而对于眼下的治河问题，朱载坖也提出了自己的一些看法，朱载坖认为治河要注重实地考察、尊重河流天性、因地制宜、统行规划，持之以恒。
现在朝廷的衮衮诸公，都在用奏折互喷罢了，他们真正对治河又有几分了解？治河可不是一天两天就能够解决的问题，大明官场现在的气氛就是急功近利，党同伐异。即便是治河之臣有心认真治河，但是往往只要出一点差错，就被言官弹劾去职，言官们根本不管治河的严峻现实和难度，往往都是风闻言事。
部分人视河工位肥缺，想要上去大捞特捞，导致河工大臣经常难产，朱载坖在奏疏中称：总河之缺，屡推至十人矣，尚未蒙点，中外惶惶。 此一官者，非一人所易为，亦非人所乐为，推而不点，诸臣之幸，非国家之福。
河工繁复，短期难见成效，主事官员频繁更换，极大地影响治河效率，也容易产生互相推诿的现象。也使得朝廷无法真正的判断治河之策是否有效。
而且现在官场的风气就是因循苟且，互相包庇，朱载坖仔细查看了之前治河诸臣的去处，哪怕是出现了决口这样的大篓子，也不过是暂时免职，到时候继续起复，高官得做，骏马得骑，这样怎么能激发这些治河大臣的治河动力。
朱载坖在奏疏中也谈及这个问题了，他奏称：假令一堤之筑也。倏而报坚，倏而报溃； 一渠之浚也，倏而报通，倏而报壅。前者蔽罪于后工之不继，而后者推罪于前工之本虚。欲罪前也，说尽推诿情状，已非见任之官，幸免追论；欲罪后也，又以新任之故得从亮原。尺寸之功必酬，寻丈之罪不究。有赏无罚。河工难矣！
而对于现在的治河，朱载坖也很清楚，自己手上是没有什么人可以去竞争这个位置的，但是朱载坖还是准备推荐一个人给嘉靖，虽然不管是总督漕运和总督河道这样的肥缺不能争取，但是朱载坖瞄准的是另外一个好位置，就是巡河御史。
巡河御史也是巡按御史的一种，属于都察院的外差，巡河御史的职责原是以监察运河日常事务、保障运河正常运转为主，虽然品级不高，但是权力极重，朝廷对于巡河御史的要求就是：凡河道淤浅，闸坝损坏，躬自提督修浚，务俾舟楫顺利，输运无阻，公私两便。
运河关系漕运，现在京师有民谣称：漕粮三月不至则君忧，六月不至则都人啼，一岁不至则国不可言者。可见漕运对于大明的重要性。
而为了保障漕运畅通，大明设置了很多官员来保障河道和漕运，从总督大员来说，最高的无疑是总理河道和总督漕运，其下是漕运总兵，还有管河郎中和主事，在河道和漕运的紧要之处，还会设立管河同知和通判。但是朱载坖这次推荐的是潘季驯。
潘季驯是嘉靖二十九年进士，同年底授九江推官，嘉靖三十三年，因为官有能名，升为江西道监察御史。不久后，因父亲潘夔去世，而归乡守制。至嘉靖三十六年正月服丧期满，起复为河南道监察御史。
从监察御史调任巡河御史，只是都察院内部的职务调整，而且对于潘季驯这样一个官场新丁来说，巡河御史无疑是非常适合的岗位，虽然朱载坖很相信潘季驯的能力，但是大明官场一向讲求资历，以潘季驯现在的资历，就是出任管河郎中都还尚显不足，巡河御史显然是最合适的岗位。
首先巡河御史可以在整个河道和运河进行巡视，使潘季驯能够全面的了解河道和运河的情况。其次就是巡河御史和总理河道或者总督河漕的关系是很亲近的，因为两位总督也都带都御史衔，某种意义上说，巡河御史是两位总督的直接下级。
至于现在朝廷议论比较多的到底是总督河漕一人还是总督漕运、总督河道两人，朱载坖也有一些自己的看法，其实之前黄河水灾没有那么严重的时候，总督或者总理河道仅仅是临时差遣，限以三年，务底成绩，事毕则还。直到正德年间，因河患频繁影响漕运，总理河道一职才逐渐变为定职。但总河一职固定后，与总漕在管辖范围和权限上出现了交叉，为河漕交恶埋下祸端。
此事的关键节点就在嘉靖二十年，黄河、 运河交汇的徐州洪、吕梁洪浅阻，影响漕运以致京师粮运不通，而总督漕运官却将责任全部推给总理河道官，致使总河以下全都受到处罚，以此为导火索，总河与总漕彻底决裂，势如水火。
后来嘉靖圣裁之后，令总督漕运兼管河道，也就是总督河漕，这也很多官员不同意分设的原因，他们担心一旦分设河道和漕运，就会重蹈嘉靖二十年的覆辙。
最近不少官员的奏疏都这么人为的，他们认为：总河总漕分而为二，竟以漕为米不知为河矣，而且彼此水火，漕法始乱。
朱载坖到不这么认为，总督河漕事务实在是过于繁杂，朱载坖觉得恐怕没有什么官吏能够做到同时兼顾漕运和河道，运河自淮安抵通州，黄河流经河南、山东、直隶诸省，总督河漕根本不可能有这个精力同时处理河道和漕运，往往只能偏重其一，而在大明现在的情况下，肯定是偏向于漕运，这就导致河道天然的不受重视。
所以朱载坖认为，只有专设总督河道，才能够专心治河，黄河安宁，运河才能通畅。
朱载坖的密疏到了嘉靖的案头之后，嘉靖仔细看过后对黄锦说道：“既然裕王推荐这个潘季驯，那就让他当这个巡河御史，火速赴河南查看河道，务必尽快恢复漕运。”
嘉靖也很清楚，眼下关于总督河道和漕运这两个要职，一时半会恐怕朝廷还不能马上决断下来，朱载坖既然推荐了这个潘季驯，何妨一试呢？毕竟朱载坖之前推荐的戚继光等人确实得力。
然后嘉靖接着吩咐黄锦道：去告诉裕王，丘富一案，为何还未审明查实？吕弼等要犯何日能够成擒？能不能实心用事？