海军态度强硬！
同陆军上层心怀鬼胎的观望态度相反，由于铃木贯太郎，冈田启介和斋藤实三名海军大将遭到袭击，海军在第一时间内就定下了对政变坚决镇压的方针。
海军军令部总长伏见宫博恭王，当天就召集幕僚，明确说明了镇压的态度。
26日中午12时，联合舰队司令高桥三吉，向正在土佐冲演习的舰队发布命令，要第一舰队进入东京湾，第二舰队进入大阪湾。
当时任海军军务局局长的丰田副武咆哮道：“陆军没这个意思的话，就由我们海军来动手吧！”。
海军省办公楼前摆了一地的高压水龙头，以防万一。
海军陆战队奉命加强对海军各岸上设施，包括海军领导机关办公楼，退役高级将领私宅的警戒。
另外海军还打算把天皇接到舰上，以免受到陆军叛兵的挟持。
26日下午，横须贺镇守府司令米内光政的第一水雷战队，把海军陆战队士兵经芝浦送上岸，堆起了沙包工事，摆出准备战斗的态势。
27日一整天，裕仁天皇都是在焦急不安中度过的。
此时，海军的第一舰队，已经在旗舰“长门”号战列舰的带领下，浩浩荡荡地开进东京湾，各舰都将炮口对准了陆上的叛军阵地。
“长门”号瞄准的是被叛军占领的国会议事堂，负责测定标的的第九分队分队长长光大尉用测距仪很细心地测出，从“长门”舰到国会议事堂的距离是米。
接着，加藤隆义统率的第二舰队，也在旗舰“爱宕”号巡洋舰的带领下，于27日上午9时许抵达大阪湾，开始实施警戒。
虽然海军已经把舰队开进了东京湾，但陆军还是迟迟按兵不动。
天皇愤怒了！
愤怒的天皇几次将本庄繁召到跟前催问：“讨伐部队出发了吗？”
“交上火了吗？”
本庄繁含含糊糊地回答道：“因为居民尚未撤离……”
未等本庄繁把话说完，天皇便厉声呵斥道：“如果陆军大臣无能为力，朕就亲率近卫师团去平定叛乱！快快备马！”
裕仁天皇的焦急不是没有道理的，因为他刚刚获悉，在弘前第八师团任大队长的秩父宫雍仁亲王，已经动身搭乘火车前往东京。
秩父宫向来与皇道派军官们来往密切，在思想上倾向于皇道派的主张，并因此与天皇对立，这已经是公开的秘密。
叛乱发生后，叛军已公开宣称：“秩父宫是我们的首领”。
如果秩父宫雍仁亲王站到叛军一边，形势将会更加难以控制。
日本历史上，曾经发生过许多由天皇之弟干下的篡位之事，多得不胜枚举，例如，神武天皇的后继者绥靖天皇就是弑兄自立的。
为了防止出现这种可怕的情况，宫内省派东京大学著名的右翼历史教授、曾给秩父宫讲过两年《日本政治史》的平泉澄，前去拦截雍仁亲王。
平泉澄在上越线的水上车站，登上了雍仁亲王乘坐的火车，一路上他向雍仁亲王详细说明了情况，并恳求秩父宫雍仁亲王不可轻举妄动。
秩父宫雍仁亲王神色凝重地听着，一言不发。
当火车到达东京上野车站时，秩父宫雍仁亲王就在大批军警的“护送”下，被带入了皇宫，彻底与叛军隔离开来。
见情势如此，秩父宫雍仁亲王只好在当天晚上，拜谒了裕仁天皇哥哥，并做出了服从天皇的保证。
28日，在天皇的一再催促下，犹豫不决的军部终于下了镇压的决心。
陆军参谋次长杉山元得到天皇同意，发布了《奉敕命令》，指示戒严司令官，迅速命令占据三宅坂的军官及部下撤离现场，归复各所属部队。
奉敕命令随后正式传达给第1师团。
戒严司令部决定29日完成镇压的准备工作，并开始讨伐叛军。
