淸朝在为商毅头疼的时候，商毅确在浙江大张旗鼓的推行了一系列新的法令。
首先一条，就是清丈土地，重新造鱼鳞册。
清丈土地一直都在商毅的计划之中，从北京回来以后就开始进行了，只不过当时只是在杭州府进行，而现在商毅己经坐稳了浙江巡抚的位置，又挟持着大胜清军的战功，因此也在浙江省全省境内，开始全面的清丈土地。
这条法令一发布之后，立刻引起了一片怨声载道，由其是那些占有大量土地的官宦富豪人家，都是一片反对之声。其实历来朝廷要淸丈土地的时候，都会遭到许多人，由其是官僚集团的反对，原因到没有别的，因为官僚集团，往往都是倾占土地的主要成员。淸丈土地损害的就是他们的现实利益。因此主张清丈土地的官员，往往都会成为众矢之的，甚致不得善终。
但商家军却没有这个负担，一来是商毅在全军的威信极高，只要是他做出的正式决定，基本没有人敢反对。而在另一方面，商家军进驻浙江的时间并不长，军队里的骨干成员还来不及在浙江购田置地，因此清丈土地也不会损害到他们的利益。相反核实土地的数目，作为收税的依据，也有利于増加商家军的收入，在不损害自己利益的情况下，当然谁都希望商家军朝着越来越好的方向发展。
而唯一一个既属于商家军成员，又拥有大量土地的家族就是老林家，但林之洋心里十分清楚商毅的目地，亲身回家劝父亲，主动交付自己家里的土地实数。
这个时候林正朔也终于显示出一个老商人清醒的判断力，知道和商毅对抗是没有用的，因此也主动将家里所有的土地数量都报了。并把倾占，投靠的土地也全都退还出来。何况林家的土地并不多，一共也只有一万多亩，只能算一个中等地主，就算全交出来，损失也不大，相反还能借此修复和啇毅的关系。
林家这一带头，其他反对的人也都无计可施，现在浙江的一亩三分地都是商毅说了算，就是朝廷也要让商毅几分，因此也只能认命。
虽然也有几个死撑不放的官宦人家，还以为自己家里有点势力，因此拒绝配合清查土地的工作人员，还有人抠打工作人员。而这一次商毅可也不客气，不配合的立刻全家查封，打人的一率关押，扔到矿场去作苦力。杀了几只鸡之后，群猴们果然就都害怕了，都老老实实的配合起来。
其实商毅并不是要抢占土地，而是查清土地数量，做为收税依据，多产多收、少产少收，使收税分布尽量公平合理。对一些实在分不清产权归属的土地，就由商家军出钱购买。而查实的多余土地，也都分给无田的百姓，同时商家军还出资购买了一批土地，使每一个农户基本都能分到二十亩土地，能够保证自己的基本生活。但分配到土地的农户将分期十年偿还。
当然清丈土地是一个长时间的工作，也不是能在几个月内完成的，商毅也没有多的时间来管，而是由商家军刚成立的土地司来俱体付责，并且让李岩重点关注。同时又让监查司严密监查在清丈土地的过程中，是否有营私舞弊的行为。
不过商家军目前在浙江省还是实行三年免税的政策，因此虽然大户都反对清丈土地，但所有的农户却是实实在在得到了实惠，因此也都衷心的拥护这项法令。
第二条就是商业税。
其实明朝的实际商业税并不高，明初所定三十而取一的税率，一直沿用到明末都没有变。但在实际的操作中，各地都设有自己的税关，名目繁多、税卡林立，几乎达到雁过拔毛的地步。因此一般的商人，根本经不起这样重重征税，只能找官员依附，形成了官商结合的局面，但有了官员在背后撑腰之后，商人连正常的税收都敢于拒交，结果又走向了另一个极端。
因此商毅首先禁止浙江省内各地私设税卡，进入浙江省的商品只用交納一次入浙税，就可以在全省内通行无阻，但无论商人有什么背景，入浙税都必须要交，绝不能减免。而出浙的商品也是同样，同时也对商品进行了细分，使各种类型的商品，都有自己的收税标准，也减免了许多在俱体实施中的可超作的行为。
