天启七年以来，朝廷花费数载时间，重新构建三受降城体系，山西行都司，大宁行都司，形成北疆第一条边防线。
辽东至甘肃九镇，构建第二道边防线。
两条边防线构成，彻底恢复洪武朝北疆双条边防线的战略。
朝廷攻克辽东，使朝廷东北疆域重新东北抵日本海、外兴安岭，北方覆灭套寇，降服朵颜三部，喀喇沁，土默特，让北疆疆域从明长城重新北达阴山北麓。
唯独西域尚退守嘉峪关，未能恢复哈密卫，西南退守云南境内，尚未达到缅甸和暹罗北境，东南尚未收复安南。
尚未恢复在中南半岛的三宣六慰，却占领南阳群岛，及新洲岛。
依照朱由校规划，花费一年时间重建关西七卫，两年后，西北疆域扩张至咸海。
东南方面，两年覆灭安南，届时，从安南和云南出兵，东北两路进攻缅甸和暹罗北境。
相较西境，北境的扩张，朱由校更关注中南半岛，南阳群岛，新洲岛，印度半岛，非洲南端，乃至海洋对岸的大陆。
当前军改结束，朝廷经营重点依然是大明内部。
京城内，十万京营形成五师五旅的强军，同时，李过的龙武军，贺人龙的武卫军和曹变蛟率领赤甲军辽东铁骑合并，形成三师三旅六万精锐，曹变蛟，马科率领的龙武军，李过，贺人龙率领武卫军。
祖大弼率领虎贲军，左良玉率领的燕山军，孟乔芳率领的四卫军，卢象升率领的天雄军，满桂的幽州铁骑进行合并，形成三师三旅的精锐，孟乔芳统领神武左军，祖大弼统领神武右军，左良玉统领虎贲左军，卢象升统领虎贲右军。
边军，因军镇地理险易，敌军强弱各不同，设总兵一名，领两到五师，副总兵一名，领一旅到两师，设游击，参军各一人，各领一旅或数旅。
总兵为正兵，负责随警策应、防秋摆边、诸镇配合等。副总兵为奇兵，负责待报赴援、设伏防守、长年防守等。参将为援兵负责各路配合、诸兵合作、应援他镇、防秋摆边等。游击为游兵，负责戍守本镇，援助他镇，入卫京师等。
和平时，总兵，副总兵，参将，游击互不隶属，战时，副总兵，参将，游击自发归总兵辖制。
九边军镇形成以营兵为核心，以正、奇、援、游兵马为主力，上下相维，左右配合，故而保卫大明江山的北疆防线。
京营，五师五旅，设都督一名，领三师，都督同知两人，各领一师，都督佥事五人，各领一旅。
龙武军，武卫军，左右神武军，左右虎贲军，三师三旅，设都督一名，领两师，都督同知一人，领一师，都督佥事三人，各领一旅。
和平时期，在京城操练，战时，出京作战，京营，亲卫六军隶属于枢密院管理。
故而，京营，龙武军，武卫军，左右神武军，左右虎贲军，挑选精锐，统一号令，合计四十六万，使京城逐步恢复到永乐朝巅峰状态。
形成京师皆宿重兵，畿内外当天下之半，实现内重外轻的军事状态。
同时，朱由校对诸军统帅进行调整，以免形成私军。
各省诸军，驻军，朱由校参照朝廷镇城、路城、卫城、所城和堡城五级城防体系，分驻各镇戍边，依所辖地域大小、远近和险易，因地设官，因官设兵。
普通军堡驻扎一部，而山西得胜堡则驻扎一营，普通卫城驻扎两营，而比较重要的卫城，譬如四大卫城，天津卫，威海卫，金山卫，镇海卫，各驻扎三营。
大朝会。
朱由校率先户部尚书苏茂相统计秋税，派内阁刘鸿训，刑部尚书张三谟，统计局薛国观，锦衣卫严查秋税贪污受贿。
旋即，公布军改方案，要求枢密院连同百官查漏补缺。
最后，朱由校将教学从礼部单独拎出来，设教育部，研究，推广，刊印天文气象，数学物理，医学医药，农学农政，地理科技，化学化工等学问，书籍。
总领大明官学，私学，负责府学，州学，乡学，县学、村学及私人建立的私塾，学院。
三道政令结束，朱由校在乾清宫召见北直隶总督秦王朱谊漶，应天巡抚常延龄，顺天巡抚史永安，山西巡抚尹伸，山东巡抚李枟，河南巡抚刘遵宪，江西巡抚郭增光，浙江巡抚朱一冯，广东巡抚李逢节，福建巡抚熊文灿，陕西巡抚徐大化，甘肃巡抚李精白，四川巡抚尹同皋，贵州巡抚王在晋，云南巡抚许成名，广西巡抚侯良柱，偏沅巡抚闵洪学，郑崇俭担任黑龙总督，卢象升担任吉林总督,洪承畴担任辽宁总督，湖广总督杨文岳，两广总督孙传庭，云贵川黔闵梦得。
此间，乾清宫聚集大明所有封疆大吏。
百官躬身向朱由校行君臣之礼，朱由校吩咐刘若愚为百官赐座，看茶。
殿内，秦王为首的封疆大吏，有点不理解皇帝为何突然召集各省巡抚，总督回京。
按照太祖规定，地方官吏每三年朝觐一次，时间定为辰、戌、丑、未年份的十二月二十五日到京?。
当前乃壬申年，更未到年末，皇帝突然召见，必有要事。
朱由校面孔浮现浓浓笑意：“诸卿临危受命，奔赴各省赴任，数年间，勤勤恳恳，兢兢业业，在各省多有贡献，堪称国之肱骨。
当前，朝廷诸将成功化解外部威胁，开始对外攻伐，然而，大明内部灾情越演越烈，故而，朕召集诸卿进京，商议灾情事宜。”
皇帝肯定自身所作所为，百官神色欢喜，又齐齐向朱由校行礼。
太祖朝起，朝廷制定限制地方官员任期制度，规定文职官员任期为三年，武职官员则为四年。
然而，亦有部分官吏任职多年，甚至一任官吏留任十年以上。
这么做容易滋生腐败问题，而限制任期可以避免官员权力过度集中和滥用职权。
早前内忧外患，百废待兴，皇帝特意将文官一任期延长到五年，给予百官一任或两任任期，使各省封疆大吏有充足时间贯彻自身政策，恢复各省经济。