蓝光星各个方面渐渐走入正轨，前进舰队难得地进入休养生息的状态，段平不再像最开始那样忙碌，叶飞则是每天都盯着突击队的训练，除了战神号上原本的飞行机甲部队之外，其它换装飞行机甲的部队是训练的重点，那些隶属于天鹰级战舰的突击队员，也在叶飞的命令下开始接受基础飞行训练，为将来换装飞行机甲做准备。
叶飞手里没有充足的兵源，但是这一次他有充足的时间，完全可以慢慢磨练这些突击队员，不过毕竟不是什么人都有飞行的天赋，其中的一部分人注定要被淘汰出局。
好在换装之后需要的突击队员数量大大减少，淘汰一部分人对舰队的整体战斗力应该没有什么影响。
除了从现有的突击队员中选拔之外，叶飞还把主意打到了蓝光星的克隆人身上，通过严格的选拔，为突击队补充了一批新兵。
不过新兵除了接受飞行训练之外，还必须进行突击队固有的陆战训练，训练周期比各舰上的突击队员长得多，短时间内形成战斗力的可能性很小。
一名合格的飞行员至少要接受几年的训练，训练克隆人时可以将大量的数据和飞行知识直接输入他们的大脑，因而可以大大缩减训练周期，不过再短也不是几个月就能完成的。
蓝光星的飞行机甲训练艰难地逐步展开，与此同时，基地星的也开始大规模地换装飞行机甲。
徐世杰掌握的资源比叶飞多出千百倍之多，凡是不合格的立即调出机甲部队，所以全军的换装十分顺利，让得到消息的叶飞羡慕得不得了。
机甲部队开始大规模地成军，不再是实验性质的非正规编制，而且机甲部队使用突击队的番号并不适合，军方对新组建的机甲部队进行了改组，将陆战力量一分为二。一部分为保留下来的突击队，机甲部队则命名为机甲突击兵团。
蓝光星和基地星的同时发展，让共和国的武装力量进入了蛰伏期，除了留在太阳系的四艘天鹰级战舰还时不时地袭击一下亚特兰蒂斯人之外。再也没有任何军事行动。
人类虽然退让，可亚特兰蒂斯人并没有停止扩张的脚步。
前进舰队被迫退出云州星之后不久，亚特兰蒂斯人的舰队就赶到了云州星，面对只剩下空壳子的云州星系，佩里安德暴怒万分，下令摧毁了前进舰队留下的宇宙基地和卫星工厂等设施。
云州星上的星际大炮虽然做了一定的伪装，但仍然被亚特兰蒂斯人找出了一多半儿，彻底摧毁星际大炮给云州星带来了一场全球性的生态灾难。
由于担心亚特兰蒂斯人拿留在云州星上的克隆人泄愤，叶飞曾经刻意交待过留下的克隆人，无论发生什么情况都不要暴露。因而哪怕亚特兰蒂斯人摧毁星际大炮，藏在地下城里的克隆人都没有进行分毫的反击。
亚特兰蒂斯人误以为人类彻底放弃了这颗行星，所以才没有对云州星进行大规模的破坏，反而将这里确定为新的殖民星，不久的将来。莫罗星域就会将延伸到这里——ym174上的伤痕需要足够的时间扶平，佩里安德一时半会儿肯定抽不出人手和物资继续扩张，但也只是时间的问题罢了。
如果亚特兰蒂斯人殖民云州星，地上亚特兰蒂斯人地下克隆人，不知道将是一幅什么样的景象。
占领云州星系之后，亚特兰蒂斯舰队兵分两路，佩里安德带领莫罗舰队返回ym174舔伤口。来自于中央星域的舰队则继续寻找前进舰队的踪迹，试图一劳永逸地消灭这支小动作不断的人类舰队。
亚特兰蒂斯人的舰队指挥官已经意识到人类的殖民星很可能位于太阳系与莫罗星域之间，两千多艘战舰兵分数路，一个星系一个星系地向太阳系方向搜索，没过多久，允许和凌州相继陷落。
ym174一战的影响没有限制在莫罗星域。中央星域得知ym174的情况之后大为火光，立即进行了新的部署，驻守地球的亚特兰蒂斯占领军一改之前的怀柔政策，开始实行铁血手段，不管哪里出现判乱。都会立即进行强势镇压，全球各地的抵抗战士死伤无数，地球上的反抗运动在占领军不择手段的打压之下不可避免地陷于低潮。
哪里有压迫哪里就有反抗，占领军的强势打压令各国苦不堪言，原本打算等待时机的美方高层再也等不下去，秘密向仍然与碟族保持接触的胜利号下达命令，要求胜利号不惜一切代价，怂恿碟族与亚特兰蒂斯人再次开战！
不过美方总算还没有失去理智，并没有将碟族引向地球的想法。
这个任务让胜利号的杰克舰长万分为难，好在经过几个月的接触，胜利号已经初步取得了碟族的信任，经过一番努力，碟族终于再次向亚特兰蒂斯人发动了袭击——经过两年的休养生息，恢复元气的碟族原本就想找亚特兰蒂斯人的晦气，胜利号只不过是恰逢其会。
打成了废墟的ym174直到碟族入侵仍然没能恢复，莫罗星域的其它殖民星就更不用提了，碟族舰队如入无人之境，兵锋直指ym174。
收到消息的佩里安德大吃一惊，向仍然寻找人类舰队的援军求救的同时，再次向中央星域要求支援。
对亚特兰蒂斯人来说，人类只是癣疥小疾，碟族才是生死大敌，接到消息的支援舰队立即回撤，中央星域也答应再派一批援军，ym174成为了碟族与亚特兰蒂斯人角逐的核心，莫罗星域一时间风起云涌。
不得不说碟族出现的时机十分恰当，支援舰队已经把共和国建立的殖民星扫荡得差不多了，只剩下远在太阳系附近的巨人星没有遭到袭击。再继续下去，美俄欧三方的殖民星就该遭殃了，特别是距离太阳系八十一光年的俄方殖民星伯利州，亚特兰蒂斯侦察舰距离伯利州最近的时候，直线距离只有二十多光年。
幸好美俄欧三方均对亚特兰蒂斯人的行动一无所知，否则各殖民星恐怕又会出现一轮逃亡潮。