚动起来，科道们纷纷上疏，痛陈厉害，认为韦银豹肆虐数省，官军必须要大军镇压，但是在这些奏疏中，还有部分奏疏开始指责其朱载坖的新政来了。
他们认为朱载坖为了在浙直等处推行新政，将大量的官军调往浙直，导致两广空虚，这才是使得韦银豹能够得手的原因，他们要求朱载坖先暂停执行新政，将东南官军调往两广，镇压韦银豹。
朱载坖一看，好家伙，这就迫不及待了，狐狸尾巴露出来了，什么镇压韦银豹是假，要朝廷中止执行新政才是真。对于这种奏疏，朱载坖是一概不理。
朱载坖和内阁、兵部、吏部、户部商议起怎么收拾韦银豹来，杨博建议调浙直总兵俞大猷接任两广总兵，负责镇压韦银豹，原漕运总兵卢镗调任浙直总兵，同时朱载坖以平江伯陈王谟出镇淮安，任漕运总兵官。
但是关于督抚的人选，一时还举棋不定，杨博举荐王崇古担任两广总督，督兵进剿，高拱则认为现任右佥都御史殷正茂足以胜任这个职务，高拱力推殷正茂。
徐阶、李春芳等人都倾向于杨博的意见，毕竟王崇古的军事能力已经在御倭中得以体现，殷正茂还从未出任过巡抚总督的要职，保险起见，还是王崇古更加可靠，