这一项自然也引起了浙江大部份商家的反对，因为他们都是在官府背景，根本不怕各地的税卡。但商毅的态度也十分坚定，要么接受，要么就别在浙江做生意，反正在浙江实实在在做生意的商人也有不少，沒有他们还可以少许多麻烦。而在商毅的强硬态度下，绝大多数商人也只能选择屈服。
不过商业税的内容还不仅仅是如此，还一个重要的内容就是：鼓励民间资本办厂，投资实业。
在中国古代，商人几乎都是和生产分离的。商品的生产基本都是由以家庭为单位的手工业者来完成，而商人的作用就以低价从手工业者那里买来产品，然后转运到其他地方以高价出售。因此中国的绝大多数商人都属于流通型商人。
这样一来就没有人会去想怎样提高生产技术，改进生产方法，降低生产成本。商人所做的就是拼命压低收购产品的价格，而以家庭为单位的手工业者因为力单势薄，不可能和商人抗争，也只能甘受商人的压窄和剥削。结果就造成中国的社会生产始终是以小农经济为主，而无法将手工业和农业彻底分离，形大规模的社会化手工业生产，也就是资本主义荫芽发展。因此中国的商业行为始终都无法达到摧毁小农经济，把中国的社会生产力提升到一个新阶段的作用。
当然在另一方面，因为大规模的社会化手工业生产就意味着大工厂大企业的出现，这也就是历代的统治者都不愿意看到“聚众”情况，因此聚集大批工匠一起工作的情景，一般都只能在官办，或者是有官府背景的生产作坊里出现。在另一时空里的清朝，甚至规定三十人以的聚会都要通报官府，在这种情况下，也根本不可能完成社会分工、手工业和农业彻底分离的革命。
同时由于流通型商人没有自己的产业，因此也缺少大局的是非观念，造成他们有奶就是娘的观念，不惜把中国的物资到买给敌对的势力，以赚取厚利，而遇到外敌入侵的时候，往往就是他们最先投靠外敌，这个时代的所谓山西八大皇商，还有后世的一批买办商人都是典型的代表。
商毅当然希望能够尽力改变这种状况，而且也做过不少偿试，他在杭州就开了不少大规模的手工工厂。但尽靠商毅一个人来做是不够的，而且他开的工厂也同样带有很重的官府背景色彩，对推动资本发展也有现，必须把民间的力量都调动起来才行。
因此商毅在制定的商业税中，把对生产作坊或工厂实行减税，做为了一条十分重要的规定。将生产作坊或工厂分为五个等级规模，做为减税的标准。生产作坊或工厂的等级规模越大，减税的比例也就越大，最大的生产作坊，允许达到两千人以，而减税率也达到了四成。
主要的目地就在于希望利用税收的调整，来限制流通型的商人，而鼓励他们转型成为生产型的商人，这才是最重要的一步。当然对生产作坊的管理、注册、生产调控、收税方式和标准，也有一套十分详细的规定，以防止生产作坊或工厂为了获得高的减税率，而虚假的扩展生产规模。另外也是要防止别有用心的人借办工厂来作乱滋事。
商业税还有另一个重要的内容，就是海关税收。
海关税收也将是未来商家军的一个重要税收来源，而且现在商毅己经开通了马尼拉的贸易航线，同时也取得曰本和巴达维亚的通商权，因此海关的成立，也是势在必行了。
其实海关并不复杂，宋明都有类似的组织，当然是叫市泊司。海关的重点就是两个，一是制定各种商品的收税标准，分类越细越明确就越好，就可以减少工作人员在操作时候的运作空间，另一个就是加强监督。
对第一点并不是难事，因为在收入浙税时，就己经将商品分类进行了细化处理，而且以后还可以慢慢完善。当然商毅也明确规定，结算的白银，一屡以重量为准，并且在每一个海关口发下了标准重量的砝码。
而对第二点可就有些麻烦，商毅是后世的人，当然知道海关历来都是滋生腐败行为的主要场所，而且腐败行为往往都是集团腐败，一但查出基本就是把整个海关一窝端了。而控制腐败行为的方法也不外三点：实行轮岗利，三年一换；还有是完善制度，尽量少留空子；另外就是加强监督力度，一但查出腐败行为，严惩不贷。
当然海关一但成立之后，还有一个重要的任务，就是严打海走私行为，而这个任务也将由海军来完成。