持续一年的奥姆真理教祸乱日本和埃博拉病毒危机，终于在九四年夏天结束的时候，随着中国向日本提供了解救埃博拉病毒的疫苗，出现了转折。失去了对高致死病毒畏惧的日本当局和自卫队，开始对已经后继无力的真理军发动了气势汹汹的反攻。
其实，对于真理教打击最严重的并不是自卫队大规模的反攻和围剿，而是教众信仰的破裂。由于奥姆真理教的“真神”麻原彰晃号称埃博拉病毒是灭世的征兆，末世已经来临，只有信仰他才能够得救。可现如今，不信仰他而且唾弃他的日本当局已经获得了解救病毒的方法，现在不需要信仰他就能得救，而日本当局总之还是让大部分日本人感觉到安全和正常的，但动辄人道毁灭，用沙林毒气屠城的奥姆真理教，在人们反应过来后，怎么看都像是恐怖组织。
失去了信仰的奥姆真理教不断出现了教众反水，将重要的地方教会组织所在地和干部名单上交政府的情况。这使得基层的奥姆真理教组织遭到了重要打击，甚至还出现了应该算是最忠诚的真理军士兵主动投敌，并且充当带路党，清缴真理军城市游击队的情况。
这样的情况持续了近一个月后，真理教再度遭遇了重大打击——真理军实际的最高军事指挥官青木元不知所踪。外界推测他是看出了奥姆真理教的穷途末路，不愿为奥姆真理教陪葬所以才逃走了。考虑到这个“名将”埋葬了上千名自卫队士兵的性命，就算他投靠自卫队，自卫队也不可能善罢甘休。
随后这个名字变得特别有传奇色彩，传言日本自卫队重金悬赏想要抓捕青木元，让他付出代价；也有人说自卫队求贤若渴，希望冰释前嫌，邀请这位军事头脑和天赋过人的将才加入自卫队；还有人说青木元早已逃离日本，去到了巴布亚新几内亚，加入了一个用并组织，继续着他的传奇。
不管怎样，青木元的消失，使得本来就算不上精锐的真理军不仅群龙无首而大乱，而且失去了统一的指挥，各个真理军分支在得不到有效支援的帮助下，最终被各个击破，甚至直接向自卫队缴械投降。
首相细川护熙也打出了“国家和解”的旗号，号称只要向政府和自卫队投降，一切罪责既往不咎，为的就是尽快平息这场持续一年时间的****，让日本从压抑和消沉中快速恢复正常。
这位顶住了辞职压力，甚至不惜用战时手段强硬解散国会，并且专断独行，虽然饱受非议，但是不能不说他的种种行动还是真的有利于日本的。可随着真理教濒临覆灭，日本上下绝对不能够容许这样一个首相继续担任下去，甚至还有一些人认为细川护熙是对整场危机富有重大责任的，不仅无功，而且要追责。而细川护熙也确实犯了一些错误，屁股上不干净，为反对派将他放倒提供了口实。
真理教叛乱的余波直到1995年年中才算是彻底平静，正常变乱之中，由于病毒和战乱先后死亡的日本人，近三十万人，在这样一个现代国家几乎是难以想象的事情。且不论造成的人员伤亡，真理军故意地破坏日本各大主要城市的设施，对于城市经济圈造成了重大破坏。在这一年的时间中，日本经济别说增长，甚至还大伤元气，硬件上的损伤总有一天还会建好，但由于长达一年时间日本产品无法出口国外，导致了如中国、南洋、朝鲜等国的商品迅速夺占了日本产品原来取得的高地。
由于埃博拉病毒的缘故，美国并没有对日本进行多么大的支持，虽然这并不是不能理解的，但日美同盟关系还是因此受到了一些影响。日本遭受这场危机所丢失的还不仅仅是经济、人口和信任等，东海之珠的钓鱼岛列屿也被中国收回，虽然那里无法兴建大规模的军事基地。但是中国以援助日本为名在那里搞了简易的无人机基地，在那里起飞的无人机可以探查到琉球甚至日本本土的军事情报，日本在西太平洋地区的整个防守态势都严重恶化了。
这同样是美国十分忧虑的一方面，于是在日本结束其****之后，美国私下里向日本表示，会对日本的国家正常化，以及军事能力增强，进行必要的支持和增援。这让很多日本的右翼势力十分振奋，似乎借助中国不断前出海洋而造成的“对世界和平的威胁”的大环境，日本终于可以慢慢地从二战后那个被阉割的国家，慢慢转正成正常化的国家了。