参加镇压政变的部队，有近卫师团和第一师团各7000人，另外还从仙台和宇都宫调来了第2、第14师团所属部队6000人，总数近人。
29日上午，荒木、真崎两位陆军大将，为避免叛乱部队遭到武装镇压，前往戒严司令部进行交涉，但遭到拒绝，戒严部队参谋石原莞尔，将两名大将赶出了司令部。
在荒木、真崎两位陆军大将离开后，香椎司令官再次提出应避免“皇军自相攻击”，但杉山元参谋次长坚决不同意，要求必须按天皇敕令以武力讨伐。
东京街头的坦克车装着高音喇叭，不停地广播着NhK著名播音员中村宣读的《告军官士兵书》。
这份由戒严司令部发布的声明称：“现在归复原队，仍为时不晚；抵抗者全部是逆贼，射杀勿论；你们的父母兄弟在为你们成为国贼而哭泣。”
与此同时，飞机在政变部队上空盘旋撒下了《告军官士兵书》的传单，劝诱政变部队回归营房。
叛军此时已在严冬中坚持了3天，疲惫不堪，士气消沉。
大部分士兵，在听到广播、拾到传单后，纷纷脱离了叛军，返回原部队。
策动叛乱的军官见大势已去，也未加以阻拦。
这些军官们，随后被戒严部队拘捕，被集中到陆军省大院关押。
关押这批叛军军官的是统制派的军官冈村宁次。
岗村宁次预想并期待着叛军军官们自尽，他已经让第一卫戍医院的护士兵，准备好了消毒药水和脱脂棉，还准备了30多口棺材。
但叛乱军官们拒绝自尽，他们想要通过公审来“揭露军阀的阴谋”。
陆军首脑们，吸取相泽案件公审的教训，对政变主谋实施军法审判，审判过程不公开，不设辩护律师，一审即终判。
由于二二六事件直接威胁到了裕仁天皇的统治权，因此对叛乱军官们的处置也异乎寻常的严厉。
此后，军法会议判处在政变中起领导作用的矶部、香田等17名军官死刑。
让人们没想到的是，在宣判书里，一点没有提到谋杀罪，判刑的唯一根据是，这些军官犯了未经天皇批准而擅自动用皇军之罪。
在幕后支持暴动的北一辉和西田税，以及之前砍杀永田的相泽三郎也被处死，其余的士官和士兵则被免予处分，因为他们只不过是遵从上级的命令。
这次对政变军人惩处的严厉程度，远远超过了此前历次的处理，明显的带有彻底根除皇道派及北一辉影响的意图。
军部上层，在寺内寿一主持下，统制派也趁机进行了大规模人事“整肃”。
荒木、真崎和川岛陆相被解除现役，所有倾向于皇道派思想的军官，均被从陆军核心部门清除出去。
至此，日本统制派彻底掌握了陆军实权，确立了对陆军的绝对控制。
讽刺的是，皇道派发动政变时所积极追求的目标，军部施行独裁，国家政权组成以广田弘毅为首相的新内阁，采取法西斯化，这些在政变失败后反而得以实现。
这不仅是因为同属法西斯派别的统制派，牢牢掌握了军部大权，而且内阁也被以新首相广田弘毅为首的文官法西斯集团所控制。
自诩为“皇国中流砥柱”的日本陆军，最终把日本拖入了灾难。
从上海回到日本的平冈龙一，在政变发生时，刚好不在东京，算是躲过了一劫。
在叛变被镇压后，审问叛军军官时，才发现，作为统制派的主要成员，平冈龙一也在叛军暗杀的黑名单上。
1936年3月5日下午，广田弘毅拜谒天皇，接受了组阁大命，主张对华强硬的寺内寿一大将，入阁任陆相。
此后，日本法西斯右翼力量在日本陆军中不断扩张，其侵略野心亦日益膨胀。