财政困难的到解决之后，朱由榔的心思也活络了起来。
之前他已经让李景兴、郭恪开始在肇庆府周围征募士兵，也已经有四千多人，当然，这些刚刚应征的青壮还没有真正形成战斗力。
不过朱由榔却是已经想通过李景兴他们来尝试改变这时候大明军队中堕落腐败的成例。
明朝立国之时，在军制上建立了卫所军户制，简单来说就是军屯。
朝廷给各个卫所分有田地，军户们平时组织耕种，上交粮食，战时披甲持械，编入军队。
而士兵的粮饷就直接从屯田所得分发提供，正如朱元璋吹嘘的那样，“朕为国养兵百万，不费百姓一粒米”。
不过这种制度却并非什么千秋万代之计，事实上卫所制度在太祖、成祖建国初期时自然战力彪悍，仁宗、宣宗也还算能够维持。但自从“叫门天子”朱祁镇土木堡之后，随着大量勋贵和精锐卫所力量的灭亡，成为了压垮这一制度的重要一锤。
究其原因，其实无非封建王朝的根本问题：“土地兼并”。卫所制度的前提是要能够有足够土地让卫所军户们组织生产，自给自足。可明朝中期以后，土地兼并日益严重。
在外部，地方有背景的豪绅大族、各地宗室王府、太监外戚，甚至还有天子的皇庄都在蚕食吞并卫所军屯土地。在内部，那些世袭罔替的卫所高级军官也随着腐化堕落，最终摇身一变成为了大地主，将剩下的军屯土地视为私产，把卫所军户看作自家佃农。
如此状况之下，军户们不堪压迫，纷纷大量逃亡，剩下没跑的也退化成了军官的私人佃户，更谈不了什么战斗力了。
最终，到了嘉靖时期，卫所军制的崩坏已经成为众所周知的事实，就连朝廷和皇帝也不再抱以期望。所以才会有后来张居正支持下，戚继光戚爷爷招募编练新军，剿灭倭患，防备鞑虏。
而万历以后，明朝的主要军事力量也就逐渐以领军饷银两的募军为主了。
但到了崇祯年间，就连募军也开始崩坏了，九边军将把士卒视为私产，喝兵血、吃空饷成为常例，再然后国家财政拖垮后，便连这点被层层盘剥军饷都发不出来了，边军将领世袭罔替，彻底沦为军阀做派，尤其以辽东为甚。
这导致整个大明朝的军队战斗意志极低，当清军入关南下时，只要能承诺发军饷、给饭吃，便会有成片成片的“大明将士”们倒戈投降，而那些把军队视为财产的军阀们又怎么会为了朝廷损害自己实力？无不望风倒戈而降。
所以想要扩军，第一个摆在朱由榔面前的问题就是如何杜绝或者缓解这些大明军队的痼疾。
明朝灭亡的原因有很多，但军制崩坏、军队腐化堕落，欠饷、贪腐严重，军阀化严重绝对是极其重要的一条。
想到这些，朱由榔在得到消息的第二天就召集三位内阁大臣和各个主要部门负责人开了一次军政会议，而讨论主题也很简单，那就是扩军和军制改革。
“陛下，臣以为规范改革军制，虽是好事，毕竟自甲申以后，国家沦丧，顾不得许多，乃至于军旅统帅混杂，调动复杂，若能统一军制、隶属、号令必能增健战力。不过.......\\\"
瞿式耜作为首辅，最先获知了朱由榔的想法，先是表示赞同，但却也泼了冷水。
”军制改革是大事，自万历以来，军中以兵为私、视军为财，哦，也就是陛下所言的\\\"军阀作风\\\"已为常例，若是朝廷改革过激，只怕......有萧墙之祸啊“
瞿式耜话说得委婉，但这意思大家都听得明白。旁边站着的一众大臣也在思索着。
朱由榔自然也晓得瞿式耜所说，这些各路兵马总兵、指挥使大人们目前虽然看起来忠心，可要一旦触犯了他们的个人利益，谁知道会不会闹出一个清君侧或是直接投了清军？