中国海军的力量不断提高着，在1995年初公布的国防白皮书中，中国海军的完整舰队编制也第一次呈现在了世界面前，引起全世界的大哗。中国拥有7艘航空母舰，其中4艘002型核动力航母，2艘001型航母，1艘乌里扬诺夫斯克级核动力航母；8艘075型两栖攻击舰，12艘船坞登陆舰；30艘055型神盾巡洋舰，8艘052a驱逐舰，52艘052d神盾驱逐舰；16艘054a护卫舰，24艘054b护卫舰，60艘056型轻型护卫舰；16艘战略核潜艇，包括4艘094和12艘096，30艘战略核潜艇，40艘常规动力潜艇。（武库舰仍没有披露）
可能在绝对数量上中国海军仍差美军一筹，但是从舰艇质量上来说，美国海军自己都不得不擦一把冷汗，因为中国攒出的规模如斯的舰队，基本都是八十年代以后的新舰艇，而且其中综合战斗能力强大的神盾舰总数超过了一百艘（054b可以用作小神盾）。而美国拥有神盾舰的数量仅有这个数字的不到一半。
再说中国的潜艇，一直被认为是世界上最致命的海军武器之一。中国生产的aip潜艇也被若干海军大国争抢。美国当时评估认为在近海地区活动的中国aip潜艇作战效能不逊于美国的核潜艇，甚至在静音能力上比洛杉矶级之流也强一些。
而中国建造的核潜艇，一直是美国等西方国家看不穿又很想了解的武器。此前美国一直弄不清楚中国到底有多少艘战略导弹核潜艇，有人猜不超过五艘，有人猜至少有十艘，不靠谱地猜二十艘的也有不少。现在公布了16艘，虽然并不怎么意外，但仍旧让美国人审慎担忧。这些核潜艇技术水平如何，他们不得而知。曾经在中英冲突时，发射一枚装有核弹头的巨浪-2导弹的094，美国人就认为已经是相当有威胁的武器了，即便是094不前出大洋，只在边缘海活动，就足以威胁美国的阿拉斯加、夏威夷、关岛等重地，更何况中国潜艇似乎热衷于在世界上任何一片海洋活动，这两年美军潜艇偶遇中国潜艇屡见不鲜。
而096型潜艇除了有少数照片证实这种潜艇的存在，具体技术细节美国人更是两眼一抹黑。大体知道的事情有，这型核潜艇堪比美国的俄亥俄级，能够发射24枚射程超过公里的巨浪-3导弹。而其他诸如动力水平，静音水平等，几乎一无所知。
现在美国人知道了中国居然装备了12艘之多的096型战略核潜艇，显然是中国海基战略核威慑的关键组成部分，头顶上的核阴云感觉压迫力十足。
另外中国不声不响中已经装备了7艘航空母舰，虽然总数只有美国的一半，但是每一艘的作战能力都不差，最强的几艘002型航母足以跟美军最新锐的尼米兹级相提并论。尼米兹级虽然是一个舰级，但实际个体差异性比较大，一些九万多吨，一些近十万吨，内部细节也不太相同。中国002型核动力航母的设计水平很高，外界认为虽然其吨位稍小，但战斗效率不亚于美军的几艘近十万吨的超大航母。
在中国的《国防白皮书》出炉后，美国知名大报《华尔街日报》刊登了一篇文章，题为——中国厉兵秣马，十年时间整军备战，世界和平堪忧。其他一些美国媒体也纷纷跟风报道，口径也大体相同，再也没有了十年前中美蜜月期时那种对中国的吹捧和信任了。
有着名的新闻记者写道：“……最可怕的不是中国拥有的大量先进武器装备，也不是中国人出色的战争艺术和理论，可怕的是中国人到底是抱持怎样的心理和目的的。我们无法想定是怎样的思维让这个国家借着经济发展的红利期，疯狂地扩张着自己国家的军事装备，也无法想定当拥有了如此强大武力后，中国下一步会要去做些什么。正因为不知道，我们理所当然地恐惧，也同样有足够地理由去武装自己，保护自己免于任何非正义的武装袭击。”
不管怎样，美国今日面对的对手显然是比当年之苏联还要难缠的对手，他们也许没有苏联人更富侵略性，但明显也更加的聪明，同时他们拥有比苏联强盛十倍的海军，而这海军的力量则严重威胁了美国的利益，甚至严重威胁了美国的本土。