杨鹤自任三边总督以来，对流寇采用招抚之策，利用朝廷给他的区区十万两白银招抚了神一魁，王左桂，王嘉胤，等绝大部分流寇。如果朝廷处置得当，也许流寇便会消失，因为后来大名顶顶的李自成是王左桂的部下，而张献忠是王嘉胤的部下。然而好景不长，十万两白银迅速就被花光，几个月后，神一魁就又造起了大明王朝的反，各地流民积极响应，达三十多万人之多，崇祯四年杨鹤便被朝廷以招抚失策治罪，发配袁州。
之后，农民起义军更加的活跃起来，抢大户，杀知府。朝廷便以主剿的洪承畴接任杨鹤的工作。崇祯四年十月，洪承畴接任三边总督，面对在西北各地数十万，数十万流窜的起义军，洪承畴没有一点畏惧，他认为起义军人数虽多，但『妇』孺老幼皆在其中，精壮者不足十之一二，并对部下说道：“击其首，便可大破之。”
在三边总督洪承畴大力攻杀之下，流寇大多流向山西，后又被曹文诏等极力攻杀，其中神一魁等流寇首领，大多被杀。其残部在王嘉胤部将王自用的号召下纠集在一起，商讨何去何从，共有三十六支部队参与了大会，称三十六营，营号千奇百怪，比如，紫金梁--王自用，闯王--高迎祥，八大王--张献忠，闯将--李自成，曹『操』--罗汝才，闯塌天--刘国能等。
崇祯六年二月，曹文诏被任命为太原总兵，对流寇极力剿杀，只有三千骑兵的曹文诏攻击相当猛烈，五月“贼几消尽”，各营流寇“文昭皆击败”。之后流寇向河北，河南逃窜，曹文诏追杀而去。紫金梁王自用病死，三十六营联盟瓦解。
此时陕西有洪疯子洪承畴，山西有杀人魔王曹文诏，六月流寇逃遁于河南。来到河南的流寇们又被左良玉追着东奔西跑，九月流寇逃遁之河南武安。崇祯亲自调派，山西总兵曹文诏，京营总兵王朴总兵汤九州及左良玉部于九月底合围武安，形势一片大好。
但崇祯为了防备满清的进攻，调曹文诏为大同总兵，形势出现了逆转。十一月份，流寇们经过了多次突围，均告失败，流寇们便向王朴行贿，要求投降。王朴接受了贿赂于十一月十八日，招降各部流寇。二十四日，复反，仅仅过了四天。左良玉一路穷追猛打，高迎祥，李自成等逃往湖广的郧阳。之后流寇又如星星之火，起了燎原之势。
由于各地总督，巡抚，总兵只管自己辖区内的流寇，致使流寇流窜各省，崇祯七年正月，设五省总督一职，总督山西，陕西，河南，湖广，四川五省剿寇事宜，二月陈奇瑜上任五省总督一职。上任以来，陈奇瑜组织了数十次攻击，全部获胜！仅剩下的五万流寇被堵截在了地势险要的陕西车厢峡，高迎祥，李自成，张献忠等几无生还之机，但事情又奇怪的出现了转机。
高迎祥等人行贿陈奇瑜请求投降，被陈奇瑜断然拒绝。之后高迎祥等又行贿陈奇瑜手下要员，在左右部下的劝说下，陈奇瑜奇怪的接受了流寇们地投降。投降之后，与往常一样，马上反叛，四处征战，一时河南，陕西，山西，宁夏，甘肃烽烟四起。
崇祯八年，西北，中原糜烂不堪。崇祯以洪承畴为五省总督，在洪疯子的大力剿杀之下，流寇被赶到洛阳附近，高迎祥，李自成，张献忠等开了一个大会，史称“荥阳大会”。参会者有“十三家”和“七十二营”。
大会上，大多数首领建议向山区逃窜。此时八大王张献忠与闯将李自成显『露』出了难得的战略眼光。史载，大会上，张献忠大喝：“怯懦诸辈”，李自成说道：“一夫犹奋，况十万众乎。”会上李自成又建议大伙东去南直隶，攻打中都凤阳。之后流寇兵分三路，一路往山西而去，一路往湖广而去，高迎祥，李自成，张献忠部往凤阳而去。
崇祯八年元宵节，张献忠攻入凤阳，抢劫一番，又放了一把大火，并挖开了朱元璋父母的坟墓。一时天下震动，崇祯痛哭流涕，下罪己诏。命洪承畴，曹文诏，左良玉等对流寇进行疯狂的屠杀。曹文诏带着三千骑兵追着几十万流寇奔袭数百里，陷入流寇的汪洋大海，『自杀』身忘。死后崇祯追封曹文诏太子太保。
崇祯八年八月，以卢象升为总理，剿杀江北，河南，湖广，四川，山东等东南流寇，而五省总督洪承畴剿杀西北流寇。之后卢象升极力剿杀东南流寇，高迎祥等疲惫不堪，称卢象升为“卢阎王”。
崇祯九年六月，满清八旗在阿济格的带领下冲破喜峰口，在京畿一带烧杀抢掠，崇祯调卢象升为宣大总督。此时张献忠在湖北一带流窜，李自成在陕西一带流窜。而高迎祥部正遇从四川进入陕西。
七月高迎祥部在汉中地区遇到了陕西巡抚孙传庭带领的秦兵们的疯狂屠杀。高迎祥部便进入另一条通往陕西的捷径---子午谷。子午谷地势狭窄，又逢大雨，人困马乏，十六日到达黑水峪遭到了早已等待多日地孙传庭部猛烈攻击，此地地势狭窄，极为险要。二十日，高迎祥被孙传庭所俘虏，之后被献俘于午门之下。
之后，李自成继承了高迎祥的闯王名号。崇祯十年三月杨嗣昌提出“四隅六正，十面张网”的剿贼方略，崇祯极为赏识，闰四月，加派“剿饷”三百万两，十方集团北京公司经理李存真也赞助了巨额饷银。因五省总理卢象升调任宣大总督，杨嗣昌便建议调任两广总督，曾经招降海盗郑芝龙的熊文灿为五省总理。崇祯派太监前往两广调查之后，便准了杨嗣昌的建议。
因为周召南等穿越者对历史的蝴蝶效应，很多的事情都提前发生。熊文灿十月走马上任，总兵左良玉对熊文灿阳奉阴违，熊文灿便有心招抚。此时流窜在湖广一带的流寇有闯塌天刘国能部五万余人，八大王张献忠部九万余人。随着“四隅六正，十面张网”的剿贼方略实施，各地流寇哭不堪言。眼看高迎祥被禽，李自成又逃往甘肃一带，五省总督熊文灿又有招抚之心，十一月刘国能率五万部众向只有一万士兵的熊文灿投降。见闯塌天投降之后，八大王张献忠深知情况不妙，张献忠便也向熊文灿提出了投降的请求，而被断然拒绝，而张献忠有着丰富的投降经验，这在他面前不过小菜一碟，张献忠给熊文灿送去了一大笔财物，熊文灿便准了张献忠所请，年底八大王张献忠率领近九万部众归降了熊文灿，被安置与湖北谷城一带。
熊文灿招降了东南流寇后，崇祯十分高兴，以熊文灿为廉吏能臣，擎天支柱。