故而，想要改革军制的前提必须是能稳住各路兵头们。
这时，之前不讨朱由榔喜欢的吏部尚书何腾蛟倒是接口了
“据臣对那些个兵头将佐们的了解，其实也未必就有敢反的胆子，只要能徐徐图之，他们也不敢太和朝廷对着干。毕竟事到如今，其他地方且不提，就两广而言，各路兵马还是要仰仗朝廷粮饷的。”
“而且潮惠、漳州大捷之后，陛下军中威势已成，主要几位领兵文武将臣如广州总兵余龙、闽南巡抚张家玉、广东巡抚陈邦彦、以及广西曹晔部均是朝廷心腹，且也已能掌控本部军伍，若欲行新制，完全可以这几部先行。”
自从潮惠大捷之后，何腾蛟的心境受到了很大冲击。过去，他被天子召回肇庆，心中是极为愤懑的，觉得这新上任的小皇帝实在荒唐，偏信瞿式耜、吕大器等，对军务毫无了解还横加干涉。
但潮惠大捷之后，他虽然还是没有觉得自己在湖广的抗清政策有问题，但却不得不承认这位新天子并非懦弱无主见之君。
知道今天御前会议要讨论军制改革和扩军问题，他好是精心准备思考了一番，算有有备而来，想在天子表现一下，证明自己是“知兵”的。
朱由榔倒是点头表示认同，何腾蛟这话还是挺靠谱的，所谓改革还是先得有个试点才好。否则也不知道后果，一通胡乱操作，把小朝廷给改没了怎么办？
“那何卿以为这军制改革当以何入手？”
朱由榔郑重的提问，这让何腾蛟心中欢喜，道天子总算明白我何腾蛟并非等闲之辈了。
“陛下之前所说的军中弊病臣以为归纳起来分为三类。一曰粮饷，即空额、贪墨、侵吞严重，兵无所养，自然无斗志可言；二曰跋扈，军将自专威福，官爵世袭罔替，豢养家丁，视兵马为私产；三曰乱制，指挥权职不明，或归督抚、或归兵部、或归总兵，上官无数，难知令之所出。”
朱由榔听得全神贯注，偶尔发言附和
何腾蛟见状自信的接着说
“既然要徐徐图之，臣以为可先下三剂缓药。”
“其一，此次朝廷扩军，可由兵部派人直接在各府县设卡征募，再统一分配给各军，如此安家耗费银两不必经军中将佐之手，使兵士先知朝廷，而后知军将。”
“其二，之前各地兵马所辖繁杂，如今卫所崩坏，募军杂乱，当将现有军士一并重新合编，废卫所、募军名号，重设五军都督府统辖。”
一众君臣听到这里也很是赞同，何腾蛟的建议看起来动作很大，其实都没有直接对现有军队编制动刀子，而是先把募兵权收回兵部，再将现有军队混乱的统辖体系规范而已。一方面可以加强朝廷对各军统辖力度，另一方面通过中央统一募兵限制了各军的独立性。
“其三，可以由朝廷向各军派驻文臣，以作监军！”
听到这第三条建议，旁边一直沉默，但却分管军务，在这次会议中举足轻重的内阁辅臣吕大器表示了反对
“老臣以为，此议不妥，所谓大军作战，军令第一，我朝以文制武是常例，若向军中派驻监军，临机决断之时难免冲突。”
这话说的委婉，其实就是怕外行指挥内行而已。因为即使明朝文人统兵是常事，但那是以文官作为统帅，而武将执行。现在直接向各军派驻监军，却是让文官直接干预具体战术指挥，那就是另一回事了。
但朱由榔此时有着更多思考，他想到了后世军队中的政治委员，此时大明朝的军队是完全由一帮“军阀兵头”辖制的，如果能够在不干涉军队指挥的前提下建立一个监督体系倒也并非坏事。
他想了想开口道
“朕以为，若不是派遣监军，而是向各军增设一主簿、参军，以作记录军功之用，位在主将之下，为属官，如何？”
吕大器思索一二，拱手称赞道
“皇上圣明！”